R -- 包管理与安装

0.常用口令

.libPaths() #显示包的安装位置
library（） #显示可加载那些包
library（packages） # 记载包
search（） #已加载那些包并且可用
help(package="package_name") #帮助文档
？function #帮助文档

1.镜像源问题

# 查看目前的镜像源
getOption("repos")

# 或者
options()$repos

# 更换镜像源，仅仅是本次登陆有效，但下次登陆时镜像源不一定是清华源
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/") #对应清华源
# 二选一，有些时候不同仓库软件版本不一样，免得混用不同仓库的软件导致一些依赖关系出错。
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/"))  # 中科大
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") # 中科大

# 最好修改对应家目录下的配置文件，永久生效
vim .Rprofile   # linux家目录下的配置文件

# Rstudio + windows
Tools --> Globle options --> Packages --> Changes -->选择站点

2.直接安装

# 一种使用r base的安装方式
if (!requireNamespace("phyloseq", quietly = TRUE))
  install.packages("phyloseq") # repos参数可以设置安装源，?install.packages可以查看更多参数意义

# Bioconductr包可以使用BiocManager安装
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("phyloseq")

# 一次安装多个包
pkgs <- c("rpart", "rpart.plot", "party","randomForest", "e1071")
install.packages(pkgs, depend=TRUE)

2.安装github上的包

# 2.1 使用githubinstall包安装
install.packages('githubinstall') 
library(githubinstall)
githubinstall('phyloseq')
如果找不到的话，就去github上搜，然后直接找到作者和软件
例如：hippo-yf 作者， MUREN 包
remotes::install_github("hippo-yf/MUREN")

# 2.2 使用devtools包安装
install.packages('devtools') 
library(devtools)
install_github("joey711/phyloseq") 

3.用conda安装

# 3.1 conda 安装特定R
conda create -n R4.0 # 为4.0版本r单独创建conda环境
conda activate R4.0
conda install r-base==4.0.3 # 安装R 4.0.3版本,==表示精确匹配，=表示模糊匹配
conda install r-phyloseq # 安装phyloseq包，服务器上很多包都可以这样安装，有时候会显示找不到这个包，说明conda的源中找不到这个包，可以添加新的源。有时会显示连接中断，可以把包下载下来，本地安装。

# 3.2 conda本地安装包
cd ~/Anaconda/pkgs # 将下载的包放在conda放安装包路径中进行本地安装
conda install --use-local phyloseq_1.36.0.tar.gz # 我没有成功过

4.预编码包安装

# 4.1 打开R后，进行安装，需要将下载的R包放入工作环境中
wget http://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/phyloseq_1.36.0.tar.gz
install.packages("phyloseq_1.36.0.tar.gz", repos = NULL, type="source") 
## 或者直接用下载链接安装，但是有可能出现连接中断或超时
install.packages("http://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/phyloseq_1.36.0.tar.gz", repos = NULL, type="source") 
## 使用github上的master分支进行安装，很大概率会报错
install.packages("https://github.com/joey711/phyloseq/archive/refs/heads/master.zip", repos = NULL, type="source") 

# 4.2 服务器安装，不需要打开R，直接在终端输入下列代码
R CMD INSTALL phyloseq_1.36.0.tar.gz