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RSS订阅原创 用 LaTeX 进行批注和修改
使用changes宏包\usepackage{changes}一、语法\added{xxx} 添加内容\deleted{xxxx} 删除内容\replaced{a}{b} 把原文的b替换成a二、例子1. 代码This is my book.This is my book \added{and apple}.This is \deleted{my} book.This is \replaced{your }{my} book.2.效果三、完成修订之后\usepacka
2021-08-24 23:12:15
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原创 禁止matlab中libsvm计算过程中输出消息
一、背景当计算量比较大时，输出中间消息是非常消耗计算资源和耗时的，所以需要禁止消息输出二、方法代码中加入“-q”例如：svmtrain(A,d,’-v 10 -q’);这个方法有时候不管用，不知道为什么，如果不行，可以使用第二种方法，治本。更改libsvm源代码（1） 在svmtrain.c 文件下的 Cross Validation Accuracy输出注释掉。（注意是matlab子文件夹下）（2）在svm.c文件下注释掉(*svm_print_string)(buf)。（注意这个文件在
2021-08-10 10:24:04
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原创 在docker里运行Facebook的脑机接口开源程序LabGraph
Facebook将它的脑机接口平台LabGraph开源了。本人用docker尝试了一下，具体过程如下：一、下载git clone https://github.com/facebookresearch/labgraphcd labgraph二、修改要改一下labgraph文件夹里面的Dockerfile文件，把其中RUN git clone https://github.com/facebook/buck.git改成RUN git clone --depth 1 http://gith.
2021-08-04 21:39:11
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原创 用markdown+zotero+pandoc完成学术论文的撰写
基本思路：首先，markdown码字。所以，这里要熟悉markdown的语法（总共也没几条，十分钟应该能就能熟练运用）；然后，要用zotero来插入文献。这里，要用到Better BibTex插件（作用是给zotero了的文献生成citationkey），装了之后，zotero程序的Preferences里就会多出相应的卡片。剩下的就是设置下:(1) citation key的格式，建议[auth:lower][year];(2) quickCopy format为Pandoc(3) 编
2021-05-20 23:20:39
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转载 设置Ｔuｎｄｅｒｂｉｒｄ接收Ｏｕｔｌｏｏｋ邮件
To set up Thunderbird to sync to your Outlook.com account’s email: Open Thunderbird. From the Application menu, choose Add Account… Input your account information, choose Options… then Account Settings… Click the Account Actions button,
2021-05-14 17:52:56
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原创 PCA和FA之间的区别
PCA和FA之间的区别因子分析时主成分分析的推广和发展。二者都是用于降维。主要区别是，PCA是根据方差最大来进行降维，而FA是根据变量间的依赖关系进行降维。一、但是，1）方差损失上：主成分解释了原始变量的全部方差，无方差损失；因子模型中除了有公因子外，还有特殊因子，公因子只解释了部分信息，所以有方差损失。2）唯一性：主成分分析不存在因子旋转（jPCA是什么？），主成分是唯一的；因子分析进行因子旋转，解不唯一。3）实际意义：PCA没有实际意义；公因子有实际意义。4）应用：主..
2021-05-06 15:44:16
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原创 矩阵中零空间，行空间的意义
零空间、行空间都属于子空间，所以需要理解子空间，而要理解子空间，自然需要知道“空间”的意思。“空间”，这里特指向量空间，是对于线性运算封闭的向量集合，即对于空间中的任意向量和，对于任何实数和，线性组合必属于该空间。简单的例子如其和和数乘也必属于该空间。常见的如实数空间，……都是重要的向量空间，表示维空间。“子空间”为包含向量空间内的一个向量空间，它是原向量空间的一个子集，而且本身也满足向量空间的要求。但是“子空间”和“子集”的概念有区别，所有元素都在原空间之内就可以称之为子集，但是要满足对
2021-04-09 19:43:05
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原创 利用脑信号同时进行BCI control和Motor control（脑控和手控）
Reconfiguring Motor Circuits for a Joint Manual and BCI Task背景：当中风或者伤残，虽然可能会导致全瘫，但是大部分还是半身瘫痪，这样脑信号可以控制正常的半边身体，也可以用BCI进行瘫痪半边的控制。这篇文章就是来研究大脑是如何同时进行正常身体控制和利用BCI对瘫痪侧控制的。毕竟双手协同才是正常的。方法：从猴子大脑提取神经信号。然后分析神经元在进行单侧正常控制，单侧瘫痪控制和双侧协同控制之间的区别。这个设计的巧妙之处，在于正常侧的手腕力用来控制
2021-03-08 18:01:01
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原创 专利缴费全程记录
前几天收到专利代理的通知，说我申请的发明专利通过了，给我发了个《授权发明专利通知书》和《办理登记手续通知书》（两份文件在同一个pdf里，办理登记手续通知书在第2面），如下所示。看了下，《授权发明专利通知书》就是告诉我专利申请审批通过了；《办理登记手续通知书》就是告诉我要缴费，写的很清楚。问了下代理，这次缴费不在我之前缴纳的代理费里，需要再交。如果通过代理交需要200元，如果自己交只需要140元。简单看了下上面的内容，缴费方式写的挺清楚，就自己缴吧。我选择银行汇款方式，以下是缴费步骤：
