【保姆级教程:rs-fMRI处理成脑图谱数据】
所需软件:这三个软件足以提取出【时间序列】数据,和ABIDE中给的各类脑图谱的一样(可能其中具体细节不太一样)。
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Matlab(pdd或某宝都可以买到)
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SPM12(直接百度搜都可以下载 安装就是移动一个文件夹而已)
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DPABI(与SPM12一样)
所需数据:
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ABIDE、ADNI这个两个数据集,或者其他的rs-fMRI数据都可以。
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ABIDE、ADNI如果需要自己下载rs-fMRI数据,这是链接:https://ida.loni.usc.edu。注册IDA账号,申请下载资格,然后就可以去选自己需要下载的数据了。可以根据自己复现代码中的一些表型信息去下载受试者的rs-fMRI数据。
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以dcm结尾或者nii结尾或者.nii.gz结尾都行。
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各类脑图谱数据(最后一步要用的映射文件),AAL1、2、3,HO,EZ,TT,Power等,经常看深度学习方法的会发现有很多种图谱数据。
1.数据准备。
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官网下载数据,(ABIDE的脑图谱数据是都有的,可以直接去搜教程,有很多)
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如果下载的是dcm数据,那么需要将其转换成nii数据。才方便接下来的操作
首先dcm转换成nii的教程:
matlab框中输入:spm,即可打开spm工具箱。
转换完成之后输出是140个文件。
2.时间层校正Slice Timing
这里面的参数可以参考:下载数据的时候的Description
参数如下:
TR:时间间隔:3s
TA:计算得到(TR-TR)/nslices=(3-3/48)
Slice order:选择序列
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顺序(sequential):48:-1:1(这里是48->1)
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间隔(interleaved):1:2:47 2:2:48(这里是1->48)
Reference Slice:nslices/2最好选择中间的切片
然后直接运行
处理完成之后 数据量从140->280(输出的是as-文件)
3.对所有的as文件进行头动校正的操作。
加载上一步得到的文件(a开头的,会用到正则表达式: ^a.* )
直接运行 参数(Num Passes:默认是均值(Register to mean))。
左下角有一个体积的评估,然后开始运行。
会输出这个文件。并且最终输出422个文件。一个是ra开头的文件,另一个是meana的文件(422-280=142,(140个ra-,2个meana)
归一化输出W开头的文件
需要修改体速大小[3 3 3]
对数据的归一化操作。
iamges to Align选择的是meana(1个文件)
images to Write选择的是ra- (140个文件)
现在得到563个文件。(140个wra和1个y均值)
平滑操作Smooth
修改高斯平滑核大小:FWHM修改成[6 6 6] 别人的经验所得。
配准co-register reslice
配准到AAL1的模板
先选择模板,然后选择sw开头的文件。 得到rsw开头的文件
第二个工具,DPABI提取ROI