在ParaView中增加实现MPR/MIP功能的filter

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1. 前言：

已知在ParaView5.0的Filters列表中暂且还没有实现MPR/MIP功能的filter。为了扩展ParaView的filter，需要用户自己创建相应的Plugins，然后再通过Plugins的管理器将创建的reader,filter等不同类型的plugin增加到ParaView中来。

由于ParaView底层是基于VTK实现的，因此如果扩展ParaView的功能，实际上是将VTK的某些功能暴露给ParaView，以便ParaView能够调用VTK的底层类库进行相应的数据处理和三维呈现。

2. VTK中实现MPR/MIP的类简介

经过对VTK Examples的测试可以知道，VTK中MPR和MIP的功能是基于vtkImageSlabReslice这个类实现的。vtkImageSlabReslice继承于vtkImageReslice。

决定MPR/MIP最终效果的主要参数包括：
（1）BlendMode——光线投射模式，它有三个枚举值，分别为MIP, minIP, aveIP,表示最大密度投影，最小密度投影和平均密度投影；

（2）SlabThickness——slab的厚度，表示在这个厚度内进行体数据的投影。如果是MPR，则slabThickness=0;如果是MIP/minIP/aveIP,则slabThickness>0；

（3）ResliceAxes——切割体数据的平面和中心点构成的4x4矩阵，这个矩阵的前3列表示切割体数据的坐标系，第1和2列表示切割后平面的x和y轴的方向向量，第3列是由第1列和第2列叉乘后的向量，也即切割平面的法向量，第4列是切割平面经过的中心点坐标；

（4）ResliceAxesOrigin——表示切割体数据的坐标系的原点坐标。
除了以上提到的这四个参数，还存在一些参数，如切割后平面的Spacing,Origin,Extent，Slab的分辨率等。

由于这个类的继承关系为：
vtkImageAlgorithm—vtkThreadedImageAlgorithm—vtkImageReslice—vtkImageSlabReslice。
因此，vtkImageSlabReslice应该作为新创建的filter的基类。这里取新创建的filter名称为slabReslice。

了解了以上的基础知识后，以下是创建slabReslice的filter，并且将它添加到ParaView中实现MPR/MIP功能的基本步骤。

3.基本步骤：

3.1 编译ParaView5.0的源代码

通过阅读ParaView关于创建Plugin的官方文档可知，用户如果需要创建新的plugin时，首先需要编译ParaView的源代码。关于编译ParaView源代码的方法，在之前的文档《ParaView实现MIP的功能》中已经进行了详细说明，这里不再赘述。

3.2 增加创建filter需要的工程文件到ParaView5.0的源码中

为了不影响源码的结构，这里将新创建filter的文件存放在目录：ParaView-v5.0-source/Examples/Plugins下。在这个目录中创建一个文件夹SlabResliceFilter，文件夹内创建需要的文件：SlabResliceFilter.xml, vtkSlabResliceFilter.h, vtkSlabResliceFilter.cxx, CMakeLists.txt。

Xml文件主要定义filter与外部的接口，以及在ParaView的GUI中要呈现的可以设置的属性；C文件则是filter的实现文件，主要定义该filter所具有的功能；CMake文件定义工程的构建方式以及编译出的链接(Windows系统为dll文件, Linux系统为so文件)的名称和版本。

3.3 将创建的filter添加到ParaView GUI的filters列表中

当新创建的slabReslice的相关文件都编辑完毕后，则需要用CMake重新构建添加slabReslice工程后的ParaView的源代码。构建工程完毕后，将该工程文件导入Eclipse(已经添加CDT插件)中，进行编译。编译完成后，可以看到在ParaView-v5.0-build/lib文件夹内出现了新创建的filter的链接文件——libSMSlabReslice.so文件(Linux系统下)。

这时在ParaView-v5.0-build/bin文件夹下，打开paraview的可执行程序。在菜单栏选择Tools->Manage Plugins…，可以看到Plugin Manager的对话框。在右侧的Local Plugins页面中，点击下方的Load New …按钮，在ParaView-v5.0-build/lib找到编译出的libSMSlabReslice.so文件，点击OK，则完成了将新创建的filter类型的Plugin添加到ParaView的GUI中。此时，点击菜单栏的Filters选项，已经可以看到新添加的名称为slabReslice的filter了。（这个filter的名称是在SlabResliceFilter.xml文件中定义的，label=”SlabReslice”.）

图1. ParaView Plugin管理对话框

3.4 应用filter处理体数据

将slabReslice的filter添加到ParaView中后，用户便可以根据自己选择或输入的参数，进行不同厚度和方向的MPR/MIP了。

下图是在GUI上可以进行修改的属性值的栏目。

图2. slabReslice的属性设置界面

在这个属性设置栏中，可以设置filter的BlendMode，SlabThickness, ResliceAxesOrigin, ReslicePlane的两个方向向量（法向量是由这两个向量归一化后的叉乘得到的）。
以下是针对测试的体数据，进行不同参数组合下的效果图：

图3. 测试数据的体绘制效果图

3.4.1 默认设置：

BlendMode=MIP;
SlabThickness=10;
ResliceAxesOrigin=(107.5,79,107.5),体数据的中心位置；
ReslicePlane=(1,0,0,0,0,1),默认为切割出冠状位。

图4. 保持默认设置的效果图

3.4.2. 修改BlendMode为minIP/aveIP，sliceThickness=100，其它值保持默认值。

图5. minIP效果图

图6. MIP效果图

图7. aveIP效果图

3.4.3 修改SlabThickness为0,其它值保持默认值,此时为冠状位MPR图。

图8. slabThickness=0时的冠状位MPR效果图

3.4.4. 修改ResliceAxesOrigin，其它值保持默认值。

ResliceAxesOrigin=(107.5,30,107.5)，修改原点坐标在y轴的分量。

图9. 修改resliceAxes原点坐标的y分量后的冠状位MIP效果图

ResliceAxesOrigin=(107.5, 79, 160)，轴状位，修改原点坐标在z轴的分量。

图10. 修改resliceAxes原点坐标的y分量后的轴状位MIP效果图

3.4.5. 修改ReslicePlane的值，其它值保持默认值。

ReslicePlane=(1,0,0,0,1,0), 轴状位的MIP效果图

图11. 修改reslicePlane,切出轴状位的MIP效果图

ReslicePlane=(0,1,0,0,0,1), 矢状位的MIP效果图。

图12. 修改reslicePlane,切出矢状位的MIP效果图