Linux：bed文件制作，提取上下游150bp序列

最新推荐文章于 2024-02-23 23:56:34 发布
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版权

bed文件格式：

bed文件是一种常用的基因组注释文件格式，用于描述基因组上的区域。它由三列或更多列组成，分别表示染色体名称、区域起始位置和区域终止位置，以及可选的其他信息。

提取上下游150bp序列：

seqkit subseq --bed 39.bed -u 150 -d 150 -o pro.fa genome.v1.0.fa

seqkit subseq --bed test.bed -u 150 -d 150 -o test.fa XXX.genome.chromosome.fasta

#参数解释

-d, --down-stream int   down stream length          #指定下游的长度

-u, --up-stream int     up stream length            #指定上游的长度

重命名：

mv 文件1 命名2

caopei0111
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