用于评估分子对接和算法模型的数据集——DUD-E

已于 2022-09-29 10:18:06 修改
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分类专栏： AI_drug CADD 文章标签： python
于 2022-06-07 12:20:21 首次发布
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Graph Convolutional Neural Networks for Predicting Drug-Target Interactions
wangprince2017
02-22 1036
1. 摘要 2. 数据集 DUDE数据集改进 DUDE-chemBl负样本数据集 最大无偏数据集（MUV） 3. 图构建 pocket graph molecuar graph 4. 口袋pretraining 使用autoencoder 4.1 阶段1 自编码 编码器 解码器 4.2 阶段二自编码 4.3 模型设计 实验结果 1. baseline 2. 数据可视化 3.测试模型是否有学习到口袋信息 4...
网络药理学：11、分子对接之PDB数据库使用、PubChem如果没有3D结构、autodock+mgltools实现大分子蛋白（PDB ID已知）和小分子配体对接
最新发布
shanshan的博客
09-10 1090
首页如下：我们以热休克蛋白HSP90AA1为例，其PDB ID为7DHG，所以我们在搜索栏输入7DHG主要关注红框里的几个地方。DownloadPDB FormatReleasedMethodX-RayNMRResolution2A再往下翻，主要看该蛋白有几条链，并且右下角可以直接跳转到UnitProt数据库可以看到，这里该蛋白是有两条链的。同时，对于一些有小分子的蛋白也最好看看相关信息，这里我展示另一个7A2O示例：一般要记住这里的ID，在处理蛋白的时候要去除。
dude:查找给定路径列表中最大目录的工具，查找深层条目
05-08
杜德 该dude工具（d ISKû圣人d EEPËxaminer）可用于列出最大的目录或文件，深中给出的路径列表的文件系统hierarchie。 虽然du可以很完美地找到第一级使用的磁盘空间，例如 du -cshx * 或更深层次的 du -achHx * | sort -rn | head -n 30 ，这两个结果都缺少深入的信息或良好的概述。 为了快速概述大文件在文件系统中的位置，编写了dude脚本。 例如，打电话 dude /var/lib 显示12个文件系统条目，例如： 51.6M /var/lib/rpm 45.0M .... /var/lib/rpm/Packages 2.6M .... /var/lib/rpm/Basenames 31.1M /var/lib/sss 25.3M .... /var/lib/sss/mc 10.5M ........ /var
分子对接软件大比拼
hdpai2018的博客
05-20 8650
文献报道过的或者没报道过的分子对接软件有很多，很多最初都是由实验室开发，免费发布。当软件很完善，没有什么缺陷时，可能会被专门的商业软件公司购买，就变成了某个大型软件包中的模块。 其实不止分子对接软件，其他还有药效团软件、定量构效关系软件、数据库筛选软件等，都是这样的发展历程。不过，其中还是有一些实验室，在商品化大潮的影响下屹立不倒，依旧免费给我们提供免费的强大的软件，甚至是源代码（source code）。 很多软件我手中都有，如果那位朋友想要，可以给我发邮件。当然，要在版权要求的范围内使用。 1、这里首先
unDude:读取MikroTik-The Dude数据库中的所有用户名，设备和密码
05-13
UnDude 读取 - 数据库中的所有用户名，设备和密码。 安装 git clone https://github.com/dobladov/unDude.git cd unDude npm install 用法 node undude.js dude.db 筛选 使用grep过滤设备或管理员 node undude.js dude.db | grep Admin node undude.js dude.db | grep Device 关于 该软件用于在您自己的数据库中进行恢复，对于任何其他用途，我概不负责。 永远不要将您的密码未加密存储，否则它们可能会被泄露。
计算机模拟虚拟筛选操作流程
bobo531的博客
12-28 3439
计算机模拟虚拟筛选操作流程： 1、寻找同一靶点的不同小分子活性药物； 2、对得到的小分子药物进行聚类分析； 3、对分类得到的同一类小分子药物进行药效团的创建； 4、对不同类的药效团进行share（可选）； 5、对创建的药效团进行验证； 5.1 利用active化合物在DUDe中生成decoys化合物； 5.2 用active化合物和decoys化合物对创建的药效团进行ROC曲线的绘制，ROC曲线越靠近左上角，说明创建的药效团越好，一般大于0.5，可考虑用来进行下一步的大规模虚拟筛选； 6、对虚拟筛选得到的结
Graph Convolutional Neural Networks for Predicting Drug-Target Interactions(2019)笔记
weixin_40248634的博客
06-11 1152
Graph Convolutional Neural Networks for Predicting Drug-Target Interactions1. 摘要2. 数据集DUDE数据集改进DUDE-chemBl负样本数据集最大无偏数据集（MUV）3. 图构建pocket graphmolecuar graph4. 口袋pretraining 使用autoencoder4.1 阶段1 自编码编码器解码器4.2 阶段二自编码4.3 模型设计实验结果1. baseline2. 数据可视化3.测试模型是否有学习到
bindingdb数据集和DUD-E数据集的联系和区别
07-12
BindingDB数据集和DUD-E数据集都是用于药物发现和药物设计的常用数据集，但它们有一些联系和区别。 联系： 1. 目标：两个数据集都包含了药物与蛋白质之间的相互作用信息。它们都提供了大量的化合物-目标对的结合...
IBM X3650 硬盘驱动 dud-2.6.18-194-64.RHEL5.iso
05-22
IBM X3650 硬盘驱动 dud-2.6.18-194-64.RHEL5.iso
GPCR-Bench:GPCR-Bench提供了高质量的GPCR对接基准测试集
05-03
GPCR-Bench提供了高质量的GPCR对接基准测试集：截至2015年1月，共有25种PDB结构涵盖了所有NR结构，以及DUD精神下的活性和诱饵化合物。 如何使用 为您选择的GPCR目标下载文件，或下载所有文件以比较所有25个GPCR目标...
