1.bio-linux
Bio-Linux是功能齐全的、强大的、可定制的、易于维护的生物分析工作站。Bio-Linux基于Ubuntu提供500多个生物分析程序,由一个图形化的菜单进行管理,能方便地访问其生物分析文档系统及对测试程序有用的样本数据。用于处理新型序列数据类型的Bio-Linux软件包可额外安装.最新发生版为Bio-Linux7.0, 基于Ubuntu 12.04 x64版本,发布于2012年11月,安装程序大小为2G,安装需要至少15G硬盘空间。内部集成了500多个生物信息学人员常用的软件或包,也可自己将biolinux软件源加入Ubuntu软件列表中,利用Ubuntu的apt-get安装这些软件包.
2.bcftools
3.bedtools
4.bowtie
5.bowite2
6.bwa
7.cmake-hdf-5
8.fastx_toolkit
9.gatk
10.hdf5
11.htslib
12.htslib
13.libgtextutils
14.ncbi-blast
15.qualimap
16.samtools
17.soapdenovo2
18.tophat
19.ts-master
20.WGC080079-1-2_combined_R1.fastq.gz
21.WGC080079-1-2_combined_R2.fastq.gz
22.zlib-1.2.8.tar.gz
23. vi download.sh 下载 hg19.fasta
for i in $(seq 1 22) X Y M;
do echo $i;
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr${i}.fa.gz;
done
gunzip *.gz
for i in $(seq 1 22) X Y M;
do cat chr${i}.fa >> hg19.fasta;
done