DPABI的rs-fMRI预处理详细操作步骤

分析rs-fMRI数据之前进行预处理是第一步，直接上验证过的非常详细的DPABI预处理步骤如下。
1.理论知识——通用的fMRI数据预处理

(1)去除开始的几个时间点
　　扫描仪启动后，需要初始化，初始化时的磁场是不稳定的，为了去除不稳定的磁场对数据造成的影响，一般需要去除原始fMRI数据的前10秒的数据，如果TR是2秒，则是去除前5个时间点。就是为了去除初始数据点的影响。
(2)对数据进行时间层矫正
　时间层矫正，其实是相对参考层来说的，为了使得数据在每个时间点上与参考层做对齐处理。
采集数据时，机器是一层一层扫描的，不同层获取存在时间差，时间层校正就是把数据调整成看起来像是在同一个时刻完成了扫描。
　　如果隔层扫描，建议先做时间层校正，后做头动校正；如果连续扫描，建议先做头动校正，后做时间层校正；头动较小的被试先时间层校正后头动校正，头动明显的被试先头动校正后时间层校正。
(3)头动矫正
　　在漫长的采集被试数据的过程中，头动是不可避免的，头动矫正就是尽量减小头动对数据造成的影响。头动校正是为了对齐各个时间点的图像，一定程度上消除头动的影响，因为头动会造成体素的错位。
最常见的方法是选择一张图像作为参考，通常是平均图像，然后将所有体素进行刚体变换与参考图像对齐。
(4)空间标准化
空间标准化，其实就是图像配准处理，即将校正后的影像数据映射到标准的脑模板空间，并对图像进行重采样。
在fMRI领域有2大标准坐标系，一是基于单个被试的Talairach空间，一是基于大量被试的MNI空间, Talairach和MNI空间可以通过以下矩阵相互转换。
(5)空间平滑
　空间平滑，就是为了降低一些噪声，进行三维空间的滤波处理，如基于高斯核的平滑处理，高斯核的设计直接影响平滑效果和时效。
　
2.基于DPABI的fMRI预处理步骤

基于DPABI进行数据处理是逐步进行的过程，逐步进行可以查看处理过程是否成功和每一步的输出文件，且处理步骤有先后顺序，处理时间受电脑配置差异而不同，每一个单一步骤处理正常完成就会在窗口打印Congratulations, the running of DPARSFA is done!!! 😃。
如果某个处理步骤没有打印该语句，有可能是该步骤处理中间报错了（需要仔细查看命令行窗口，并检查报错原因），也有可能系统仍然正在计算中，需要耐心等待。
基于DPABI的rs-fMRI预处理步骤有如下几步：
（1） 将DICOM转换为ｎｉｉ
（2） 去时间点和时间层矫正
（3） 头动矫正
（4） T１结构像分割
（5） 无关变量回归（相当于去噪）
（6） 空间标准化
（7） 空间平滑（如果后面要生成ReHo图的话，这一步就不做，需要生成ReHo图后再做平滑！！！）
（8） 去基线漂移
（9） 滤波（如果后面要做ALFF图和fALFF图，这一步不做！！！）

》》将DICOM转换为ｎｉｉ
为了处理过程搬运方便，如果原始数据是DICOM，需要将其转换为nii。




》》去时间点和时间层矫正



》》 头动矫正



》》T１结构像分割
这步处理时间有点长,需要足够的耐心～



》》 无关变量回归（相当于去噪）



》》 空间标准化



》》 空间平滑
如果后面要生成ReHo图的话，这一步就不做，需要生成ReHo图后再做平滑！！！



》》去基线漂移



》》滤波
一般滤波范围０.０１～０.１，但是设置范围为0.01-0.08能保留更多数据可使用。
如果后面要做ALFF图和fALFF图，这一步不做！！！



每一步都成功输出，还查看了相关输出文件的内部数据，rs-fMRI 预处理结束了，步骤之间能不能调换次序和省略，后面研究。预处理完成就可以着手计算ALFF、fALFF、ReHo等，还有FC分析，后面继续。。。