LAMMPS分子动力学基础到进阶学习分享(小白必看)

   分子动力学模拟是一种研究分子体系结构与性质的重要方法,已被广泛用于化学化工、生物医药、材料科学与工程、物理等学科领域。传统实验需要大量的人力物力而且耗时,而计算机模拟的方法省时省力,可以用来求解解析理论无法求解的问题,模拟实验做起来困难或不可能做的条件,得到更贴近实际体系的结果。LAMMPS分子动力学程序是一款开源而免费的软件,可以模拟成千上万甚至几百万个原子、分子,常用于模拟液体中的粒子,固体和汽体的系综,也可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子,聚合物,生物,金属,粒状和粗料化体系。
   LAMMPS是什么?能干什么?怎么用?以及如何从简单的例子开始学起,走通整个模拟流程,做出能够发表的结果,最终结合自己的科研方向,选择运行契合自己研究方向的例子,以及将实操模型转换成lammps的data文件等。
   学习内容简要介绍:

1.LAMMPS入门学习—编译安装自己的LAMMPS可执行程序,并运行一个例子
2.LAMMPS建模——掌握整个操作流程
2.1颗粒模拟、可视化、弹性常数模拟、计算热导率、计算粘度、计算均方位移、计算径向分布函数、计算扩散系数、计算能量数据(结合自己的科研方向,选择运行契合自己研究方向的例子)
2.2 lattice命令及金属、合金等晶体建模实例
2.3 packmol 命令及多种分子成分的模拟体系建模
2.4绘制小分子模型、多个模型的合并处理,添加力场及使用
2.5 VMD、OVITO建模\模型及轨迹文件显示分析处理实操
3.石墨烯、金属钛拉压模拟及可视化处理
4.金属/合金的摩擦模拟及可视化处理
5.环氧树脂在二氧化硅表面吸附模拟(CVFF力场)
6.夹层结构(graphene/C60/graphene)摩擦性质模拟(AIREBO力场)
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