huyongfeijoe的专栏

原创 Ubuntu16.04 下载百度网盘文件 实现

技术贴：油猴Tampermonkey-让百度云下载飞起来https://blog.csdn.net/fkq_2016/article/details/78759244Ubuntu16.04环境下配置下载器uget+aria2https://www.jianshu.com/p/14b0c70337b11.按照上述的方法安装uget:sudo add-apt-reposito...

原创 基于全基因组的基因家族分析的初尝试

参考：简书https://www.jianshu.com/p/9f96fc7438aa以搜索ZEB的人类的基因家族成员为例一. 搜索已知数据库1.在NCBI Gene上搜索ZEB1 点击summary点击domain点击Gene就可以看到有相同结构的Gene了 2.在UniProtKB上下载protein family listhttps://w...

转载 cufflinks之cuffmerge，cuffdiff

转自：http://yangl.net/2016/06/03/cufflinks/1. Cuffmerge简介Cuffmerge将各个Cufflinks生成的transcripts.gtf文件融合称为一个更加全面的transcripts注释结果文件merged.gtf。以利于用Cuffdiff来分析基因差异表达。2. 使用方法$ cuffmerge [options]* 输入文...

转载 关于Ubuntu16.04断电后无法进入系统的尝试

学校一次停电，让辛辛苦苦搭建的ubuntu服务器进不去了，想死的心都有了，里面装了不少东西呀先看看第一种方法： 插上U盘或CD，进入Try Ubuntu模式。sudo fdisk -l 查看你的Ubuntu安装在哪里。例如：/dev/sda1，对应修改以下命令执行。注意：不要选择EFI分区！sudo mount /dev/sda1 /mntsudo apt-get update sudo ap

转载 java中调用R

R是统计计算的强大工具，而JAVA是做应用系统的主流语言，两者天然具有整合的需要。关于整合，一方面，R中可以创建JAVA对象调用JAVA方法，另一方面，JAVA中可以转换R的数据类型调用R的函数，互相取长补短。现在也有一个项目JGR，用JAVA做R的图形界面，可以实现高亮显示自动补全等，还能让JAVA和R互相调用。 　　关于R中调用JAVA，我想主要是为了利用其面向对象的特性，毕竟R语言近来很致力

转载 linux ssh 无法连接的问题

ssh client 报 algorithm negotiation failed的解决方法之一修改sshd的配置文件 /etc/ssh/sshd_config在配置文件中添加：Ciphers aes128-cbc,aes192-cbc,aes256-cbc,aes128-ctr,aes192-ctr,aes256-ctr,3des-cbc,arcfour128,arcfo

转载 R 柱状图

转载 R plot基本

转载 Ubuntu 界面卡死的办法

以上进入了tty1字符界面控制的。

转载 读取Unique reads

从贴好的bam文件中读取unique mapped reads，来进行下一步的分析。tophat贴的结果对于非unique的reads会反复出现在bam/sam中，因此不挑unique reads后续结果会不准确。Tophat结果中Unique reads的Quality一栏为255，而BWA贴出的结果此栏会根据reads本身的Phred值变化，因此确定unique的唯一标准是option

转载 Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64)

Fastq格式是一种基于文本的存储生物序列和对应碱基（或氨基酸）质量的文件格式。最初由桑格研究所（Wellcome Trust Sanger Institute）开发出来，现已成为存储高通量测序数据的事实标准。以Illumina Casava 1.8+ 的fastq格式为例，fastq格式的形式如下：每条序列由4行字符表示，上述样例显示有两条序列：第一行：必须以“@

转载 关于 失眠的 几点建议

自从接过了合作课题 的项目后，不知不觉的就开始失眠了。一是对自己做的东西不能相信，二是没有任何的经验，都靠自己去摸索。所有造成了自己压力很大现象。每次提交结果都害怕做错了。因为这是合作的课题要是做黄了，老师是不是得杀了我，而且我现在还是没有一作的文章。。。各种因素就失眠了。这是在新浪博客上看到的:失眠的3大心理调节策略在很多情况下，失眠的始发与维持往往与

