R -- combn函数 -- 向量元素的组合

biref

我有一个包含多个基因名称的向量，我需要可视化这些基因表达量的相关性，比如散点图
我可以手动的制作两两基因之间的散点图，或者使用循环。
但是我目前的想法是首先制造一个两两组合的基因名称列表，这样方便提取对应的表达量和作图标记，以及避免重复

# 制造两两组合的基因名称列表
myvar <- c("CDCP1","ERBB2","ERBB3","EGFR","MET","VEGFA","VEGFB","TACSTD2","SLC39A6")
combos <- combn(myvar,2) # 利用combn 函数

combos <- lapply(seq_along(combos[1,]), function(i){combos[,i]} )
combos  #此时是一个列表，每一个元素还是一个列表，包含组合的基因名称

dlist <- c()
j <- 1
for(i in combos){
  p <- ggplot(df, aes(x=df[,i[1]], y=df[,i[2]])) +
    xlab(i[1])+
    ylab(i[2])+
    geom_point()+
    geom_smooth(method="lm",formula = y ~ x)+
    theme_bw()+
    stat_cor(method = 'pearson',aes(x=df[,i[1]], y=df[,i[2]]))
  dlist[[j]] <- p
  j <- j+1
}
plot_grid(plotlist = dlist,ncol = 4)

# 更优的写法
plist <- lapply(combos, function(i) {
  ggplot(df, aes(x = df[,i[1]], y = df[,i[2])) +
    geom_point() +
    geom_smooth(method = "lm", formula = y ~ x) +
    stat_cor(method = 'pearson') +
    labs(x = i[1], y = i[2]) +
    theme_bw()
})

n <- length(plist)
for (i in seq(1, n, 4)) {
  pgrid <- plot_grid(plotlist = plist[i:min(i+3, n)], ncol = 4)
  print(pgrid)
}