Linux:bed文件制作,提取上下游150bp序列

本文介绍了bed文件格式在基因组学中的应用,包括其结构(三列或多列,如染色体、起止位置等),并展示了如何使用seqkit的subseq命令提取上下游150bp序列,以及如何进行文件重命名。

bed文件格式:

bed文件是一种常用的基因组注释文件格式,用于描述基因组上的区域。它由三列或更多列组成,分别表示染色体名称、区域起始位置和区域终止位置,以及可选的其他信息。

提取上下游150bp序列:

seqkit subseq --bed 39.bed -u 150 -d 150 -o pro.fa genome.v1.0.fa

seqkit subseq --bed test.bed -u 150 -d 150 -o test.fa XXX.genome.chromosome.fasta

#参数解释

-d, --down-stream int   down stream length          #指定下游的长度

-u, --up-stream int     up stream length            #指定上游的长度

重命名:

mv 文件1 命名2

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