A spatiotemporal organ-wide gene expression and cell atlas of the developing human heart
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前言
今天讲的是2020年发表在cell的人类心脏发育的时空器官全基因表达和细胞图谱,文章通讯作者是瑞典KTH皇家技术学院的教授。欧洲主要的测序平台NGI并行测序系统就是他领导建立的。它是special transcriptome的发明人,是后续10X公司空间转录组技术的前身。1.文章框架
先来看一下文章的思路。这篇文章拿人的胚胎心脏做了三组实验:空间转录组,10X单细胞测序,原位测序。最后整合了这三组数据得到了心脏的时空图。
2.取样
文章取了人类3个胚胎心脏样本做成切片做空间转录组,4.5-5周龄的切成4片,6.5周龄的切成9片,9周龄的切成6片。
3.免疫组化
首先做了免疫组化,看一下人胚胎心脏在三个时期的发育情况。文章做了三种染色。DAPI是蓝色, 可与DNA中富含腺嘌呤-胸腺嘧啶的区域牢固结合.染成绿色的是TNNT2蛋白,这个蛋白主要在左右心室心房表达。第二个染色的蛋白是ACTA2,染色为红色,主要表达在白色虚线圈出来的区域,主要在心脏主动脉和肺动脉表达。橘色区域圈出来的是包含有肺静脉的纵膈组织,这个只有在6.5周后才出现。
4.空间转录组
接下来对前面所有的切片做了空间转录组,得到了3115个spot,对这些spot做PCA降维聚类分析,得到10个簇,代表10个不同的解剖区域,比如零号簇代表紧凑型心室心肌,1-3号为小梁型心室心肌。
把这些spot映射到切片上去,可以看到0-4号簇都是心肌细胞,spot的数量也随着胎龄的增大而增大,反映了心脏的生长
接着对这10个簇做差异基因分析,找到每个簇的差异基因,向上是表达上调向下是表达下调。红颜色是差异表达超过0.01的点,接着对每个簇中表达上调的基因做GO富集,0-4号簇都富集有心脏收缩和心脏发育的功能,第0簇在代谢方面有富集,第1-2簇在传导方面有富集,第3簇在氧化代谢方面有富集等等。
5.单细胞测序
文章另外取了一个6.5胎龄的心脏,把心脏横切为上下两部分,分别做10X单细胞测序,分两半测序是为了区分细胞来自心脏的哪个部分。测序完成之后,总共得到3717个高质量的单细胞,接下来把上下两半的单细胞合并起来做聚类分析,结果得到15个簇,这15个簇代表不同的细胞类型,例如第0簇是毛细血管内皮细胞。
6.原位测序
然后做了原位测序,文章选用了69个基因做目标基因,做了个panel做目标测序。这是原位测序得到的结果图。来看当中的一小部分,取出一个区域放大,灰色背景是DAPI染色,DAPI染色说明这里有一个细胞,放射出来的符号表示mRNA对应的基因。
根据原位测序结果可以估算出来切片当中各种细胞的分布,细胞类型和10X单细胞测序得到的15个簇相同。
原位测序图和细胞种类图是相对应的,取其中相对应的同一部分,得到C图和D图,D图的小圆圈都是占比的饼图。E图上半部分是细胞中表达的各种基因,下半部分是从统计上看这些基因属于哪个簇的细胞。可以看第二个图,77.8%的是心外膜来源的细胞基因,所以把这个细胞定义为心外膜来源细胞。按照这种方法就可以得到完整切片的细胞种类图。
把多张切片的细胞种类图在三维心脏模型中叠加,可以得到完整的细胞种类三维图。把所有切片的空间转录的spot点叠加到三维心脏模型,就可以得到心脏的三维转录组空间图,这是这张图的三视图。
有了不同时间和不同空间的细胞种类和转录组空间图,人类心脏发育的时空图就得到了。