- 博客(26)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 STAR软件安装以及使用
1、获取软件#Get latest STAR source from releaseswget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.7.2b.tar.gztar -xzf 2.7.2b.tar.gzcd STAR-2.7.2bcd bincd Linux_x86_64 其下即有可运行二进制文件./STAR#Alternative...
2019-09-29 16:43:36
7962
原创 df与du命令的学习
#df [-ah]:以人类易读容量格式的方式显示整个系统的文件系统信息，包括磁盘的分区，分区大小及使用量，分区挂载点等#df -T ：分区文件系统格式也显示出来#df 文件或者目录 ：将显示该文件或者目录所在分区，并将该分区的信息显示出来（可以善加利用）#du [-ah] 文件或者目录名称 ：显示文件或者目录的占用容量大小，若是目录还会显示其下的所有文件以及大小...
2019-09-28 23:36:27
103
原创 trim_galore的安装及使用
1、网址：https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.6.0.tar.gz用户手册：https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/blob/master/Docs/Trim_Galore_User_Guide.md2、安装：conda一键安装没成功所以去了上述网址下载压缩文件，因服务器地址问...
2019-09-28 22:45:52
18841
2
原创 fastqc软件安装以及使用体验
极度耻辱想发泄的一天这个软件让我怀疑人生了！技术不到家！1、搭建fastqc运行环境：java环境，open-jdk版本大于1.6.0以上linux下：java -version 查看版本2、下载fastqc软件包，官网由编译好的二进制文件，下载到相应目录unzip，进入fastqc目录，其下包含一些文件，其中fastqc文件为二进制文件，需要自己设置执行权限：chmod a+x fas...
2019-09-28 01:10:28
3698
2
原创 linux文件系统的简单认知
1、早期的索引式文件系统：ext2在索引式文件系统上发展的日志式文件系统：ext3 ext4超级区块、inode对照表、区块对照表、inode区块、数据区块inode区块信息：一般为128B大小，ext3/4的大小可以设置为256B，主要记录对应文件的权限、属性、atime、ctime、数据区块的号码等；数据区块号码记录为12个直接指向，一个间接，一个双间接，一个三间接（4B大小）解释单...
2019-09-26 16:07:56
124
原创 linux的文件权限如何修改以及意义
1、文件或者目录的权限owner ownergroup othersrwx rwx rwx（r=4 ；w=2 ；x=1）2、修改文件或者目录的权限2.1 修改所属组别chgrp [-R] 组名 文件或者目录2.2 修改所属人chown [-R] user 文件或者目录chown [-R] user:group 文件或者目录...
2019-09-24 10:57:52
117
原创 basename命令基本用法
#basename 可以获取路径中文件名或者目录名等信息示例如下：1、获取路径下的文件名/路径名#basename /etc/passwd ==> passwd#basename /etc/man.config ==> man.config2、去掉获取的文件名或者目录名的扩展名#basename /etc/man.config ==> man.conf...
2019-09-23 21:38:30
961
原创 CASH软件分析差异性可变剪接
声明：仅用于记录和交流，非用于指导RNA-seq 数据拿到手已经是hisat2比对好的bam格式文件：test-treat.bam与test-control.bam接下来记录操作过程：1、我的bam文件没有经过排序sort和建立索引index，所以我需要进行sort和建立index（sort和index原理以及文件格式变化，还没具体了解）2、使用samtools软件进行sor...
2019-09-19 21:25:12
2552
原创 linux系统账号管理与ACL权限设置
用户标识符UID与 GID的概念#查看系统内是否有某个账号 ：# id 账号名称 将会出现uid，gid，groups等信息问题1、假设你需要登陆linux主机，不论远程或者tty，都需要输入账号密码，此时系统会读取那些文件，以及工作流程？答：先查找/etc/passwd文件里面有无记载你的账号信息，没有记录则退出，有记录对应的uid，gid等数据，则继续读取家目录，shell等...
2019-09-16 15:42:28
117
原创 shell脚本的跟踪与调试
#sh [-nvx] xxx.sh-n: 表示不要执行脚本，仅查询语法的问题-v：在执行脚本前，先将脚本文件的内容打印到屏幕山-x：将使用到的脚本内容打印到屏幕上 （与参数v比较，显示内容仅为命令，不包括注释等信息）...
2019-09-16 00:12:48
191
原创 循环
循环可以不断地执行某个程序段落，直到用户的设置的条件完成为止循环分为不定循环和固定循环不定循环： while do done 、until do done while [condition] <==condition指条件判定式 do <==condition成立则进行程序段 程序段 done <==表示...
2019-09-16 00:08:57
144
原创 条件判断式
1、if then 条件判断式：当符合某个条件判断的时候，就予以进行某项任务 单层、简单的条件判断 if [条件判断式]；then 当条件成立时，可以进行的命令工作内容 fiif [ “input"=="Y"]∣∣["{input}" == "Y"] |...
2019-09-15 23:45:01
420
原创 命令test
利用命令test以及判断符号可以检测很多文件，设备，以及判定（可以搭配的判断式：$? , && , ||）用法一 #test 参数 文件名参数 意义-e 该文件名是否存在-f 该文件名是否存在且为文件-d 该文件名是否存在且为目录-b 该文件名是否存在且为一个block device 设备-c ...
