Bio

1.bio-linux

Bio-Linux是功能齐全的、强大的、可定制的、易于维护的生物分析工作站。Bio-Linux基于Ubuntu提供500多个生物分析程序，由一个图形化的菜单进行管理，能方便地访问其生物分析文档系统及对测试程序有用的样本数据。用于处理新型序列数据类型的Bio-Linux软件包可额外安装.最新发生版为Bio-Linux7.0, 基于Ubuntu 12.04 x64版本，发布于2012年11月，安装程序大小为2G，安装需要至少15G硬盘空间。内部集成了500多个生物信息学人员常用的软件或包，也可自己将biolinux软件源加入Ubuntu软件列表中，利用Ubuntu的apt-get安装这些软件包.

2.bcftools

3.bedtools

4.bowtie

5.bowite2

6.bwa

7.cmake-hdf-5

8.fastx_toolkit

9.gatk

10.hdf5

11.htslib

12.htslib

13.libgtextutils

14.ncbi-blast

15.qualimap

16.samtools

17.soapdenovo2

18.tophat

19.ts-master

20.WGC080079-1-2_combined_R1.fastq.gz

21.WGC080079-1-2_combined_R2.fastq.gz

22.zlib-1.2.8.tar.gz

23. vi download.sh  下载 hg19.fasta

for i in $(seq 1 22) X Y M;

do echo $i;

        wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr${i}.fa.gz;

done

gunzip *.gz

for i in $(seq 1 22) X Y M;

        do cat chr${i}.fa >> hg19.fasta;

done