医学影像处理
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inter_peng
这个作者很懒,什么都没留下…
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[DICOM活久见] 序列内部的RescaleIntercept不同导致的问题
本文由Markdown语法编辑器编辑完成.原创 2024-09-04 09:57:45 · 875 阅读 · 0 评论 -
[自问自答]DICOM中的PixelRepresentation的含义和作用
说实话,之前对DICOM中的PixelRepresentation,这个tag, 有一定的了解,但了解不是很深。直到在实际的应用中,遇到了因为这个tag的值,而引发的问题,才开始准备对它,重新认识一下。由于我们处理的,主要是CT图像。因此,就先从CT图像开始说起。原创 2024-05-21 09:54:54 · 525 阅读 · 0 评论 -
[疑难杂症2023-006]解压dicom压缩格式文件时的不定时阻塞问题解决方案
本文由Mrakdown语法编辑器编辑完成。原创 2023-07-27 13:08:21 · 474 阅读 · 0 评论 -
[疑难杂症2023-005]dcmtk-movescu访问dcm4chee模拟PACS Server报错问题解析
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。原创 2023-07-13 21:24:27 · 703 阅读 · 0 评论 -
你了解DCM的AE Title的长度限制吗?
了解DICOM的各个tag的VR的不同,对于处理相关的业务具有重要的作用。原创 2022-09-23 22:39:24 · 1741 阅读 · 0 评论 -
我的Slicer项目开发经验积累1
本文由Markdown语法编辑器编辑完成.关于3d Slicer的介绍, 在前面的几篇博文中已经有所介绍. 这篇文章主要分享, 在实际的项目开发中的经验.Slicer是由很多很多的Module构成的, 这些Module分别承担了不同的应用场景. 因此, 完成一个比较复杂的操作, 一般需要在不同的Module之间手动切换. 这对于需要批量操作或自动化操作, 就带来了很大的不便.好在, Slicer提供了丰富的接口, 可以通过Python调用底层的接口, 从而实现很多需要手动完成的工作.以下, 首先会列原创 2021-09-29 09:46:34 · 801 阅读 · 1 评论 -
3d Slicer开发者入门
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。原创 2021-08-04 13:49:05 · 1331 阅读 · 0 评论 -
3d Slicer在windows和linux系统上的编译介绍
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。1. 前言2. 3d Slicer的编译介绍2.1 windows 10平台编译2.2 linux(ubuntu 18.04)平台编译原创 2021-06-30 23:51:58 · 896 阅读 · 2 评论 -
QT+VTK: 如何在QT中显示VTK生成的图像
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。1. 背景:在医疗软件的开发中,QT和VTK是经常配合使用的。基于QT,可以快速地搭建出软件的图像窗口、按钮、工具栏和状态栏;基于VTK(还有DCMTK,ITK等),则可以实现医学图像的基本读取和处理。VTK的渲染窗口是其内部的一个类vtkRenderWindow,响应鼠标事件是通过vtkRenderWindowInteractor。那么如何实现将基于VTK原创 2017-01-16 13:34:38 · 9162 阅读 · 11 评论 -
基于vtkVolumeRayCastMIPFunction实现体数据的MIP显示
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。基本介绍:vtkVolumeRayCastMIPFunction: A maximum intensity projection ray caster for volumes. vtkVolumeRayCastMIPFunction is a volume ray cast function that computes the maximum value原创 2016-12-12 23:53:55 · 2268 阅读 · 1 评论 -
基于VTK实现面绘制(SR)和体绘制(VR)的基本代码
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。1. 医学影像与三维可视化2. 面绘制和体绘制的实现原理2.1 面绘制 (Surface Rendering) VTK中基于面绘制实现三维重建,使用的是经典的Marching Cubes(移动立方体法)算法。 面绘制是采用分割技术对一系列的二维图像进行轮廓识别、提取等操作,最终还原出被检测物体的三维模型,并以表面的方式显示出来。 面绘制的数原创 2016-12-29 19:23:00 · 17540 阅读 · 20 评论 -
vtkPropPicker无法拾取vtkRenderer中的vtkLineSource的解决方案
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。问题背景:为了实现类似于一款操作STL等3D对象的软件——Geomagic Studio软件在操作其视野中的3D对象时,可以通过工具->移动->高级对象移动器,调出一个包围该3D对象的坐标轴和沿着这三个轴的三个圆圈。这样,在平移和旋转3D对象对象时便非常直观了。如下图所示: 具体的交互方法为: (1)平移:当鼠标落在通过3D对象中心的三根红、绿和蓝轴的任原创 2016-12-09 20:15:21 · 2907 阅读 · 5 评论 -
