R语言中的并行计算



众所周知，在大数据时代R语言有两个弱项，其中一个就是只能使用单线程计算。 但是R在2.14版本之后，R就内置了parallel包，强化了R的并行计算能力。

parallel包实际上整合了之前已经比较成熟的snow包和multicore包，multicore无法在windows下运行。parallel包可以很容易的在计算集群上实施并行计算，在多个CPU核心的单机上，也能发挥并行计算的功能。我们今天就来探索一下parallel包在多核心单机上的使用。

parallel包的思路和lapply函数很相似，都是将输入数据分割、计算、整合结果。只不过并行计算是用到了不同的cpu来运算。

这样的计算过程可以使用如下方式来表述：

1、启动M个附属进程，并初始化

2、针对于任务，为每个附属进程分发所有的数据

3、将任务粗略的分为M个块儿（chunks），并将这些块儿发送到附属进程（包含需要的R代码）

4、等待所有的附属进程完成计算任务，并返回结果

5、对于其他任务也同样重复2-4

6、关闭附属进程

在parallel包里，对应上述两种并行化方式有如下两个核心函数（针对于lapply函数的并行化，mclapply在windows上不能使用）：

parLapply(cl, x, FUN, ...)

mclapply(X, FUN, ..., mc.cores)

案例1、不使用并行计算，直接使用lapply（隐式循环函数，它实际就是对不同的数据应用了相同的函数）：

fun <- function(x){

return (x+1);

}

system.time({

res <- lapply(1:5000000, fun);

});

user   system elapsed

21.42     1.74   25.70

案例2、使用parallel包来加速

library(parallel)

#打开四核，具体核数根据机器的核数决定

cl <- makeCluster(getOption("cl.cores", 4));

system.time({

res <- parLapply(cl, 1:5000000,   fun)

});

user system elapsed

6.54 0.34 19.95

#关闭并行计算

stopCluster(cl);

看看单核机器跑出来的结果：

user   system elapsed

29.30     9.23   97.22

所以，并非核数越多越好，看机器配置。

这个函数有两点要注意：

首先要先用detectCores函数确定系统核心数目，对于Window系统下的Intel I5或I7 处理器，一般使用detectCores(logical = F)来获得实际的物理核心数量。

由于这个函数使用的是调用Rscript的方式，这个例子里，对象被复制了三份，因此内存会吃的很厉害，在大数据条件就要小心使用。

案例3、在Linux下使用mclapply函数的效果如下：

mc <- getOption("mc.cores", 3)

system.time({

res <- mclapply(1:5000000, fun, mc.cores = mc);

});

user system elapsed

6.657 0.500 7.181

foreach包是revolutionanalytics公司贡献给R开源社区的一个包，它能使R中的并行计算更为方便。与sapply函数类似，foreach函数中的第一个参数是输入参数，%do%后面的对象表示运算函数，而.combine则表示运算结果的整合方式。 下面的例子即是用foreach来完成前面的同一个任务。如果要启用并行，则需要加载doParallel包，并将%do%改为%dopar%。这样一行代码就能方便的完成并行计算了。

案例4、foreach包的使用：

library(foreach)

# 非并行计算方式，类似于sapply函数的功能

x <- foreach(x=1:1000,.combine='rbind') %do% func(x)

# 启用parallel作为foreach并行计算的后端

library(doParallel)

cl <- makeCluster(4)

registerDoParallel(cl)

# 并行计算方式

x <- foreach(x=1:1000,.combine='rbind') %dopar% func(x)

stopCluster(cl)

转载自 http://blog.itpub.net/24229571/viewspace-1120592/