关于RNA-SeQC.jar包的源码分析1

最新推荐文章于 2022-04-06 00:59:00 发布

hujian219

最新推荐文章于 2022-04-06 00:59:00 发布

阅读量389

点赞数

分类专栏：基因测序

本文链接：https://blog.csdn.net/hujian219/article/details/84706288

版权

本文介绍了如何使用RNA-SeQC.jar对基因测序结果进行分析，详细阐述了必要的参数输入，如-n, -s, -t, -r, -o，以及文件准备和参数验证过程，包括对-e选项的特定值限制和-t选项必须为gtf文件的要求。" 114670219,10293595,JavaEE旅游系统实现：基于jsp的完整源码解析,"['JavaWeb', 'jsp', '数据库设计', '旅游系统', 'mvc框架']

摘要由CSDN通过智能技术生成

最近要做一个项目需要使用RNA-SeQC.jar包对基因测序结果进行分析。

1.参数输入

-n 1000 -s \"TestId|ThousandReads.bam|TestDesc\" -t gencode.v7.annotation_goodContig.gtf -r Homo_sapiens_assembly19.fasta -o ./testReport/ -strat gc -gc gencode.v7.gc.txt

2.文件准备

ThousandReads.bam 必须 index 化，用 BuildBamIndex 生成一个同名带bai结尾的文件。

3.参数验证

输入参数选项初始化。

Options opts = setupCliOptions();、

-s Sample File (text-delimited description of samples and their bams)(必须)

-t GTF File defining transcripts (must end in '.gtf').(必须)

-r Reference Genome in fasta format. (必须)

-o Output directory (will be created if doesn't exist).(必须)