TotalSegmentator:一站式医学影像分割工具
项目基础介绍及编程语言
TotalSegmentator 是一个强大的开源工具,专为CT(计算机断层扫描)和MR(磁共振成像)图像设计,用于自动分割超过100个重要的解剖结构。它由Python实现,并依赖于PyTorch等库,确保了其在多平台(Ubuntu、Mac、Windows)上的兼容性,支持CPU和GPU运行环境。
核心功能
- 多功能解剖结构识别:该工具训练有素,能够处理各种CT和MR图像,支持对包括脑部、心脏、骨骼在内的超过100种主要解剖结构进行精细分割。
- 广泛数据适应性:由于在大量不同来源的图像上进行训练,TotalSegmentator具备良好的泛化能力,适用于大多数临床图像。
- 易用命令行界面:通过简单的命令即可启动对CT或MR图像的处理,如
TotalSegmentator -i [image_path].nii.gz -o [output_directory]
,对于MR图像,只需指定任务参数--task total_mr
。 - 子任务定制:提供多种子任务,针对特定解剖区域或应用,比如仅分析肺血管、大脑结构或身体部分。
最近更新功能
尽管具体的最近更新详情未直接在提供的信息中列出,但根据开源项目的常规模式,可以推测TotalSegmentator可能已增强对MR图像的支持,新增或优化了模型以覆盖更多结构类别。此外,随着版本迭代,其性能、稳定性以及对新数据集的适应性很可能是改进的重点。特别是提及到“ANNOUNCEMENT: We recently added support for MR images”,表明最新版本加强了MRI图像的处理能力,用户应当查阅具体提交记录或Release笔记来获取精确的更新日志。
此项目基于nnUNet框架构建,强调了其在深度学习医学图像分析领域的专业性和可靠性,同时也提醒潜在贡献者和用户需要遵循Apache-2.0许可协议,并且如果在研究中应用,应适当引用相关学术论文。对于那些寻求高效、跨平台的医学影像分析解决方案的研究人员和开发者,TotalSegmentator是一个不容错过的选择。