TotalSegmentator 安装和配置指南

TotalSegmentator 安装和配置指南

TotalSegmentator Tool for robust segmentation of >100 important anatomical structures in CT images 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/to/TotalSegmentator

1. 项目基础介绍和主要编程语言

项目介绍

TotalSegmentator 是一个用于在 CT 和 MR 图像中进行稳健分割的工具，能够分割超过 100 个重要的解剖结构。该项目由 University Hospital Basel 的研究和分析部门创建，旨在提供一个高效、准确的图像分割解决方案。

主要编程语言

TotalSegmentator 主要使用 Python 编程语言开发。

2. 项目使用的关键技术和框架

关键技术

• Python: 项目的主要编程语言。
• PyTorch: 用于深度学习模型的训练和推理。
• nnUNet: TotalSegmentator 基于 nnUNet 框架，这是一个用于医学图像分割的强大工具。

框架

• TotalSegmentator: 提供了一个用户友好的接口，用于在 CT 和 MR 图像中进行解剖结构的分割。

3. 项目安装和配置的准备工作和详细安装步骤

准备工作

在开始安装之前，请确保您的系统满足以下要求：

• 操作系统: Ubuntu、Mac 或 Windows。
• Python 版本: 3.9 或更高版本。
• PyTorch 版本: 2.0.0 或更高版本（Windows 用户需确保版本低于 2.4）。
• GPU: 推荐使用 GPU 以提高运行效率。

详细安装步骤

步骤 1: 安装依赖项

首先，确保您的系统上安装了 Python 和 PyTorch。您可以使用以下命令安装 PyTorch：

pip install torch

步骤 2: 安装 TotalSegmentator

使用 pip 安装 TotalSegmentator：

pip install TotalSegmentator

步骤 3: 可选依赖项

如果您计划使用 --preview 选项，您需要安装 xvfb 和 fury：

sudo apt-get install xvfb
pip install fury

步骤 4: 验证安装

安装完成后，您可以通过运行以下命令来验证 TotalSegmentator 是否正确安装：

TotalSegmentator --help

这将显示 TotalSegmentator 的帮助信息，确认安装成功。

使用示例

以下是一些基本的使用示例：

对 CT 图像进行分割

TotalSegmentator -i ct.nii.gz -o segmentations

对 MR 图像进行分割

TotalSegmentator -i mri.nii.gz -o segmentations --task total_mr

注意事项

• 如果您在 CPU 上运行，建议使用 --fast 或 --roi_subset 选项以提高运行效率。
• TotalSegmentator 不是医疗设备，不应用于临床用途。

通过以上步骤，您应该能够成功安装和配置 TotalSegmentator，并开始使用它进行图像分割。

TotalSegmentator Tool for robust segmentation of >100 important anatomical structures in CT images 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/to/TotalSegmentator