vtkPropPicker在图像处理中的应用
该文由Markdown编辑器编辑完成。1. vtkPropPicker的类说明关于vtkPropPicker的类说明,可以摘录VTK官方文档对于该类的说明。 http://www.vtk.org/doc/nightly/html/classvtkPropPicker.html#details Pick an actor/prop using graphics hardware. vtkProp原创 2016-05-20 18:44:23 · 2480 阅读 · 3 评论 -
医学序列图像定位线绘制基本方法介绍
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。1. 定位线的概念和意义 随着医学成像技术的不断发展,计算机断层扫描(CT)和核磁共振成像(MRI)已经越来越多地应用在了相关疾病的诊断中。医生通过分析病人器官的CT/MR序列的二维切片图像,可以大致观察到患者病灶的大小及形状。但是由于一个序列的二维切片影像较多,且同一个患者的不同序列影像可以反映不同视角的病灶信息。如常用的轴、矢和冠状位就反映了人体的从头原创 2017-03-14 18:20:32 · 9432 阅读 · 9 评论 -
Photoshop中的“磁性套索”背后算法的OpenCV实现
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。1. PS中的磁性套索工具简介:本示例是基于Photoshop CS4的工具栏: 2. 磁性套索工具背后的算法Livewire原理:3. Livewire Segmentation简介及其OpenCV的实现:3.1 Livewire简介: Livewire, also known as Intelligent Scissors, is a segmen原创 2016-09-29 20:27:05 · 5886 阅读 · 1 评论 -
Tools介绍:最快的DicomViewer软件 - RadiAnt Dicom Viewer
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。1. 背景: 在开发医疗软件的过程中,已经接触了很多开源的Dicom Viewer软件,这些都大公司出品的非商业版软件,如PhilipsDicomViewer,看起来高大上;也有一些很小巧的软件,如ezDicom软件。 但是以上提到的这几款软件,当然指的是免费版,仅提供了基本的二维阅片功能,暂不支持三维后处理功能。近日在网上浏览关于医学影像处理软件的帖子原创 2017-01-12 20:19:45 · 50071 阅读 · 12 评论 -
DRR(Digitally Reconstructured Radiograph)在医学影像处理的应用
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。1. DRR图像的概念 DRR(Digitally Reconstructured Radiograph),全称为数字重建放射影像。它是指射野方向或从类似模拟定位机的X射线靶方向观视3D重建图像的结果。近年来,随着计算机技术的发展和CT扫描技术的进步,DRR越来越多的取代了传统CT模拟定位机所用胶片图像。 DRR被广泛应用于CT模拟定位、图像引导放射原创 2016-08-09 09:18:27 · 25359 阅读 · 59 评论 -
QT和VTK联合显示图像时发生扭曲变形的问题解决
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。1. 问题提出背景: 基于本博客之前的一篇博文《QT+VTK: 如何在QT中显示VTK生成的图像》,主要讲解了一般医学软件是如何基于QT和VTK的基础,进行医学图像的渲染和展示的。 前段时间在实现一个需求——在一个窗口中显示一个序列的部分图像。这就需要在QT的一个布局窗口(QWidget/QLayout)中,再内建一个QGridLayout,然后将序列图原创 2017-03-13 19:32:38 · 1665 阅读 · 2 评论 -
ORS Visual医学影像三维处理软件简介
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。1. ORS Visual软件简介:2. C/S模式The most logical choice to meet any medical imaging challenge. ORS Visual是满足任何医学影像工作挑战的最合理的选择. ORS Visual offers a full suite of advanced 3D visualizati原创 2017-03-31 20:29:20 · 9919 阅读 · 1 评论 -
OsiriX User Manual - 3D Curved MPR(曲面重建)
本文档由Markdown语法编辑器编辑完成。1. OsiriX 简介:OsiriX软件是一款世界著名的Dicom Viewer软件。OsiriX MD, the medical edition of OsiriX, is certified and validate for clinical use in medicine(FDA, CE, ANVISA). With ultrafast perfo翻译 2017-04-02 13:38:58 · 5382 阅读 · 4 评论 -
pydicom读取压缩格式的DICOM图像报错的解决方案