2021-02-03 10:18:22
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原创 满足条件的随机数的产生及python程序
有三个变量满足p1+p2+p3=np_1+p_2+p_3=np1+p2+p3=na1<p1<b1a_1<p_1<b_1a1<p1<b1a2<p2<b2a_2<p_2<b_2a2<p2<b2a3<p3<b3a_3<p_3<b_3a3<p3<b3则思路：step 1：a3<p3<b3a_3<p_3<b_3a3<p3<b3，
2020-12-16 21:00:37
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原创 Neural plasticity方面的一篇Science文章
Cell-specific restoration of stimulus preference after monocular deprivation in the visual cortexTobias Rose,* Juliane Jaepel, Mark Hübener, Tobias Bonhoeffer*Max Planck Institute of Neurobiology, Germany《Science》 2016摘要背景是蒙住一只眼，大脑视觉皮层会适应只有一只眼的情况，当恢复两
2020-11-30 13:44:20
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原创 又一篇Population coupling的文章
Population coupling predicts the plasticity of stimulus responses in cortical circuitsYann Sweeney, Claudia Clopath*Imperial College London之前一篇文献阅读点这里查看，介绍了population coupling这个量化指标。从那篇nature文章之后，很多关于population coupling的文章涌现，毕竟只要关于可塑性和神经调节的研究，population
2020-11-26 20:42:13
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原创 Diverse coupling of neurons to populations in sensory cortex
Diverse coupling of neurons to populations in sensory cortexMichael Okun, University College London摘要这篇文章研究的是单个个体与群体之间的关系。因为大量研究表明，虽然个体神经元活动明显不同，但是神经元群体活动却存在于低维流形中，暗示着大量个体神经元是“听话”者。但是，如何“听话”，或着说服从指挥，目前还不清楚其中的机制。论文作者把与群体存在强“coupling”的个体称为“唱诗班的歌手”（因为合唱表现
2020-11-26 16:49:28
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原创 神经动态系统开山之作（附jPCA说明）
Neural population dynamics during reachingNature全文Mark M. Churchland1,2,3*, John P. Cunningham4,5*, Matthew T. Kaufman2,3, Justin D. Foster2, Paul Nuyujukian6,7, Stephen I. Ryu2,8 & Krishna V. Shenoy2,3,6,9Columbia UniversityStanford University一
2020-11-17 11:47:27
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原创 用肌电信号同步刺激，从而增强康复效果
Targeted, activity-dependent spinal stimulation produces long-lasting motor recovery in chronic cervical spinal cord injuryPNAS，2015，University of WashingtonJacob G. McPherson1, Robert R. Miller, and Steve I. Perlmutter2摘要此研究的背景是脊髓损伤导致运动功能受损，但是运动还是有的。所
2020-11-17 09:34:45
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原创 PCA累加和操作
% reduce to numPCs or however many PCs capture fracVar of the variance[PCs, ~, v] = pca(A_masked);V = cumsum(v)./sum(v);if ~isempty(fracVar)% determine how many PCs to usev = cumsum(var(A_maskedPCs))./sum(var(A_maskedPCs));idx = 1:size(v,2);numPCs =
2020-09-07 19:03:24
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原创 机器人控制：阻抗控制、导纳控制的理解
由于现实中存在误差，包括系统性的或人为的，所以精准控制很难实现。PID最实用，但问题也多具体就不展开了。想象机器人控制单元为一个弹簧系统，那么阻抗控制可以理解为知道目标位置和测量位置之间的误差，去调整力的大小，注意，这个力不是外力，是改变弹簧拉伸的弹簧自己的力，但是可以根据牛顿力学公式来计算；导纳控制可以理解为知道力的大小（弹簧自己的力），去调整弹簧位置。再结合机器手来说，阻抗控制就是根据力来生成力矩去实现机械手到达某个位置（即调整关节角度）；导纳控制根据力生成末端位移再生成关节角度来控
2020-07-20 17:37:08
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原创 Matlab弹出错误提示License Manager Error -103
主要使应用的远程桌面程序，解决办法是move to \licenses folder, open the *.lic file, replace all the “SIGN=” to “TS_OK SIGN=”, save and problem solved.
