python下医学图像处理库的安装问题(更新中)

1. pip install dipy：DIPY is a python toolbox for analysis of MR diffusion imaging.

2. pip install nibabel：安装用于读写影像数据文件的程序包

3. pip install --trusted-host pypi.python.org SimpleITK：安装ITK包

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1. PyMVPA

解析：PyMVPA（Python MultiVariate Pattern Analysis）是一个用来简化大型数据集的模式分类分析的Python模块。

提供一些高级的抽象的常用的处理步骤和一些常用算法的实现，而且它不仅仅局限于神经影像学领域。Windows下安

装方式为pip install pymvpa-0.4.8-cp27-none-win_amd64.whl。

2. Nilearn

解析：Nilearn是一个能够快速统计学习神经影像数据的Python模块。它利用Python语言中的scikit-learn工具箱和一些进行预测建模，分类，解码，连通性分析的应用程序来进行多元的统计。

 pip install -U --user nilearn

3. Scikit-learn

解析：Scikit-learn是基于Scipy为机器学习建造的的一个Python模块，它的特色就是多样化的分类，回归和聚类的算法包括支持向量机，逻辑回归，朴素贝叶斯分类器，随机森林，Gradient Boosting，聚类算法和DBSCAN等。

Scikit-learn需要NumPy和SciPy等其他包的支持，因此在安装Scikit-learn之前需要提前安装一些支持包，

假定已经完整安装了所有支持包，那么利用安装Scikit-learn只需要简单的一条简单的pip命令（也可以用conda命令，详见官方文档）：

$ sudo pip install -U scikit-learn

4. Scikit-image

解析：Scikit-image是用于图像处理的Python包，使用原生的NumPy数组作为图像对象。

pip install skimage

5. PyOpenCV（或CV2）

解析：PyOpenCV（或CV2）是一个用Python实现的OpenCV的API。但是，PyOpenCV与CV2的区别呢？

6. PyOpenGL

解析：PyOpenGL是一个用Python实现的OpenGL的API。

7. PIL

解析：PIL（Python Imaging Library）是Python中最常用图像处理库，它的功能非常强大，并且API非常简单易用。

8. FSL

解析：常用的分析fMRI的软件有SPM，FSL和AFNI。官网对FSL的介绍：FSL is a comprehensive library of image 

analysis and statistical tools for fMRI, MRI and DTI brain imaging data. The suite consists of various command line 

tools, as well as simple GUIs for its core analysis pipelines. Among others, FSL offers implementations of standard 

GLM analysis, white matter tractography, tissue segmentation, affine and non-linear co-registration, and 

independent component analysis.

FSL提供的工具，如下所示：

（1）Functional MRI: FEAT, MELODIC, FABBER, BASIL, VERBENA

（2）Structural MRI: BET, FAST, FIRST, FLIRT & FNIRT, FSLVBM, SIENA & SIENAX, fsl_anat

（3）Diffusion MRI: FDT, TBSS, EDDY, TOPUP

（4）GLM / Stats: GLM general advice, Randomise, Cluster, FDR, Dual Regression, Mm, FLOBS

（5）Other: FSLView, Fslutils, Atlases, Atlasquery, SUSAN, FUGUE, MCFLIRT, Miscvis, POSSUM, BayCEST

FSL安装，如下所示：

（1）下载FSL

http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fsl-5.0.9-centos6_64.tar.gz

（2）安装FSL

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1. sudo su