fastqc软件安装以及使用体验

极度耻辱想发泄的一天
这个软件让我怀疑人生了！
技术不到家！
1、搭建fastqc运行环境：java环境，open-jdk版本大于1.6.0以上
linux下：java -version 查看版本
2、下载fastqc软件包，官网由编译好的二进制文件，下载到相应目录unzip，进入fastqc目录，其下包含一些文件，其中fastqc文件为二进制文件，需要自己设置执行权限：chmod a+x fastqc
根据需要是否添加环境路径中
http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip
3、运行：基本参数查看 fastqc -h
大致有： -q 安静模式
-o 结果输出路径
-t 设置线程

示例：fastqc -q -t 2 -o ./dir
4、结果含网页版报告和一个压缩文件

5、重头戏解释为什么嫌弃自己：
！、centos因为自带jdk，我用conda直接安装fastqc，需要再次安装jdk和其他依赖包。想卸载conda。而且一键安装后，运行出现LC_ALL= 设置出错：“我的服务器整体语系设置为en.utf8,但是他报错说无法设置lc_all,找不到文件。各种搜，都没解决，改了.bashrc,安装了其他软件，更新了字符集，都没用。最后改了~/.bashrc-profile加入"LC_ALL=C"才解决问题。

！、未选择conda安装，自己直接官网下，unzip用，发现报错：“X11什么的没安装，就是图形界面没有”，提示将DISPLAY的变量值设为‘：0.0’，所以我又去~/.bashrc设置变量，source ~/.bashrc后运行依然报错

！、然后我把fastqc后台运行，即使用 &。可以运行!perfect?no

!、文件多，我用循环语句各种报错，
示例#ls * | while read id ;do fastqc $id ;done&
#ls * | while read id ;do fastqc $id &;done

思考人生后，高手指点：#ls * | while read id ;do (fastqc -o -t -q $id &);done