从贴好的bam文件中读取unique mapped reads,来进行下一步的分析。
tophat贴的结果对于非unique的reads会反复出现在bam/sam中,因此不挑unique reads后续结果会不准确。
Tophat结果中Unique reads的Quality一栏为255,而BWA贴出的结果此栏会根据reads本身的Phred值变化,因此确定unique的唯一标准是optional fields中的NH:i:1。
直接
samtools view accepted.bam | grep "\bNH:i:1\b" > accepted_unique.sam
即可。其中”\bNH:i:1\b"如果忘记\b,会挑出NH:i:12之类的非unique reads。
tophat贴的结果对于非unique的reads会反复出现在bam/sam中,因此不挑unique reads后续结果会不准确。
Tophat结果中Unique reads的Quality一栏为255,而BWA贴出的结果此栏会根据reads本身的Phred值变化,因此确定unique的唯一标准是optional fields中的NH:i:1。
直接
samtools view accepted.bam | grep "\bNH:i:1\b" > accepted_unique.sam
即可。其中”\bNH:i:1\b"如果忘记\b,会挑出NH:i:12之类的非unique reads。