0.常用口令
.libPaths()
library()
library(packages)
search()
help(package="package_name")
?function
1.镜像源问题
# 查看目前的镜像源
getOption("repos")
# 或者
options()$repos
# 更换镜像源,仅仅是本次登陆有效,但下次登陆时镜像源不一定是清华源
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/") #对应清华源
# 二选一,有些时候不同仓库软件版本不一样,免得混用不同仓库的软件导致一些依赖关系出错。
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")) # 中科大
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") # 中科大
# 最好修改对应家目录下的配置文件,永久生效
vim .Rprofile # linux家目录下的配置文件
# Rstudio + windows
Tools --> Globle options --> Packages --> Changes -->选择站点
2.直接安装
if (!requireNamespace("phyloseq", quietly = TRUE))
install.packages("phyloseq")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("phyloseq")
pkgs <- c("rpart", "rpart.plot", "party","randomForest", "e1071")
install.packages(pkgs, depend=TRUE)
2.安装github上的包
install.packages('githubinstall')
library(githubinstall)
githubinstall('phyloseq')
如果找不到的话,就去github上搜,然后直接找到作者和软件
例如:hippo-yf 作者, MUREN 包
remotes::install_github("hippo-yf/MUREN")
install.packages('devtools')
library(devtools)
install_github("joey711/phyloseq")
3.用conda安装
conda create -n R4.0
conda activate R4.0
conda install r-base==4.0.3
conda install r-phyloseq
cd ~/Anaconda/pkgs
conda install --use-local phyloseq_1.36.0.tar.gz
4.预编码包安装
wget http://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/phyloseq_1.36.0.tar.gz
install.packages("phyloseq_1.36.0.tar.gz", repos = NULL, type="source")
install.packages("http://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/phyloseq_1.36.0.tar.gz", repos = NULL, type="source")
install.packages("https://github.com/joey711/phyloseq/archive/refs/heads/master.zip", repos = NULL, type="source")
R CMD INSTALL phyloseq_1.36.0.tar.gz