原创 关于如何在Ubuntu中添加新硬盘

今天老师拿了两块硬盘过来，要插入服务器中，我好像以前做过，但现在不记得了。查了一下资料，自己动手实践一下，花费了不少时间，现在做一个记录：首先参照这个的过程，因为是Ubuntu有界面的话，就没有使用Terminal了。http://jingyan.baidu.com/article/066074d668975bc3c31cb04c.html1.按照上面的流程，首先安装了gp

转载 Cluster3.0 和 treeView的使用

最近用Cluster和Treeview对454测序结果进行了作图，效果不错，转载一下中文教程。 介绍：Cluster和TreeView是分析并可视化DNA芯片数据或是其它基因组数据集的软件程序，Cluster用多种不同的方式组织分析数据，TreeView则将这些组织好的数据可视化，这个软件的下一个版本会将这两个软件合成为一个应用程序。这个说明书是使用这个软件的一个参

转载 R 控制坐标画图参数

ILoveLittree1.关闭x或者y轴的lab：xaxt='n' or yaxt="n"2.关闭整个plot的窗口：axes=F3.调整lab的字体大小：cex.lab=lab.size4.调整轴的字体大小cex.axis=axis.size5.调整轴元素之间的距离：mgp=c(2.5,1,0)mgp:坐标轴各部件的位置。第一个元素为坐标轴位

转载 R boxplot

前面的一篇文章给大家介绍了箱线图的含义，《 箱线图（boxplot）介绍 》。现在给大家分享用R画画箱线图的代码。代码如下：1finaldatadata.frame(ZM,OS,SB,AT,GM,PT,VV,WS,TC,MS,OT,CR,PP) 2####其中ZM,OS,SB,AT,GM,PT,VV,W

转载 聚类分析之R语言篇 (Kmeans)

原文地址：http://blog.sciencenet.cn/blog-1114360-735780.html聚类分析(cluster analysis)是把研究对象(样本或变量)分组成为由类似的对象组成多个类的一种统计方法。聚类结果一般在4-6类，不易太多，或太少。聚类分析目的在于将相似的事物归类，同一类中的个体有较大的相似性，不同类的个体差异性很大。两个个体间(或变量间)的对应程度

转载 关于各种转录因子的数据库

1 、 TRANSFAC （ http://www.gene-regulation.com/pub/databases.html#transfac）德国生物工程研究所开发的 TRANSFAC 数据库是关于转录因子、它们在基因组上的结合位点和与 DNA 结合的 profiles 的数据库。由 SITE 、 GENE 、FACTOR 、 CLASS 、 MATRIX 、 CELLS 、 MET

转载 R语言数据储存与读取

R语言数据储存与读取1 首先用getwd() 获得当前目录，用setwd("C:/data")设定当前目录 2 数据保存创建数据框d>d data.frame(obs = c(1, 2, 3), treat = c("A", "B", "A"), weight = c(2.3, NA, 9))2.1 保存为简单文本>write.table(d

转载 转]Java中HashMap遍历的两种方式

转]Java中HashMap遍历的两种方式原文地址: http://www.javaweb.cc/language/java/032291.shtml第一种:　　Map map = new HashMap();　　Iterator iter = map.entrySet().iterator();　　while (iter.hasNext()) {　　Map.Entry entry = (Map.

转载 java中判断字符串是否为数字的三种方法

1用JAVA自带的函数public static boolean isNumeric(String str){    for (int i = str.length();--i>=0;){      if (!Character.isDigit(str.charAt(i))){    return false;   }  }  return true; }

原创 java对树形结构深度优先的访问

public static Map dislist;public static BufferedWriter bw=null;public static Map node=new HashMap();;public static void main(String[] args) throws Exception {// TODO Auto-generated method stubBuffered

转载 java深度搜索算法 深度优先搜索——java文件搜索

java结课以后，就想写一个文件搜索的程序，本以为会很难的，原来用深度优先搜索算法代码这么短，写出来分享一下。。。import java.io.*;public class seek{/*深度优先搜索算法*/private static void show(File list[]){int i=0;while(i  {   if(li