2019-09-15 11:08:01
79
原创 命令awk
数据处理工具awk，相对于sed每次处理一行内容，awk每次在一行内，将一行的内容分成多个字段进行处理。（默认的字段分隔符为空格键或者tab键）一般格式：#awk ’ 条件类型1 {操作1} 条件类型2 {操作2}’ filename若多个操作需要进行，则命令可以使用分号";"隔开在awk处理的文件中，每一行的每一个字段都有变量名称：第一个字段为变量 $1 ;第二个字段为变量 $2等，...
2019-09-14 14:19:41
135
原创 命令sed
sed是一个管道命令可以分析stdin，一般进***行数据***的替换，删除，新增，选取特定行等功能#sed [-nefr] [操作] ：sed后面接的操作务必使用单引号括住-n：安静模式，来自stdin的数据中只有经过sed处理的那些数据才会打印到屏幕上-e：直接在命令行上进行sed的操作编辑-f： 直接将sed的操作写在一个文件内，-f filename 则可以执行filena...
2019-09-14 13:33:46
92
原创 正则表达式中的特殊字符及其意义
正则表达式的概念：用在字符串处理上面的一项表达式，一些程序支持这种表示法，那么该程序就可以用来作为正则表达式的字符串处理之用。（bash环境下的通配符或者特殊符号与用于正则表达式中的特殊字符意义是不一样的）注意事项：使用正则表达式时，需要特别注意当下环境的语系，否则可能会发现与别人不同的选取结果。用于正则表达式中的特殊字符串以及意义：特殊符号 代表意义[:alnum:] ...
2019-09-14 11:45:28
1067
原创 linux中常见的压缩命令
#常见压缩文件扩展名以及对应的压缩程序扩展名 压缩程序.z compress程序压缩的文件.zip zip程序压缩的文件.gz gzip.bz2 bzip2.xz xz.tar tar程序打包的文件，并没有压缩过.tar.gz tar程序打包的文件，并经过gzip的压缩.tar.bz2 ...
2019-09-14 00:57:18
151
原创 字符转换命令：tr \ col \ paste
#tr [-ds] set1-d : 删除信息当中的set1这个字符-s：替换掉重复的字符#col -x ：将tab键替换成对等的空格键示例：# cat -A filename 此时文件中的tab键会以^I的形式出现#cat -A filename | col -x 就会将文件中的^I 替换成空白#paste -d file1 file2 ：将文件1和2的同一...
2019-09-13 23:37:06
119
原创 排序命令：sort \wc \uniq
#sort [-fbMnrtuk] file of stdin-f: 忽略大小写的差异-b：忽略最前面的空格字符部分-M：以月份的名字来排序-n：使用纯数字来排序-r :反向排序-u：就是uniq，相同的数据中，仅出现一行代表-t：分割符号-k：以那个区间来进行排序示例：#cat /etc/passwd | sort -t ’ :’ -k 3 -n #/e...
2019-09-13 22:53:23
169
原创 选取命令：cut \grep的简单使用
#理解管道命令与连续执行命令的区别（管道命令仅能处理stdout）#cut -d ‘分割字符’ -f 字段示例：(base) jiangshandai@LAPTOP-HPE5DULV:~$ echo KaTeX parse error: Expected group after '_' at position 256: ….2019.521.0_x64_̲_79rhkp1fndgs...
2019-09-13 22:18:13
267
原创 stdin 与stdout
标准输入（stdin）：代码为0，符号表示：< 或者<<标准输出（stdout）： 代码为1 ，符号表示： > 或者 >>标准错误输出（stderr）：代码为2，符号表示： 2> 或者 2>>用法示例：#find /home -name .bashrc > filename ,将find命令执行的结果输出到filenam...
2019-09-13 20:36:59
2542
原创 bash环境下的通配符
符号 意义‘*’ 代表0到无穷多个任意字符？ 代表一定有一个字符[ ] 一定有一个在中括号内的字符[ - ] 若有减号在括号内，表示在编码顺序内的所有字符，而且一定有一个[^] 表示一定不是中括号内的字符示例：找出/etc下以con开头的所有文件：# ll /etc/con*找出/etc下文件名有五个字符的文件# ll /etc/???...
2019-09-13 20:18:48
162
原创 认识bash
#什么是shell？提供用户使用界面的软件，通常就是命令行模式下的命令解析器#系统合法的shell？配置文件：/etc/shells##提问 /sbin/nologin 这个文件的作用？##用户登录系统后取得的shell，配置文件/etc/passwd，最后一行#命令别名的设置：alias$alias lm=“ls -al” （此时仅为局部变量，全局变量需要写入/etc/profil...
2019-09-13 20:06:04
103
原创 命令 ulimit
$ ulimit [-SHacdfltu] [配额】-H： hard limit-S： soft limit-a：后面不接任何参数或者配置，显示所有的限制额度-c：当某些程序发生错误时，将产生core file，此参数设置core file的大小-f： 此shell可以建立的最大文件容量-d： 程序可使用的最大段内存容量-t： 可用的最大内存时间-u：单一使用者可以使用的最大进程数...
2019-09-13 11:05:13
71
原创 命令read
#read ：读取来自键盘输入的变量#read [-pt] variable-p 后面接提示字符-t 后面接提示秒数示例：#read atest # 命令read 变量 atest此时键盘输入变量内容：this is a test#echo atest# this is a test示例：#read -p “please keyin your name：” -t ...
2019-09-13 10:51:31
105
转载 conda的使用
1、安装conda网址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/版本：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda-1.4.0-Linux-x86_64.shubuntu命令行：$wget -c https://mirrors.tuna.ts...
2019-09-11 01:49:53
296
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人