2020-06-02 16:37:51
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原创 mac电脑屏蔽系统更新和去除角标提示的方法
目前appstore的更新提示无法忽略，强迫症或者年代久远的电脑不想更新，如何屏蔽提示呢？打开终端，输入下面代码：回车输入管理员密码，回车，搞定！1、屏蔽系统更新：sudo softwareupdate --ignore "macOS Catalina"2、还原系统更新：sudo softwareupdate --reset-ignored3、去除更新角标代码：defa...
2020-03-26 23:04:45
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原创 mac电脑更新系统之后，TNT软件无法正常开启
codesign -f -s - --deep /***在终端输入以上命令即可，***代表软件安装包拖到终端后自动填入的内容。
2020-03-26 23:00:57
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原创 多次重复实验得到的时序数据的对齐操作
进行多次重复实验会得到多次实验数据，如同世界上没有两片同样的树叶一样，实验过程所需的实践两两之间也不可能完全一样。如何将多次重复实验每个trial进行对齐是进行数据统计的关键步骤之一。本文介绍了[Neuron期刊文章](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5823788/)上的一种方法。
2019-11-20 11:20:53
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原创 卷积操作中的padding和strides
Padding和Striding都是深度神经网络里的常规操作，所以要记住它两的作用和概念。padding的作用就是填充，然后把边缘的值也能卷积操作的中心。有什么用呢？总之有些区别，特别是对边缘有敏感性的特征。一、卷积示意图这个就是卷积，输入是55，输出是33二、padding示意图这个就是zero padding，padding的作用是使输入输出维度大小相同。zero的意思是用o代替f...
2019-11-19 17:16:37
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原创 Bootstrapping的意义
Bootstrapping 方法是种集成方法，通俗解释就是盲人摸象，很多盲人摸一头象，各自摸到的都不一样，但是都比较片面，当他们在一起讨论时，就得到了象的整体。...
2019-11-13 10:00:42
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原创 SfN2019中与植入式肢体运动脑机接口有关的成果
SfN2019文章列表及点评（排名不分先后）在我心目中，脑机接口的top顶会，就是EMBS和SfN。当然，如果细分领域，如算法，还有NeuralPIS（但是NPIS更吸引眼球的是人工智能，当然脑机接口可以算其中一部分，毕竟是混合智能，即生物智能和人工智能结合）等。这些顶会是大佬们展示肌肉的重要时刻，也是领域内科研工作者交流想法的重要机会。从成果列表中，我们也能看出接下来几年，这个方向的科研热点，...
2019-10-24 18:42:28
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原创 SEM和SD的区别和联系，以及其计算方法
开宗明义，SEM is standard in the field when combining across sites/sessions or animals.一、SEM均值标准误的定义均值标准误，Standard error of mean，即SEM，也称为均值标准误差，均值标准差，大多数时候约定称为标准误。SEM描述的是多个均值样本的标准差，体现均值抽样分布的离散程度，反映了样本均值之...
2019-10-23 17:07:21
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原创 EMG preprocess
实现Stability of muscle synergies for voluntary actions after cortical stroke in humans里的肌电预处理过程：The collected EMGs were high-pass-filtered with a window-based finite impulse response filter (50th orde...
2019-10-15 10:06:39
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Stability of muscle synergies for voluntary actions after cortical stroke in humans
Stability of muscle synergies for voluntary actionsafter cortical stroke in humansVincent C. K. CheungaPNAS，2009年这篇文章中，作者经过试验证实：当大脑中风后，损伤侧的肢体运动轨迹虽然明显区别与未受损侧，但是，muscle synergies却是相同的，即只是激活过程（系数）变了，...
2019-10-14 17:50:38
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原创 Towards neural co-processors for the brain: combining decoding and encoding
这是一篇**双向**脑机接口系统的综述性文章。认为脑机接口作为神经中心处理器（neural co-processors）可以开始朝着（消耗）能量优化方向发展，使其康复效果、功能恢复更好，而不仅仅只是作为一个工具去测试神经计算模型和理解脑功能等。A major limitation of current BBCIs is that they treat decoding and encoding as separate processes, and they do not co-adapt and joint
2019-10-13 22:06:42
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原创 CCA (Canonical correlation analysis) 典型相关分析
首先，要明确CCA方法是一种多元统计分析方法，在大多数情况下是用来反映两组（不是两个）变量之间的整体相关性。方法是将两组变量通过线性组合分别合成为U⃗\vec UU和V⃗\vec VV。在我的研究领域，就是不同天得到数据的第一主成分的相关性。...
