分子动力学模拟再登顶刊（IF=18.72）

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转录后修饰的核苷酸对RNA功能至关重要。腺嘌呤在N6位置的甲基化( m6A )是信使RNA中最普遍的化学修饰，在编码和非编码RNA中都能观察到。
m6A可以精细调节RNA与特定蛋白质的相互作用。此外，与其他化学修饰类似，它可以直接影响RNA的稳定性和结构动力学。
有趣的是，近期核磁共振( NMR )实验在配对和非配对m6A中都发现了syn/anti动力学，再现了N6甲基化对RNA构象动力学的影响。

分子动力学模拟在原子尺度上提供了结构动力学的途径，是补充NMR研究的理想工具。经典力场预测困难结构模型动力学的能力正在稳步提高。
然而，迄今为止，MD模拟在N6-甲基化RNA中的应用数量仍然有限。Aduri等人开发的m6A力场参数是以自下而上的方式确定的，并且与广泛用于RNA模拟的AMBER力场兼容。
最近发表的一些含有m6A的双链体的变性实验要求对力场参数进行更广泛的验证，理想的情况是直接在实验上拟合力场参数。
2022年8月3日，意大利国际高等研究院Giovanni Bussi教授发表论文（DOI：10.1021/acsentsci.2c00565），研究者通过使用炼金术自由能计算（AFECs）来验证和改进文献中介绍的参数。

然后，他们开发了一种重新加权技术，可以用来预测与一组不同电荷对应的结果，而不需要进行新的MD模拟。此外，研究者还扩展了最近引入的力场拟合策略，使其可用于炼金术模拟。
引入的方法允许训练六个电荷和一个二面势，以便定量地再现变性实验中的甲基化效应。由此产生的力场可用于正确描述syn和anti构象中的配对和非配对m6A。

在这项工作中，研究者使用MD模拟和一组实验数据拟合了m6A RNA残基的点电荷和单个扭转势修正。
1、在较小的数据集上的拟合
在第一次拟合中，研究者只采用了表1中的A1-A5数据集。假设每个数据点的实验误差都相等且为1 kJ/mol，则计算χ2误差。

图1报告了进行交叉验证的结果。也就是说，他们对整个实验数据集进行拟合，每次省略一个实验数据点，并报告左侧实验的平均误差。
随后，研究者在较新的数据集B1-B5上测试了用这个缩减的训练集得到的电荷，它没有包含在训练阶段。这组数据涉及5个近期发表的熔化实验，其中4个在双链中都有m6A发生。

2、对全部数据集的拟合
接下来，研究者使用表1中报告的完整数据集进行拟合。由于该数据集的误差变化较大，在此使用表1中报告的实验误差来计算χ2。
图2报告了进行交叉验证测试的结果。也就是，他们随机选择七个系统用于训练，并报告其余三个系统的平均χ2误差。这一次，A1系统也被允许从训练集中剔除。结果与较小的数据集得到的结果在质量上是一致的。

3、参数解释及离子强度依赖性
为了对获得的参数进行解释，研究者进行了一些额外的拟合。特别是他们调查了哪些电荷对执行与实验的一致性有重大影响。为此，他们在一次只对两个电荷加上扭转项进行拟合，考虑在拟合A和拟合AB中的电荷对有系统的正负ΔQ。
总体而言，结果表明拟合修正的主要贡献是通过使N1和H61更具有极性，同时利用η扭转势来控制syn/anti相对数量来增加Watson-Crick氢键的稳定性。

据研究者们所知，这是首次尝试根据大分子复合物的实验来调整生物分子力场的部分电荷。他们希望这种方法在未来可以被用来提高生物分子力场的能力，以便利用传统上以自下而上的方式得出的函数形式的一部分来配合实验观察。
值得注意的是，这里得出的m6A的参数可以正确地描述配对和非配对m6A的syn和anti构象，从而为使用分子模拟来定量研究N6甲基化对RNA结构动力学的影响开辟了道路。