用于评估分子对接和算法模型的数据集——DUD-E

通常会用一组活性化合物和诱饵化合物来评估预测模型性能。在这里我们介绍一个用于测试预测模型的数据库DUD-E，网址如下：

DUD - A Directory of Useful Decoyshttp://dud.docking.org/index.htmlDUD-E: A Database of Useful (Docking) Decoys — Enhancedhttp://dude.docking.org/

（注：在实践中，我们通常会从科学文献或生物活性分子数据库[如欧洲生物信息学研究所(EBI)的ChEMBL数据库(http://www.ebi.ac.uk/chembl/)]中获取活性分子与非活性分子，为了得到最好的模型，我们希望诱饵的性质分布与活性化合物相似）

DUD-E是DUD数据库的升级版，具体内容请参照文献：

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jm300687ehttps://pubs.acs.org/doi/10.1021/jm300687e

不想看文献的小伙伴，听我来简单介绍一下DUD-E：

        DUD-E解决了DUD数据库中原有的问题并开发了新功能。通过借鉴ChemBL09，每个配体都有由参考文献支持的测量亲和力，配体由 Bemis–Murcko 原子框架聚集，为了减少化学型偏差，每个靶标平均有 224 个配体。靶点列表从 40 个扩展到 102 个，更利于拥有许多配体和多个结构的靶标。与DUD相比，DUD-E中添加了几种与药物相关的膜蛋白：五个 GPCR、两个离子通道和两个细胞色素 P450。同时，DUD-E还通过更严格的拓扑差异过滤来减少虚假诱饵，部分借助了实验的手段。