在linux中,可以利用sed命令来替换字符串,该命令主要用于自动编辑一个或多个文件,当参数设置为“s”时,可以替换内容,语法为“sed 's/原字符串/新字符串/'文件”。
由于自己在处理文本文件时,如下图,需要将从ensembleplant网站中下载的注释文件进行进行处理,提取染色体编号、基因ID、起始位点、终止位点,然后保存至新文件。
利用head -10 ruf_new.fourcol.gff 命令查看此文件的前10行,看看是否提取成功 。右图为提取前,左图为提取后,结果显示transcript:Os01t0100100-01被替换成Os01t0100100-01,这样做目的是将复制的ID变得简洁,方便后面对基因ID的匹配等操作。
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