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最近用Cluster和Treeview对454测序结果进行了作图，效果不错，转载一下中文教程。 介绍：Cluster和TreeView是分析并可视化DNA芯片数据或是其它基因组数据集的软件程序，Cluster用多种不同的方式组织分析数据，TreeView则将这些组织好的数据可视化，这个软件的下一个版本会将这两个软件合成为一个应用程序。这个说明书是使用这个软件的一个参

从贴好的bam文件中读取unique mapped reads，来进行下一步的分析。tophat贴的结果对于非unique的reads会反复出现在bam/sam中，因此不挑unique reads后续结果会不准确。Tophat结果中Unique reads的Quality一栏为255，而BWA贴出的结果此栏会根据reads本身的Phred值变化，因此确定unique的唯一标准是option

转自：http://yangl.net/2016/06/03/cufflinks/1. Cuffmerge简介Cuffmerge将各个Cufflinks生成的transcripts.gtf文件融合称为一个更加全面的transcripts注释结果文件merged.gtf。以利于用Cuffdiff来分析基因差异表达。2. 使用方法$ cuffmerge [options]* 输入文...

参考：简书https://www.jianshu.com/p/9f96fc7438aa以搜索ZEB的人类的基因家族成员为例一. 搜索已知数据库1.在NCBI Gene上搜索ZEB1 点击summary点击domain点击Gene就可以看到有相同结构的Gene了 2.在UniProtKB上下载protein family listhttps://w...