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。前言:已知用pydicom读取一类Dicom图像时会报错,报错信息大致如下: OSError: cannot identify image file <_io.BytesIO object at 0x107683728> During handling of the above exception, another exception occured:原创 2017-07-05 08:49:15 · 8740 阅读 · 1 评论 -
运用DCM4CHEE docker镜像模拟医院PACS系统进行数据传输的测试
本文由Markdown语法编辑器编辑完成.1. 开源PACS服务_dcm4chee:2. 基于dcm4chee docker镜像,启动PACS服务3. 基于dcmtk,进行dcm医学图像的传输测试原创 2019-02-14 17:50:19 · 3143 阅读 · 12 评论 -
Dicom Viewer——Philips Dicom Viewer
前言: 正如前述文章中提到的,DICOM(Digitial Image Communications in Medicine)是所有从事医学影像处理的工作者需要了解的最基本的图像格式。 假设一个患者到医院就诊,为了判断他的病灶,医生需要指定不同的检查(例如:CT,MR,Ultrasound等),而每一项检查(Study)都需要由相对应的仪器来完成。但是仪器产生的一系列(Series)的影像(I原创 2014-09-17 00:14:15 · 17501 阅读 · 0 评论 -
根据透明度组合两张QImage的方法
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。问题需求:在之前完成模型切割的功能中,(关于模型切割,后续会有专门的博文介绍),已经实现了利用现有模型库中的模型,来从体数据中分割模型对应的区域。模型切割类似于拿一个固定大小的模具从被分割的体数据中去挖取出模具所包含的区域。为了在模型切割前,准确地将模型与被分割的区域对齐,增加模型透明度的调节功能,这样可以在调节的过程中,同时看到两部分区域,以便于更准确地对原创 2016-10-18 12:28:31 · 1730 阅读 · 1 评论 -
VTK中基于vtkPolygon延伸成柱状体的实现
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。需求背景:在之前已经完成的图像分割算法中,已经为医生提供了阈值分割、区域增长、盒切和模型切割这四种分割算法,而且这些算法可以组合进行使用。但是客户(医生)在进行实际的操作时,还是会遇到这些算法难以方便解决的情况。比如,当患者在扫描CT或MRI时,病床并不是平直的(盒切只能是平直的),而是呈弧线形的。因此,医生提议能否由医生自己在MPR的某一层面绘制一个图形,原创 2016-11-03 09:06:45 · 3269 阅读 · 6 评论 -
使用vtkExtractVOI时未抽取出VOI的问题解决
本文是由Markdown语法编辑器编辑完成。1. 问题提出:今天要解决的问题是,希望能够用一个类似于BoxWidget的模型来切割一个原始体数据,最后希望从原始体数据中抽取出BoxWidget范围内的体数据。即从一个大的体数据中抽取出一块小的体数据。 说到这里,大家可能也猜出在VTK中有一个现成的类就是来完成这个需求的,它就是vtkExtractVOI。关于该类的详细解释可以查看链接: http原创 2016-07-07 19:46:48 · 1741 阅读 · 3 评论 -
VTK及计算机图形学培训资料
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。上周由于项目的需要,领导安排让我进行VTK的一个小培训。为了这个培训,我也准备了将近三天的时间。通过这三天的准备,我对VTK也有了一个全面的了解。通过给别人分享,然后再一起讨论,这样可以起到更好的学习效果。 回顾这次培训的过程,我在准备ppt的过程中,尽量站在一个接受培训的人员的眼中来准备,把他们最想了解到的知识结构都呈现出来,尽量做到图文并茂,尽量能够以原创 2016-03-27 15:54:17 · 3380 阅读 · 2 评论 -
在ParaView中增加实现MPR/MIP功能的filter
本文由Markdown编辑器编辑完成。1. 前言:已知在ParaView5.0的Filters列表中暂且还没有实现MPR/MIP功能的filter。为了扩展ParaView的filter,需要用户自己创建相应的Plugins,然后再通过Plugins的管理器将创建的reader,filter等不同类型的plugin增加到ParaView中来。由于ParaView底层是基于VTK实现的,因此如果扩展P原创 2016-02-19 11:25:46 · 3553 阅读 · 0 评论 -
VTK Examples中MIP和MPR的功能实现与源码分析
本篇博客由Markdown编辑器编辑而成。1. 前言在之前关于ParaView技术调研中,已经通过修改ParaView5.0的源代码实现了MIP/minIP/aveIP的功能。但是由于对ParaView的代码结构还不是完全了解,至少在目前的了解程度上,还无法做到完全根据自己的实际需要来进行MIP。如我需要将体数据首先在空间中进行一定的旋转和平移后,再进行指定厚度的MIP展现。这个需求在ParaVi原创 2016-01-27 19:47:07 · 9155 阅读 · 17 评论 -
ParaView实现MIP(最大密度投影)的功能
本文由Markdown编辑器编辑而成。1.MIP的定义在前面的技术调研中,已经对MPR(多平面重建)的原理及其在ParaView中的实现进行了基本的介绍。MPR最常用来检查脊椎,因为轴切面的影像只限于有时才能显出椎体,也无法完全显示出椎间盘,然后经过影像的重组,医生便可以更容易地观察出脊椎地位置以及其和其他器官的关系。在医学影像的三维影像后处理算法中,除了MPR外,还有一种较为常见的算法,名称为MI原创 2016-01-21 18:55:09 · 13207 阅读 · 2 评论 -
DICOM入门简介
