药物研发常用数据库

介绍一些医药研发中常用的数据库,网址及说明如下,欢迎取用: 

数据资源简介网址说明
1PDB蛋白质序列及结构数据库RCSB PDB: Homepage蛋白相关类
2PDBsum与PDB数据库类似,更便于查询蛋白配体相互作用信息PDBsum home page
3Uniprot 关于蛋白质的全部信息UniProt
4STRING蛋白互相作用关系的数据库https://string-db.org/
5STITCH化合物与蛋白质之间的互作关系STITCH: chemical association networks化合物-靶点类
6BindingDB药物靶点的蛋白质与小的药物样分子的相互作用Binding Database Home
7drug2gene化合物-靶标为中心的数据库Gene2drug
8GEO DataSets基因表达数据集https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/基因相关类
9NCBI Gene关于基因的全面信息https://ncbi.nlm.nih.gov/gene
10Ensembl关于基因的全面信息Ensembl genome browser 108
11Connectivity map (Cmap)细胞被化合物处理前后的基因表达数据集GEO Accession viewer
12GTExPortal不同靶点在不同的组织中的表达量GTEx Portal
13reactome蛋白通路数据库Home - Reactome Pathway Database通路
14WikiPathways公共管理的通路数据库WikiPathways - WikiPathways
15Pathway Commons通路元数据库Pathway Commons: A Resource for Biological Pathway Analysis
16KEGG通路数据库KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
17PubChem有机小分子生物活性数据PubChem化合物类
18DrugBank药品类型,简介,化学结构,成分,临床实验,药物靶点等https://go.drugbank.com/
19ChEMBL生化活性数据库ChEMBL Database
20ChemBank生化活性数据库ChemBank - view assays
21Ligand ExpoPDB中结合的配体数据集Ligand Expo Downloads
22ChemSpider化合物性质ChemSpider | Search and share chemistry
23ZINC免费的化合物虚拟筛选数据库ZINC
24ClinicalTrials临床试验数据库Home - ClinicalTrials.gov其它
25ReDO_DB老药新用相关数据库ReDO_DB - Drug Repurposing Database | Anticancerfund
26CLUE  THE DRUG REPURPOSING HUB老药新用相关数据库THE DRUG REPURPOSING HUB
27OMIM孟德尔疾病目录https://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim
28Achilles肿瘤细胞系的RNAi筛选DepMap: The Cancer Dependency Map Project at Broad Institute
29CTD2化合物探针集对肿瘤细胞系的作用http://www.ctd2.nci.nih.gov/
30PhenomicDB表型-疾病关系的元数据库PhenomicDB: a multi-species genotype/phenotype database for comparative phenomics | Bioinformatics | Oxford Academic
31opentargets靶标-疾病相关性证据的数据库Home - Open Targets
32GWAS Catalog基因单核苷酸多态性与疾病关系的目录GWAS Catalog
33HuGe Navigator基因-疾病联系HuGE Navigator|Home|PHGKB
34CCLE肿瘤细胞系百科全书Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)
35TCGA肿瘤患者的基因组信息The Cancer Genome Atlas Program - NCI

