[数据集]fMRI数据集汇总

夏莉莉iy

已于 2024-04-22 16:10:05 修改

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分类专栏：数据集文章标签：数据库 database 学习笔记

于 2023-09-22 11:06:59 首次发布

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2.3. NYU Langone Health fastMRI Dataset

2.4. ABIDE-I

2.5. ABIDE-II

2.6. ADHD200

2.7. The Human Connectome Project (HCP)

2.8. Adolescent Brain Cognitive Development (ABCD)

2.9. Open Access Series of Imaging Study-3 (OASIS-3)

2.10. 1000 Functional Connectomes Project

1. fMRI简介

（1）功能性磁共振成像（fMRI）是一种成像扫描，可显示大脑特定区域的活动。在医疗环境中，功能磁共振成像主要帮助计划脑部手术和类似程序。

2. 可用数据集

2.1. OpenfMRI

（1）网址：开放式磁共振成像 (openfmri.org)

（2）简介：OpenfMRI.org 是一个致力于自由和开放共享原始磁共振成像（MRI）数据集的项目。

可用数据集数量：95
数据集被试数量：3372

（3）状态：已弃用，转至OpenNeuro

2.2. OpenNeuro

（1）网址：OpenNeuro

（2）简介：一个免费且开放的平台，用于验证和共享符合 BIDS 标准的 MRI、PET、MEG、EEG 和 iEEG 数据

2.3. NYU Langone Health fastMRI Dataset

（1）网址：fastMRI Dataset (nyu.edu)

（2）简介：NYU Langone Health正在与Facebook AI Research（FAIR）合作开发fastMRI，这是一个合作研究项目，旨在研究使用AI使MRI扫描速度提高10倍。

纽约大学朗格尼分校和FAIR正在提供开源人工智能模型、基线和评估指标。

（3）使用申请：

The application process includes acceptance of the Data Sharing Agreement (found below) and submission of an online application form. The application must include the investigator’s institutional affiliation and the proposed uses of the data. NYU fastMRI data may be used for internal research or educational purposes only as described in the data use agreement and may not be redistributed in any way without prior permission.
Read and agree to the data use agreement below to apply for access.

2.4. ABIDE-I

（1）网址：ABIDE (nitrc.org)

（2）简介：自闭症脑成像数据交换I（ABIDE I）代表了第一个ABIDE倡议。ABIDE I最初是一项基层工作，涉及17个国际站点，共享之前收集的静息态功能磁共振成像（R-fMRI）、解剖和表型数据集，可与更广泛的科学界共享数据。这项工作产生了1112个数据集，其中539个来自ASD患者，573个来自典型对照组（年龄7-64岁，各组平均14.7岁）。该总量于2012年8月发布。它的建立证明了跨位点聚合静息态fMRI和结构MRI数据的可行性；这些数据的使用率和由此产生的出版物（见手稿）已显示出其在捕捉自闭症谱系障碍（ASD）中大脑连接体的全脑和区域特性方面的实用性。根据HIPAA指南和1000功能连接体项目/INDI协议，所有数据集都已匿名，不包括受保护的健康信息。以下是ABIDE I中包含的特定类型的信息、数据使用协议、注册和数据下载链接。

（3）使用申请：

①页面左侧找到：

点一下这个Register for NITRC and INDI

②进入一个新的网页，以下提供中文版和英文版

先点击最左按钮Register with NITRC注册账号，然后回来点击右边两个的你需要的那个

③点击右侧两个按钮会进入申请页面

你需要表明你的身份和数据用途

④可能一两天后你会收到邮件（你注册的时候的邮箱），然后就可以去官网下载了

（4）从官网下载数据

①ABIDE I网页左侧ABIDE I Downloads的Composite Phenotypic File：

长这样，要登陆和下载，是个excel文档。有1113行，第一行是数据标签，后面的1112行是1112个被试。

②ABIDE I网页左侧ABIDE I Downloads的Phenotypic Data Legend：

长这样，是个pdf不用下载，可以直接在网页里打开，我只展示了第一页，还有第二页的continued。这是刚刚上面excel文档第一行数据标签的简要介绍。

③ABIDE I网页右侧ABIDE I Sites：下面是所有站点（分开的）的简介和数据下载

④ABIDE I网页右侧站点数据下载（以ABIDE I第一个站点California Institute of Technology为例）：

最上面是他的站点名字，右边的Caltech是它下下来之后数据的前缀。

数据集大小，一共有多少个人，多少个是自闭的，多少个健康对照。

解剖像和功能像的扫描参数，可能用脑影像数据处理软件需要用（比如查查TR什么的）

上面那个就是单独这个站点的excel表格，不像刚刚那个是整体的。下面的Scan Data就是它的解剖像和功能像（⭐似乎dpabi分析不了abide的数据喔，dpabi认为解剖像不是结构像，说结构像缺失。就算我把解剖像文件名字改成结构像也不行。但是文心一言告诉我解剖像和结构像是一个东西，何况我用脑影像看图软件看着解剖像和结构像也差不多的。谁知道呢？）。

