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本文就CloneTrack相关绘图进行编写，CloneTrack一种新的数学和免疫学方法，利用治疗前后外周血样本的T细胞受体(TCR) Vβ测序来鉴定治疗扩展的高强度T细胞克隆。
2024-05-06 12:04:59
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原创 CloneTrack鉴定治疗扩展的高强度T细胞克隆
CloneTrack一种新的数学和免疫学方法，利用治疗前后外周血样本的T细胞受体(TCR) Vβ测序来鉴定治疗扩展的高强度T细胞克隆。本文对CloneTrack进行解读并复现。
2024-05-04 17:28:53
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原创 基于文本kmer的丰度/出现概率统计
实现文本kmer的概率统计，输入文本文件，统计文本中各个kmer出现的频率。本文实现两种kmer丰度统计：kmer相对丰度与seq相对丰度。
2024-05-03 17:32:30
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原创 python 将核苷酸序列转化成氨基酸序列
将核苷酸三个一组编码查询氨基酸索引，得到结果；输入：核苷酸序列 字符串形式 由ACGT组成，支持大小写。将核苷酸编码 A->0 C->1 G->2 T->3。根据密码子与氨基酸编码构建氨基酸索引。输出：氨基酸序列 字符串形式。
2024-05-01 11:01:18
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原创 python 将序列转化成kmer
k：分割kmer长度 int k>0且k<=len(seq)输入：seq：要划分的序列 字符串。输出：包含所有kmer的列表。
2024-04-29 14:58:18
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原创 手写数字识别：基于决策树算法，KNN算法，支持向量机（SVM）算法与卷积神经网络（CNN）算法
998年，美国国家标准技术研究所（NIST）发布了MNIST数据集，这是一个用来训练各种图像处理系统的二进制图像数据集，广泛应用于机器学习中的训练和测试。MNIST数据集是从NIST的两个手写数字数据集：Special Database 3 和Special Database 1中分别取出部分图像，并经过一些图像处理后得到的。MNIST数据集共有70000张图像，其中训练集60000张，测试集10000张。所有图像都是28×28的灰度图像，每张图像包含一个手写数字。
2024-04-28 14:31:41
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原创 HIT 系统生物学 基于蛋白互作网络的关键模块发现算法实现及分析 参考代码
深入了解识别蛋白质-蛋白质相互作用网络关键模块的算法，并从网络中查找重要模块。
2024-04-28 13:56:47
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原创 HIT 生物信息学 实验三：基于de Bruijn graph的基因组片段拼接系统 参考代码
给定来自大肠杆菌E. Coli（长度~5Mbp）的基因组测序片段作为输入。建立算法和系统，可以完成对基因组测序片段的拼接，形成contig一系列序列。采用基于de Bruijn graph和欧拉路径的拼接算法。根据输入数据，自行构建de Bruijn graph，并在其中找到所有的unipath作为contigs输出。预先对de Bruijn graph的所有节点进行处理，去除putative false vertices（即缺少足够read支持的节点，加分项）。
2024-04-28 12:58:37
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原创 HIT 生物信息学 实验二：基于SNAP的基因组测序片段比对与映射系统设计与实现 参考代码
给定基因组序列（大肠杆菌E. Coli, 长度~5Mbp）作为参考基因组。给定一定数量来自于大肠杆菌的基因组测序片段（共282224条，pair-end，70 bp/read）作为输入。建立算法和系统，可以完成对基因组测序片段的比对，重构片段位置（基因组坐标，正/反链）和基因组片段与参考序列的差异。1.完整地完成算法所有模块2.支持编辑距离3以上的片段比对3.正确重构片段基因组位置与局部差异4.支持SAM格式输出5.程序运行正确，程序代码优化较好6.所有文档完整且写作规范。
2024-04-28 12:53:25
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原创 HIT生物信息学 实验一：大规模基因组序列表示与索引系统设计与实现 参考代码
建立算法和系统，可以为基因组序列建立自索引表示。复原Hon et al., 2007的算法。
2024-04-28 12:46:47
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原创 信息安全概论复习笔记
目录1.信息安全体系架构2.密码体制的五要素3.仿射密码4.数据加密标准DES的算法结构和特点5.公钥密码的思想（数学描述）6.离散对数问题7.Diffie-Hellman密钥交换协议8.RSA公钥算法9.散列函数的特点和作用10.EMI、EMC、防电磁泄漏主要方法11.容错与容灾的概念及主要技术方法12.windows的网络认证13.利用公开密钥和对称密钥设计认证协议获得会话密钥14.Kerberos工作原理15.PKI的体系结构及工作原理1
2021-07-06 21:10:28
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原创 关于软件构造的多维度视图的总结
这部分是在软件构造课上学习的，属于记忆性内容，在此作出一个总结按状态划分：构造时视图（build-time） 运行时视图（run-time）按动态性划分：时刻视图（moment） 阶段视图（period）按构造对象的层次划分：代码视图（code） 构件视图（component）下面为一些举例：Source code(源代码):bulild-time moment codeAST(抽象语法树):build-time moment codeInteriace-Class-Attr..
2021-07-06 20:42:07
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原创 正则表达式条件匹配的基本语法
条件匹配在正则表达式中十分重要，下面简单根据我的了解介绍一些： ?(A)B 表示只有当A存在时才会匹配B 下面的代码验证： String pattern="/?(A)B"; String str="B"; Pattern p=Pattern.compile(pattern); Matcher m=p.matcher(str); boolean result=m.matches()...
2021-07-06 00:54:30
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原创 assertEquals判断两个double是否相等的方法
在我们写测试用例时，难免要对各种数据类型是否相等进行判断。前几天在对两个double类型利用aseertEquals进行判断时，遇到了下面的问题：精简化问题如下： 在这个例子中double类型h与y的值都为0.1，但assertEquals测试没通过，同时有一条warning The method assertEquals(double, double) from the type Assert is depreca...
2021-07-03 15:42:10
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原创 java中List的遍历方法
在做实验写代码时，List集合的遍历是经常要用到的 经过课上的讲解与课后的相关学习，总结如下： 首先在遍历之前创造一个List如下： List<String> list=new ArrayList<>(); list.add("H"); list.add("u"); list.add("i"); list.add("Y"); list.add("i");第一种方法：for循环遍历 理解起来最为简单，利...
2021-06-23 12:16:10
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空空如也
请问哪位使用过clonetrack，可以推荐一下使用事例吗
2024-04-28
LSTM loss不下降相关问题
2022-11-08
LDSC-SEG分析失败
2022-07-20
qt kit 报错 不知道哪里出错了
2022-07-03
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