DecoyFinder:一种帮助为给定目标寻找诱饵分子的工具，提供一组活性分子
06-28
什么是诱饵查找器？ DecoyFinder 是一种工具，可帮助查找给定目标的诱饵分子，提供一组活性分子。 DecoyFinder 将搜索与活性配体在物理上相似但在化学上不同的分子。 用户可以调整相似度和差异度。 如何使用诱饵查找器 这是关于 DecoyFinder 的主要功能以及如何使用它的指南。 如果您在这里遗漏了一些信息（例如更多示例、记录功能 X、记录该按钮/选项的作用等），您可以查看 DecoyFinder 中的内置工具提示说明，只需将鼠标悬停在您想要了解的选项或按钮，然后等待它出现。 如果之后您对 DecoyFinder 或本文档仍有任何疑问或任何建议，请随时通过电子邮件将它们发送给 界面概览 界面分为三个选项卡： Find选项卡：这是主选项卡，必须在其中引入输入源和输出文件名。 它由两个列表小部件组成： 左边的（ Known Active Ligands ）是包含给定目标
thedude3.6中文版（网络拓扑发现工具）
02-04
thedude3.6中文版 The Dude是MikroTik提供的一款软件，它可以极大的提高您管理您网络的效率。它可以自动的扫面指定网络中的所有设备，并画出网络布局的拓扑。The Dude不仅能帮您监控您的设备，通过The Dude的管理界面，您可以批量的升级、配置、管理和您的RouterOS设备。 他们主要通过自动搜索指定子网内的所有设备，绘制和生成你的网络拓扑图，监视你设备的服务器端口，能为你的网络提供监视和网络分析的功能，并在服务段端口中断后发出警报和提示，记录到当前的日志中. 自动网络搜索和布置网络拓扑图； · 探测任何类型的网络设备； · 设备的连接监测和状态通知； · 为设备提供SVG图标，支持用户图标和背景定义； · 简单的安装与操作和日志系统； · 允许你绘制你的网络拓扑图和添加需要定义网络设备； · 支持SNMP, ICMP, DNS和TCP等协议等对设备的监视； · 独特的连接不间断监视和图像显示功能； · 设备管理可以通过远程管理工具直接进入； · 支持远程Dude服务器和本地客户端;
dude网络拓扑生成
08-27
dude网络拓扑生成dude网络拓扑生成dude网络拓扑生成dude网络拓扑生成
unagi:搜索和下载Hyper Suprime-Cam（HSC）斯巴鲁战略调查（SSP）中的数据
05-02
乌纳吉（ウナギ） 除了是世界上最美味的鱼的一个， unagi还可以帮助您通过浏览或了Hyper Suprime-CAM（HSC）斯巴鲁战略...2019/06/03：添加了对HSC PDR2的支持（需要更多测试） PDR2_DUD和PDR2_WIDE重新运行中的所有
虚拟筛选及其方法学验证与ROC曲线python实现
weixin_45429249的博客
10-08 5110
前言 分子对接代表的基于结构的虚拟筛选已成为基于结构药物设计的标准方法。下面是虚拟筛选的笔记。 附注：主要从维基百科和百度百科的资料。 虚拟筛选 虚拟筛选(virtual screening，VS)也称计算机筛选，即在进行生物活性筛选之前，利用计算机上的分子对接软件模拟目标靶点与候选药物之间的相互作用，计算两者之间的亲和力大小，以降低实际筛选化合物数目，同时提高先导化合物发现效率。 从原理上来讲，虚拟筛选可以分为两类，即基于受体的虚拟筛选和基于配体的虚拟筛选。 基于受体的虚拟筛选从靶蛋白的三维结构出发，
《2022 Artificial Intelligence in Drug Design》 笔记--第一章：人工智能在药物设计中的应用：机遇与挑战
weixin_70379932的博客
08-24 1168
药物设计的过程是一个漫长，复杂和昂贵的过程，但近年来AL/ML/DL爆炸性的发展,极大程度上促进了药物设计的发展，有望改变设计-制造-测试-分析的（DMTA）周期，加快药物设计的过程,降低成本。本书旨在提供药物设计中AL/ML/DL方法的发展和应用的最新技术的概述.主题还包括：1.如何应对这些新技术方法加速和革新传统的药物设计方法，如admet、药物动力学、药物靶标停留时间等。2.这些新方法的应用范围以及它们在哪些方面最大限度地影响当前以及未来的生产率。
虚拟筛选-分子对接
qq_34186880的博客
10-20 9448
虚拟筛选-分子对接 我的讲解会从以下几个方面展开。 1、什么是分子对接。 2、分子对接的用途。 3、分子对接的原理和类别。 4、最后也是最重要的一点，分子对接的流程。 什么是分子对接 维基百科中文版给出的解释是，分子对接是分子模拟的重要方法之一。其本质是两个或多个分子之间的识别过程，其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法，在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 读完这一段，我们了解到的是分子对接，是一个计算机模拟，模拟的是分子之间的识别过程。涉及到分子之间的空间形状互补和能量匹配。 维基
一个拓扑工具——DUDE
weixin_34383618的博客
04-29 1375
1.The Dude产品简介1.1.产品简介The Dude是一个网络监控器，能有效的改进网络管理方式，主要通过自动搜索指定子网内的所有设备，绘制和生成网络拓扑图，监视设备的服务器端口。为网络提供监视和分析的功能，并在服务段端口中断后发出警报和提示，记录到日志中。其主要特点有：a)自动网络搜索和布置网络拓扑图；b)探测任何类型的网络设备；c)设备的连接监测和状态通知；d)为设...
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