（5）从代码下载数据

①先安装nilearn库喔

②相关方法网站：nilearn.datasets.fetch_abide_pcp - Nilearn

③自己用这个方法喔（好像这个就是ABIDE I的）：nilearn.datasets.fetch_abide_pcp(data_dir=None, n_subjects=None, pipeline='cpac', band_pass_filtering=False, global_signal_regression=False, derivatives=['func_preproc'], quality_checked=True, url=None, verbose=1, legacy_format=True, **kwargs)

上面的网站有修改参数的说明

2.5. ABIDE-II

（1）网址：ABIDE (nitrc.org)

（2）简介：ABIDE I的建立证明了跨站点聚合MRI数据的可行性和实用性。然而，连接组的复杂性，以及自闭症谱系障碍（ASD）的巨大异质性和ABIDE I数据分析的初步结果，强调了对更大、更具特征的样本的需求。因此，在国家心理健康研究所（R21MH107045）的支持下，ABIDE II成立，以进一步促进ASD脑连接组的发现科学。到目前为止，ABIDE II已经聚集了1000多个具有更高表型特征的额外数据集，特别是在核心ASD和相关症状的测量方面。此外，两项收集包括在两个时间点（间隔1-4年）从38个人身上收集的纵向数据样本。迄今为止，ABIDE II涉及19个站点——10个特许机构和7个新成员——总共捐赠了521名ASD患者和593名对照（年龄范围：5-64岁）的1114个数据集。这些数据已于2016年6月向科学界公开发布。根据HIPAA指南和1000功能连接体项目/INDI协议，所有数据集都是匿名的，不包括受保护的健康信息。

（3）使用申请：应该申请了I的就可以用II的了，具体申请方法在上面有

（4）从官网下载数据：

①ABIDE II网页左侧ABIDE II Downloads的Phenotypic data：

和ABIDE I的如出一辙，不知道的往上翻

②ABIDE II网页左侧ABIDE II Downloads的Imaging data：

下载了是个zip，解压了就这仨文件。打开就是一堆医学生才知道的玩意儿。

③右边的站点，和ABIDE I如出一辙，不知道的还是往上翻。

2.6. ADHD200

（1）网址：ADHD200 (nitrc.org)

（2）简介：

注意力缺陷多动障碍（ADHD）影响至少5-10%的学龄儿童，并且与严重的终身损害有关，在美国，每年的直接成本超过36亿美元/年。尽管有大量的实证文献，但科学界仍然没有关于ADHD病理生理学的全面模型。此外，临床界仍然没有客观的生物学工具，能够为个体提供ADHD诊断或指导临床医生做出治疗决策。

ADHD-200样本是一项基层倡议，致力于通过实施开放数据共享和基于发现的科学来加速科学界对ADHD神经基础的理解。为了实现这一目标，我们很高兴地宣布无限制地公开发布776个静息状态功能磁共振成像和解剖学数据集，这些数据集汇总在8个独立的成像站点，其中491个来自正常发育的个体，285个来自患有ADHD的儿童和青少年（年龄：7-21岁）。伴随的表型信息包括：诊断状态、维度 ADHD 症状测量、年龄、性别、智商（IQ）和终生用药状态。所有静息状态fMRI扫描均包括基于视觉时间序列检查的初步质量控制评估（可用与可疑）。

根据HIPAA指南和1000个功能性连接组项目协议，所有数据集都是匿名的，不包括受保护的健康信息。

（3）使用许可：

2.7. The Human Connectome Project (HCP)

（1）网址：连接组 - 主页 (humanconnectome.org)

（2）简介：人类连接组项目（Human Connectome Project）是美国国立卫生院NIH 2009开始资助的一个5年项目，不同的几个大学/研究所分成两组进行。第一组由Washington University in Saint Louis为首，预计投资3000万美元。另一组有哈佛，麻省总医院，UCLA，投资850万美元。计划分两个阶段：1阶段获取数据，优化数据分析方法等（已完成）；2阶段有1200余被试参与，来自300多家庭的双生子和亲属。（进行中）。

（3）使用许可：WU-Minn HCP Consortium Open Access Data Use Terms - Connectome (humanconnectome.org)

除此之外，需注册：ConnectomeDB (humanconnectome.org)

