Linux下lammps如何运行例子,（从examples的简单例子，到完成自己的科研课题）LAMMPS分子动力...

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1 分子动力学模拟入门理论——掌握LAMMPS的in文件中各命令的意义

1.1系综理论1.2主要算法介绍1.3积分步长的选取1.4温度和压力控制1.5周期性边界条件1.6分子动力学模拟流程

2 LAMMPS入门操作基础2.1 Linux命令入门基础——掌握运行LAMMPS常用的Linux命令2.2 LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版编译安装——掌握LAMMPS的编译方法，针对自己体系编译可执行文件。2.4 LAMMPS的in文件结构格式，基本语法及常用命令讲解、data文件格式。2.5 LAMMPS实例讲解。

3 LAMMPS建模——掌握基本操作流程3.1 LAMMPS各种参数计算3.1.1 颗粒模拟3.1.2 可视化快照3.1.3 弹性常数模拟3.1.4 计算热导率3.1.5 计算粘度3.1.6 计算均方位移3.1.7 计算径向分布函数3.1.8 计算扩散系数3.1.9 计算能量数据3.1.10 Lammps常见错误及解决途径

实例操作：学员结合自己的科研方向，选择运行契合自己研究方向的例子

3.2 lattice命令语法学习及建模实操(金属、合金等晶体建模)

4 LAMMPS建模——掌握基本操作流程

4.1 根据分子结构绘制小分子模型、多个模型的合并处理，添加力场及使用msi2lmp.exe工作得到data文件

4.2 VMD、OVITO建模学习及实操(用于建模\模型及轨迹文件显示分析处理等)

实例操作：把上述实操模型转换成lammps的data文件

5 通过examples中的例子，理解要模拟对象的物理意义

5.1 运行examples\flow 两个简单例子并做可视化处理

练习与思考：

5-1 把二维c