LAMMPS分子动力学核心技术与应用专题 （从examples的简单例子，到完成自己的科研课题）

1 分子动力学模拟入门理论—掌握lammps的in文件中各命令的意义
1.1系综理论1.2主要算法介绍1.3积分步长的选取1.4温度和压力控制
1.5周期性边界条件1.6分子动力学模拟流程
2 LAMMPS入门操作基础—熟练掌握LAMMPS所用的Linux命令
2.2 LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装
2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版编译安装——学会编译方法，针对自己体系编译软件。认识makefile文件。
2.4 LAMMPS的in文件结构格式及常用命令讲解、data文件格式。
2.5 LAMMPS实例讲解。
实例操作：编译安装自己的LAMMPS可执行程序。
3. LAMMPS各种参数计算
3.1 in文件基本语法3.2 颗粒模拟3.3 可视化快照3.4 弹性常数模拟3.5 计算热导率3.6 计算粘度3.7 计算均方位移3.8 计算径向分布函数3.9 计算扩散系数 3.10 计算能量数3.11 Lammps常见错误解决途径
实例操作：学员结合自己的科研方向，选择运行契合自己研究方向的例子
4 LAMMPS建模——掌握基本操作流程
4.1 lattice命令语法学习及建模实操4.2 packmol 建模语法学习及建模实操
实例操作：把上述实操模型转换成lammps的data文件
4.3 Material Studio建模学习及实操 4.4 VMD建模学习及实操
实例操作：把上述实操模型转换成lammps的data文件
5 通过examples中的例子，理解要模拟对象的物理意义到完成自己的科研课题
5.1 运行examples\flow 两个例子并做可视化处理
练习与思考：
5.1-1 把二维couette流动扩展成三维，并输出流体的速度和密度分布
5.1-2 把二维poiseuille流动扩展成三维，并输出流体的速度和密度分布
5.1-3 建立三维管道内的poiseuille流动
5.1-4 进行石墨烯通道内的Couette流动和Poiseuille流动模拟
5.1-5 调节通道表面电荷性质、亲疏水性质，分析其对流动性质的影响
5.1-6 模拟体系中水更改为KCl溶液
5.2 运行examples\shear 到石墨烯力学性质模拟
5.3 运行examples\friction 到金属/合金的摩擦模拟
6 夹层结构(graphene/C60/graphene)不同粗糙度条件下的摩擦性能研究
6-1 建立夹层结构(graphene/C60/graphene)不同粗糙度的初始模型
6-2 夹层结构的应力-应变曲线性能研究6-3 夹层结构摩擦性质研究
7 环氧树脂在二氧化硅表面吸附吸能的影响
7.1 建立模拟体系的初始模型7.2运行能量最小化及体系的预松弛7.3压缩盒子达到指定的密度（针对不同研究体系掌握压缩方法的不同，并掌握判断方法和依据）7.4模拟步骤：包括能量最小化-NVT平衡-NPT平衡-对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。7.5查看动态轨迹和特殊帧的图片显示(采用VMD软件做出漂亮的图片和视频，学会用tcl脚本控制输出)7.6.数据分析（origin软件的使用）7.6.1 MSD分析7.6.2 计算RDF7.6.3 计算密度分布
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