DICOM 基础知识DICOM是所有从事医学影像处理的工作者需要了解的最基本的图像格式。这里摘抄一篇关于DICOM简介较为详细的文章,我也可以常常浏览,以达到温故而知新的目的。转载 2014-08-26 23:15:34 · 12488 阅读 · 2 评论 -
vtk基础知识及测试例子
VTK基础知识储备及example1. Vtk简介: 参考来源:http://blog.csdn.net/bingo_gmwu/article/details/4711611Vtk是一个支持三维数据显示和交互的面向对象开发库。Vtk提供的对三维数据的操作是通过一个管道(pipeline)体系实现的,在管道体系中多个元素结合在一起共同完成一个复杂的任务。一个典型的管道结构可以原创 2014-07-27 17:30:55 · 18055 阅读 · 1 评论 -
医学影像处理软件之Image Orientation相关介绍
医学影像Image Orientation1. Image Orientation: 如之前在博文《DICOM中几个判断图像方向的tag》中提到的ImageOrientation(0020,0037)表示的是图像第一行和第一列相对于病人的方向。而在DICOM坐标系是根据病人的方向来确定的,其中X轴正向指向病人的左侧,Y轴正向指向病人的背部,Z轴正向指向病人的头部。在医原创 2014-07-27 16:26:26 · 15249 阅读 · 0 评论 -
DICOM中几个判断图像方向的tag
源文章地址:http://blog.csdn.net/yonghong1/article/details/6004185在DICOM标准里,有三个比较重要的TAG,是与成像的方向有关的。1. image position(0020,0032): specifies the x,y, and z coordinates of the upper left hand corner o...转载 2014-04-02 21:00:37 · 15126 阅读 · 0 评论 -
基于MITK实现区域生长分割的介绍
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。1.关于MITK:MITK的全称是”The Medical Imaging Interaction Toolkit”。它是一款开源的交互式医学图像处理软件开发和应用平台。MITK将ITK和VTK整合为一个应用框架。该软件由德国一个研究室开发。官网地址为:http://mitk.org/wiki/MITK 。与MITK同名的还有另一款由中科院自动化研究所开发的原创 2016-06-22 20:28:48 · 7792 阅读 · 1 评论 -
Slice:Drop——基于Web的医学影像浏览工具
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。随着互联网技术在医疗行业的深入发展,通过浏览器来进行医学影像的浏览、分析和诊断也开始变得越来越流行了。这其实也是云技术在医疗行业的应用之一。试想,无论是医院机构,还是患者本身,不再需要去购买专业的医学影像软件Dicom Viewer,而只需要将拍摄的影像拖动到一个浏览器中,便可以得到和过去专业Dicom Viewer软件相似的服务,那真是非常美好的一件事情。原创 2016-06-25 15:45:50 · 7067 阅读 · 10 评论 -
CornerStone —— 医学影像显示的JavaScript库简介
本文是由Markdown语法编辑器编辑完成。1. CornerStoneCornerSone is a JavaScript library to display interactive medical images including but not limited to DICOM. CornerStone是一个交互式的显示,包括但不限于Dicom格式的医学影像的JavaScript库。原创 2016-06-25 17:20:15 · 12680 阅读 · 9 评论 -
盒切在医学影像处理中的应用
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。1. 盒切的需求提出在图像处理的各种分割算法中,可以分为自动分割、半自动分割和手动分割。 医生在实际操作医学影像处理软件时,面对载入的大数据量医学影像数据,往往希望先通过一种切割方式,将感兴趣的区域从整个区域中分割出来,这样便可以达到减小数据量,加快未来数据处理的目的。 医生在应用Mimics软件时,该软件提供了盒式切割的方式,可以基于输入的完整体数据中原创 2016-08-08 09:33:06 · 1296 阅读 · 0 评论 -
基于ITK和VTK实现三维体数据的区域生长分割和可视化
该文由Markdown语法编译器编辑完成。1. 前言:在医学影像的开源库中,ITK主要擅长图像分割和图像配准算法的 研究,VTK则擅长三维可视化的实现。通过结合二者,可以实现基本的图像分割或配准算法的执行和结果显示。本文主要介绍ITK中的基于itkConnectedThresholdFilter的区域生长分割算法,并且利用 VTK将区域生长分割后的体数据进行显示。2. 基本步骤:本文所采用的基本开发原创 2016-07-18 22:35:04 · 17693 阅读 · 117 评论 -
《Mimics软件临床应用:计算机辅助外科手术》目录摘要
本文由Markdown语法编辑器编辑完成。1. Mimics软件在前面的博文中,已经有介绍Mimics和Amira这两款在医学影像处理中非常流行的软件。这篇文章主要介绍一本详细讲解Mimics软件在临床手术中的应用,书名为《Mimics软件临床应用:计算机辅助外科手术》,这本书的百度云分享地址如下: http://pan.baidu.com/s/1eSBdC3K。书籍的封面为: 这本书的作者是在原创 2016-08-06 00:05:33 · 6981 阅读 · 3 评论