（4）数据都是捆绑包，几千个G，个人比较难下载使用。

2.8. Adolescent Brain Cognitive Development (ABCD)

（1）网址：ABCD研究 (abcdstudy.org)

（2）简介：青少年大脑认知发展（ABCD）研究是美国最大的大脑发育和儿童健康长期研究。美国国立卫生研究院（NIH）资助了青少年发展和神经科学领域的领先研究人员来开展这一雄心勃勃的项目。ABCD研究联盟由一个协调中心，一个数据分析，信息学和资源中心以及全国21个研究站点组成（见地图），这些研究中心邀请了11,880名9-10岁的儿童参加这项研究。研究人员将跟踪他们从青春期到成年早期的生物学和行为发展。

2.9. Open Access Series of Imaging Study-3 (OASIS-3)

（1）网址：OASIS Brains - 开放获取系列成像研究 (oasis-brains.org)

（2）简介：

OASIS-3 和 OASIS-4 是开放获取成像研究系列（OASIS）的最新版本，旨在向科学界免费提供神经成像数据集。通过编译和自由分发由Knight ADRC及其附属研究生成的多模态数据集，我们希望促进基础和临床神经科学的未来发现。先前发布的OASIS-横截面（Marcus等人，2007）和OASIS-纵向（Marcus等人，2010）的数据已被用于假设驱动的数据分析，神经解剖图谱的开发和分割算法的开发。OASIS-3 是针对正常衰老和阿尔茨海默病的纵向多模态神经影像学、临床、认知和生物标志物数据集。OASIS-4 包含出现记忆障碍的个体的 MR、临床、认知和生物标志物数据。

由 central.xnat.org 托管的 OASIS 数据集为社区提供了一个开放访问重要的神经影像数据库和处理过的影像数据，涵盖广泛的人口统计学、认知和遗传谱系，这是一个易于访问的平台，用于神经影像学、临床和认知研究正常衰老和认知能力下降。

（3）使用申请：

（4）为什么没有OASIS-1/2/4？

因为1和2是T1（结构像），4是T1和PET像

2.10. 1000 Functional Connectomes Project

（1）官网：国际神经影像数据共享倡议 (nitrc.org)

（2）简介：在 33 个地点独立收集的 1200+ 个“静息态”功能 MRI （R-fMRI）数据集的无限制公开发布。所有数据集均由成员站点的主要研究人员慷慨捐赠，目的是为更广泛的成像社区提供对大规模功能成像数据集的完整访问。为每个数据集提供年龄、性别和影像中心信息。根据 HIPAA 指南，所有数据集都是匿名的，不包含受保护的健康信息。我们预计，这种数据共享工作将为研究人员提供一种探索和完善R-fMRI方法的方法，并促进日益增长的共享和协作精神。

（3）下载

①即点击官网的

进入到：FCP Classic 数据表 (nitrc.org)

②界面

应该是每个不同站点的分开下载吧我揣测

③下载出来有个.tar文件，解压之后会变成：

点进去是：

anat：

func：

2.11. REST-meta-MDD

（1）网址：Data Sharing of the REST-meta-MDD Project from the DIRECT Consortium | The R-fMRI Network (rfmri.org)

（2）简介：

在DIRECT联盟的REST-meta-MDD项目中，来自中国17家医院的25个研究小组同意分享来自MDD患者的最终R-fMRI指数，并匹配来自当地机构审查委员会批准的研究（见补充表;为方便起见，以下“站点”是指每个队列）。该联盟贡献了 2428 个先前收集的数据集（1300 个 MDD 和 1128 个 NC）。平均而言，每个站点贡献了 52.0±52.4 名 MDD 患者（范围 13-282）和 45.1±46.9 名 NC（范围 6-251）。正如预期的那样，大多数MDD患者是女性（826例对474例男性）。

为了提高透明度和可重复性，分析代码已在 https://github.com/Chaogan-Yan/PaperScripts/tree/master/Yan_2019_PNAS 公开共享。此外，通过 R-fMRI 地图项目（Data Sharing of the REST-meta-MDD Project from the DIRECT Consortium | The R-fMRI Network）分享 1300 名 MDD 患者和 1128 名 NC 的 R-fMRI 指数。这些数据衍生物将允许复制、二次分析和发现工作，同时保护参与者的隐私和机密性。

（3）下载：

①进入网址：自 2020 年 1 月 1 日起，REST-meta-MDD 数据进入无限制共享阶段。研究人员可以在不违反道德规范的情况下进行任何感兴趣的分析。请访问心理科学数据库：（Data of the REST-meta-MDD Project from DIRECT Consortium）下载数据，然后签署数据使用协议，并将扫描的签名副本通过电子邮件发送给 rfmrilab@gmail.com 以获取解压密码和表型信息。

②翻到下面这里：