2019-10-11 15:34:38
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原创 D3 (Data Driven Documents) 绘制网络连接圈图
背景：在进行数据分析时，通常要对多节点进行网络功能连接分析，这时最好的表达方式就是连接圈图，如下图所示：其源代码为：<!DOCTYPE html><meta charset="utf-8"><style>body { font: 20px sans-serif;}.chord path { fill-opacity: .67; ...
2019-10-10 10:06:25
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原创 Matlab绘图工具箱Gramm
Gramm工具箱教程Gramm工具箱用于matlab绘图，特别是多组数据之间对比的图，内含线性拟合、95%置信区间绘制等常规统计，就不用再去为统计编写脚本语句。Gramm包含多种常用图表的examples.m和gramm cheat sheet，仅只用找到自己想绘制的图形，然后将对应examples语句改写即可，方便快捷。下载https://github.com/piermorel/gram...
2019-09-29 18:14:46
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原创 Origin作图系列-设置页面和图层使其导出的图片在其他软件（如AI）中能正常显示
以昨天画的序列图为例子昨天origin制作的图中的坐标、图注等默认都是28pt的大小，如果导入到其他软件中进行编辑，就显得过大。缩放图片到合适大小，可以调整。但不利于在其他编辑软件中对齐加注释排版等等操作。最好的习惯，就是将大小都固定成常规模式，常规模式下坐标、图注、图例等等都是10pt，然后图片大小一般是纸的小一般宽A4纸是21*29.7 cm，所以小图就弄成8 cm宽差不多了。这是我看到某...
2019-09-28 16:29:32
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原创 Origin作图系列-多通路序列发放描述图的制作过程
最近准备的论文稿件中展现了神经元发放序列情形，使用origin作图的方式，现将作图过程做个教程，供需要的朋友参考。单个神经元发放的情形如图：多神经元序列发放的最终表达效果图：制作过程：导入数据其中 N 表示神经元序号，Peak/trough 表示波峰或波谷出现的时刻，Onset 表示发放开始，Offset 表示发放结束，我将peak类型标值为+1，trough类型标值为-1，如上面...
2019-09-27 13:03:58
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原创 打印机设置为双面打印_hudingyin_新浪博客
一般情况下，打印pdf文档时都会出现双面打印的选项框如果没有，可以进行如下设置：1. 右击打印机→打印机属性2. 选择设备设置→Duplex Unit设置成Installed （开始是uninstalled），确定即可3. enjoy it! ...
2019-05-28 22:38:13
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原创 mac如何利用linux服务器进行matlab运算_hudingyin_新浪博客
1. 服务器端正确安装matlab程序（一般都有，没有就跟管理员申请让他装）2. mac端使用ssh连接linux服务器（ssh服务没开，也跟管理员反映）打开“终端”→shell→建立远程连接→+→填写用户名和ip密码等，就连上了。（亦可以直接命令行操作，sshusrname@ip）3. 传输文件到服务器1）在连接到linux服务器之后在命令行输入matlab...
2018-06-13 15:15:57
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原创 用命令行指令使mac直接读写移动硬盘
一、查看移动硬盘名称diskutil list得到disk3s1（具体看你自己的，disk3是硬盘，但是被挂载的内容都在s1里面）二、先卸载移动硬盘，再将其挂到文件夹（我在桌面建了NFTS文件夹）里，就可以读写了sudo umount /dev/disk3s1sudo mount_ntfs -o rw,nobrowse /dev/disk3s1~/Desktop/NFTS/...
2018-06-08 10:48:59
3548
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原创 mysql 5.6与matlab 2015配置
（一）安装mysql下载下来的文件夹先解压缩到想要安装的路径下，然后：1）配置环境变量在path里添加D:\Program Files\mysql\bin2）win+R调用cmd更改cmd中的路径到bin文件夹下，再输入指令安装mysqld -install3) 启动服务net start mysql（net stopmysql关闭mysql...
2016-04-30 23:51:42
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原创 Ubuntu16.04安装Matlab2015a_hudingyin_新浪博客
1、下载Matlab，至于为什么装2015a版本，是因为这个版本在蝴蝶hudbt上是免费的，而最新版的要耗流量，估计也差不多，所以赶免费的用;2. sudo mkdir ~/media/chm0，用来挂载.iso文件，就跟windows里的虚拟光驱一样;3. cd 到iso所在的路径;4. sudo mount -o loop Matlab2015a.iso...
2016-04-07 19:00:29
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原创 matlab多文件和文件夹操作_hudingyin_新浪博客
引用浊风 的 matlab多文件和文件夹操作循环导入文件：1.文件名是顺序数字filepath='路径'; %例：filepath='D:\new\';for i=1:n A(i)=load([filepathnum2str(i) '.txt']);end2.如果文件名里有字符filepath='路径';for i=1:n ...
2016-04-07 18:58:28
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