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### 回答1: P450 数据库是蛋白质结构领域的一个重要结构性资源,它收集了超过千种不同类型P450蛋白质的结构和功能特征。P450数据库综述包括P450蛋白质的结构、功能和生物学特征,以及P450数据库的结构和功能。P450的结构是由一个核心区和六个边缘区组成的,它们共同形成P450蛋白质的完整构型。核心区与边缘区的结合可以改变P450蛋白质的结构特征和功能,从而影响它们的生物学活性。P450数据库的结构包括P450序列、P450结构和P450功能。序列是指P450蛋白质的氨基酸序列,它提供了有关P450蛋白质的结构和功能的信息。结构是指P450蛋白质的三维结构,它提供了有关P450蛋白质的物理和化学性质的信息。功能是指P450蛋白质的生物学活性,它提供了有关P450蛋白质的生物学功能的信息。P450数据库的功能特性也被广泛应用于药物开发、疾病诊断和治疗、食品安全等领域。因此,P450数据库可以为研究者提供有关P450蛋白质的深入研究和分析,为药物开发、疾病诊断和治疗、食品安全等领域提供重要的结构性资源。本文综述了P450数据库的结构、功能和生物学特征,以及P450数据库的结构和功能,并讨论了P450数据库药物开发、疾病诊断和治疗、食品安全等领域的应用。最后,本文指出了P450数据库在未来的发展方向,以提供更多的结构性资源,为研究者提供更多的研究和分析手段。P450数据库是一个重要的结构性资源,它提供了有关P450蛋白质的深入研究和分析,为药物开发、疾病诊断和治疗、食品安全等领域提供重要的结构性资源。本文通过综述P450数据库的结构、功能和生物学特征,以及P450数据库的结构和功能,以及P450数据库药物开发、疾病诊断和治疗、食品安全等领域的应用,探讨了P450数据库的重要性和研究价值。最后,本文指出了P450数据库在未来的发展方向,以期为研究者提供更多的结构性资源,为药物开发、疾病诊断和治疗、食品安全等领域提供更多的研究和分析手段。 ### 回答2: P450数据库是专门用于存储和分析细胞色素P450(Cytochrome P450,简称P450)蛋白家族的基因、结构和功能信息的数据库。该数据库的建立旨在为研究人员提供一个集中的资源,以便获取这一重要酶家族的相关信息。 P450蛋白是一类广泛存在于生物体中的酶,它在维持生物化学平衡和代谢物转化过程中起着重要作用。P450家族包含了多种亚家族,每个亚家族中有数十甚至上百种不同的成员。这些成员在结构和功能上存在差异,这使得P450酶在催化范围和药物代谢中具有广泛的应用价值。 P450数据库的建设主要包括两方面内容:基因信息和结构信息。基因信息方面,数据库中收录了各个亚家族的P450基因序列、结构、启动子区域和调控因子的信息。这为研究者提供了对P450基因的发育和表达进行研究的基础。 结构信息方面,P450数据库收集了大量P450蛋白的晶体结构,提供了这些蛋白的原子级别解释。这有助于研究者解析这些蛋白的催化机制和底物结合方式。此外,数据库还提供了与药物代谢相关的信息,例如药物分子与P450蛋白的结合方式和代谢产物分析等。 除了基因和结构信息外,P450数据库还提供了一系列的实验数据和功能预测工具。这些数据包括酶的催化活性、底物特异性、药物代谢能力等方面的信息。研究者可以利用这些数据和工具,进行进一步的研究和预测。 总之,P450数据库是一个重要的资源,为研究人员提供了对P450酶家族进行全面理解的基础。通过对数据库的综述,我们可以更深入地了解这一重要酶家族的基因、结构和功能特征,进一步推动相关研究领域的发展。 ### 回答3: P450数据库的文献综述 近年来,生物信息学和计算生物学的发展促进了生物医学研究的突破。其中,P450基因家族和相关药物代谢酶在药物代谢研究和药物筛选方面起到了重要作用。为了更好地研究P450基因家族,建立了多个P450数据库,旨在提供有关这一基因家族的详细信息。 P450数据库最早出现于20世纪90年代,最初的版本仅包括有限的信息,如基因序列、基因组结构和基因表达谱等。随着技术的进步和研究的深入,现代P450数据库已经发展成为一个庞大的资源,提供了关于P450基因家族的广泛信息。 目前,最常用的P450数据库之一是Cytochrome P450 Engineering Database(CYPED),它是一个以酶工程为目标的综合数据库。 CYPED收集和整合了大量的P450相关信息,如基因序列、基因表达、药物代谢速率、结构域、结构分析和突变体分析等。该数据库药物研发和毒理学研究提供了有价值的信息。 此外,SuperCYP和DrugCyp数据库也是P450研究的重要资源之一。SuperCYP数据库综合了实验和计算方法的结果,提供了药物对P450酶的相互作用预测。DrugCyp数据库聚集了大量的P450物种、亚型和药物代谢数据,为药物有效性和安全性评估提供了重要的依据。 P450数据库的广泛应用已经在药物发现和药物研发方面取得了重要的突破。通过利用这些数据库中的信息,研究人员可以预测药物代谢途径、评估药物相互作用和药物代谢酶的多态性等。这些信息对于理解和预测药物的有效性和毒副作用非常重要。 然而,P450数据库仍然存在一些挑战和不足。其中之一是数据库中信息的更新速度较慢,无法及时收录新的研究成果。另外,数据库中的一些信息质量也不尽如人意,需要进一步改进和验证。 综上所述,P450数据库药物研发药物安全性评估等方面发挥着重要作用。然而,这些数据库仍然需要不断发展和改进,以提供更准确、全面和及时的信息。

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