bedtools，vcftools，bcftools的功能区别

bedtools，vcftools的功能区别

在生信分析中有很多很多小软件，我们不一定要记住每个软件是怎么用的，太多了也记不住。
但是我们需要知道每个软件都有哪些功能，在我们需要的时候，我也有方向可以寻找。
今天主要介绍一下 bedtools、vcftools、和bcftools的功能。

一、bedtools

bedtools的功能主要是：

1、基因坐标的计算：

交集（intersectBed，windowBed）；邻集（closest）；补集（complement）；差集（subtract）；合并（merge，合并重叠或相接的区域）；聚类（cluster，聚类重叠或相接的区域）；排序（sort）；random，随机产生一个区间；注释（annotate）；multiinter，多个文件的交集；unionbedg，多个文件的并集

2、基因组覆盖度

coverage（给定区域的覆盖度），genomecov（整个基因组的覆盖度），multicov（多个bam文件，在给定区域的覆盖度）

3、格式转换

bamt