QuPath从源头构建实例

什么是 QuPath？

QuPath 是用于生物图像分析的开源软件。

QuPath 通常用于数字病理学应用，因为它提供了一组强大的工具来处理整个幻灯片图像- 但它也可以应用于许多其他类型的图像。

特点包括：

• 使用现代 JavaFX 界面的强大注释和可视化工具

• 用于常见任务的内置算法，包括细胞和组织检测

• 交互式机器学习，用于对象和像素分类

• 与其他流行的开放工具兼容，包括 ImageJ、OpenCV、Java Topology Suite 和 OMERO

• 通过 Bio-Formats 和 OpenSlide 支持多种图像格式，包括整个幻灯片图像和多重数据

• 用于定制和更深入数据查询的 Groovy 脚本

官方文档，qupath是一款开源的应用，可以直接通过安装应用程序使用，也可以从源头开始构建，下载方式：Release v0.5.1 · qupath/qupath · GitHub，本文主要讲从源头开始构建qupath以供开发使用。

具体的构建有多种方式，我这里使用从IDE运行，道理和从命令行是一样的，具体参考来源官方文档从源头开始构建。

从 IDE 运行

使用IntelliJ IDEA进行 QuPath 开发，在官方的另一份技术文档中，他推荐使用的是eclipse，但是本人结合上面的文档使用的是IDEA。java版本应java17，理论来讲大于java8即，实际应大于java8

步骤如下：

• 使用IntelliJ 中的get fromVCS使用 git 直接从 GitHub 下载代码。为此，您应该使用 URL https://github.com/qupath/qupath.git，如果您使用此方法下载代码，则应确保在继续操作之前已安装 Java JDK且jdk版本应大于17。

  

• 打开 QuPath 项目后（通常接受任何默认导入选项即可），运行 ‣ Debug (Alt + Shift + F9)，然后从下拉菜单中选择“Edit Configurations…”，然后 添加新配置 ‣ Gradle。然后，输入run任务，如下图所示。注意，先按debug之后从弹出来的框中找Edit Configurations。

• 现在按“应用”，然后在此窗口中按“调试”，之后等待gradle自己下载配置即可，中间的警告不用理会。

  

• 最终结果

目前踩坑的记录就是java的版本一定不能低且不能高，还有官方其实是推荐eclipse进行二次开发的，本人使用eclipse测试过程中发现很多莫名其妙的问题，故而放弃。。。。其他的大部分按照官方文档来就行。

参考资料：Building from source — QuPath 0.5.0 documentation

Release v0.5.1 · qupath/qupath · GitHub

GitHub - qupath/qupath: QuPath - Bioimage analysis & digital pathology