【保姆级教程：rs-fMRI处理成脑图谱数据】

【保姆级教程：rs-fMRI处理成脑图谱数据】

所需软件：这三个软件足以提取出【时间序列】数据，和ABIDE中给的各类脑图谱的一样（可能其中具体细节不太一样）。

• Matlab（pdd或某宝都可以买到）

• SPM12（直接百度搜都可以下载 安装就是移动一个文件夹而已）

• DPABI（与SPM12一样）

所需数据：

• ABIDE、ADNI这个两个数据集，或者其他的rs-fMRI数据都可以。

• ABIDE、ADNI如果需要自己下载rs-fMRI数据，这是链接：https://ida.loni.usc.edu。注册IDA账号，申请下载资格，然后就可以去选自己需要下载的数据了。可以根据自己复现代码中的一些表型信息去下载受试者的rs-fMRI数据。

• 以dcm结尾或者nii结尾或者.nii.gz结尾都行。

• 各类脑图谱数据（最后一步要用的映射文件），AAL1、2、3，HO，EZ，TT，Power等，经常看深度学习方法的会发现有很多种图谱数据。

1.数据准备。

1. 官网下载数据，（ABIDE的脑图谱数据是都有的，可以直接去搜教程，有很多）

2. 如果下载的是dcm数据，那么需要将其转换成nii数据。才方便接下来的操作

首先dcm转换成nii的教程：
matlab框中输入：spm，即可打开spm工具箱。

转换完成之后输出是140个文件。

2.时间层校正Slice Timing

这里面的参数可以参考：下载数据的时候的Description

参数如下：

TR：时间间隔：3s

TA：计算得到（TR-TR）/nslices=（3-3/48）

Slice order:选择序列

• 顺序（sequential）：48：-1:1（这里是48->1）

• 间隔（interleaved）：1:2:47 2:2:48（这里是1->48）

Reference Slice：nslices/2最好选择中间的切片

然后直接运行

处理完成之后 数据量从140->280（输出的是as-文件）

3.对所有的as文件进行头动校正的操作。

加载上一步得到的文件（a开头的，会用到正则表达式： ^a.* ）

直接运行 参数（Num Passes：默认是均值（Register to mean））。

左下角有一个体积的评估，然后开始运行。

会输出这个文件。并且最终输出422个文件。一个是ra开头的文件，另一个是meana的文件（422-280=142，（140个ra-，2个meana）

归一化输出W开头的文件

需要修改体速大小[3 3 3]

对数据的归一化操作。

iamges to Align选择的是meana（1个文件）

images to Write选择的是ra- (140个文件)

现在得到563个文件。（140个wra和1个y均值）

平滑操作Smooth

修改高斯平滑核大小：FWHM修改成[6 6 6] 别人的经验所得。

配准co-register reslice

配准到AAL1的模板

先选择模板，然后选择sw开头的文件。 得到rsw开头的文件

第二个工具，DPABI提取ROI

下一步就是批量去操作数据了。

恭喜你，最终提取出了ROI序列。可以去做你的泛化实验了。