CLAM复现-安装环境和运行

最新推荐文章于 2024-09-06 10:19:34 发布
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文章标签： 深度学习
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本文介绍了CLAM复现过程中遇到的安装和运行问题。首先在Windows10环境下安装openslide时，可能遇到的困扰及解决方案；接着讨论了在Python中使用h5py库时碰到的问题及其解决办法；最后，提供了CLAM具体运行步骤的参考链接，帮助读者成功复现CNS实验。
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CLAM:完整幻灯片图像上的高效数据和弱监督计算病理学
04-14
蛤 整个幻灯片图像上的数据高效和弱监督计算病理学。 自然生物医学工程 | | | TL; DR： CLAM是一种高通量且可解释的方法，可使用幻灯片级别的标签对数据进行有效的整个幻灯片图像（WSI）分类，而无需任何ROI提取或补丁级别的注释，并且能够处理多类子类型化问题。 经过训练的模型在三个不同的WSI数据集上进行了测试，可适应WSI切除和活检以及智能手机显微镜图像（显微照片）的独立测试队列。 CLAM：基于深度学习的管道，可进行高效数据和无监督的全幻灯片级别分析 ••••••••预打印•演示•引用 CLAM如何工作？ 聚类约束的注意力多实例学习（CLAM）是一种基于深度学习的弱监督方法，该方法使用基于注意力的学习来自动识别具有较高诊断价值的子区域，以便准确地对整个幻灯片进行分类，同时还利用实例代表区域上的高级别聚类，以约束和完善特征空间。 :copyright: Mahmood Lab-此代码在GP
复现PatchGCN记录
weixin_45577358的博客
06-18 615
就可以了，打开是包含患者信息的csv，有非常多种类的信息，里面也有censorship以及survival_months。应该是从CLAM得到h5文件（包含patch的坐标和特征），然后再用那个ipynb构建图数据。然后参照PatchGCN的WSI-Graph Construction.ipynb，进行图的构建。然后运行main文件，注意main里面的--data_root_dir，给到正确的路径。参照CLAM，提取特征，得到包含patch坐标和1024维特征的h5文件。所以现在的问题是怎么提取特征？
（CNS复现）CLAM——Chapter_00
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qq_40966210的博客
05-30 1万+
（CNS复现）CLAM——Chapter_00 文章目录（CNS复现）CLAM——Chapter_00前言一、CLAM介绍环境配置二、官方使用步骤Step.00 : Down_Load_DataSetStep.01 : WSI Segmentation and PatchingStep.02 : Feature ExtractionStep.03 : data splitStep.04 : trainingStep.05 : evalStep.06 : Heatmap Visualization总结 前
跑通CLAM
qq_34532413的博客
05-16 5684
项目场景： 从github上下载CLAM代码，上传Camelyon-16中的部分WSI图像，将代码跑通。 CLAM项目地址： GitHub - mahmoodlab/CLAM: Data-efficient and weakly supervised computational pathology on whole slide images - Nature Biomedical EngineeringData-efficient and weakly supervised computational
CLAM开源项目安装与使用指南
gitblog_00237的博客
09-05 755
CLAM开源项目安装与使用指南 clamQuickly turn command-line applications into RESTful webservices with a web-application front-end. You provide a specification of your command line application, its input, output a...
记录一下复现CLAM
weixin_45577358的博客
04-08 2073
记录了本人复现CLAM的过程，之后做实验准备预处理数据可能都会用到CLAM。
（CNS复现）CLAM——Chapter_02
qq_40966210的博客
05-31 3707
（CNS复现）CLAM——Chapter_02 文章目录（CNS复现）CLAM——Chapter_02前言Step-01: importsStep-02:初始化配置信息Step-03:调试代码Step-03.01 初始化配置文件Step-03.02 初始化WSIStep-03.03 初始化分割patch参数Step-03.04 patch 分割步骤解读 前言 （CNS复现）CLAM——Chapter_00 （CNS复现）CLAM——Chapter_01 这一部分主要是针对数据预处理的了解 create_
（CNS复现）CLAM——Chapter_03
qq_40966210的博客
06-01 4044
（CNS复现）CLAM——Chapter_03 文章目录（CNS复现）CLAM——Chapter_03前言Step-01: importsStep-02:初始化配置信息Step-03:调试代码Step-03.01初始化函数Step-03.02 初始化模型Step-03.03 主函数调试总结 前言 （CNS复现）CLAM——Chapter_00 （CNS复现）CLAM——Chapter_01 （CNS复现）CLAM——Chapter_02 在上一个章节中讲到一个很重要的点就是: 由于每一个WSI的大小是不
保姆级教程，带你复现病理AI的经典模型CLAM（一）｜项目复现·24-08-19
罗小罗同学的博客
08-19 1526
CLAM（Clustering-constrained Attention Multiple Instance Learning）是一种基于深度学习的弱监督方法，用于高效和弱监督的全切片级分析。自动分割：CLAM首先对全切片图像进行自动分割，识别出组织区域。这通常涉及到将图像转换到HSV颜色空间，并使用饱和度通道进行阈值处理，以提取组织区域。特征提取：在分割之后，CLAM利用深度卷积神经网络（CNN）为每个分割出的补丁计算低维特征表示。这通常涉及到使用预训练的CNN模型，如ResNet50，来提取特征。
（CNS复现）CLAM——Chapter_01
qq_40966210的博客
05-30 4806
（CNS复现）CLAM——Chapter_01 文章目录（CNS复现）CLAM——Chapter_01前言Step-01: importsStep-02:初始化配置信息Step-03:调试代码Step-03.01 初始化配置文件Step-03.02 初始化WSIStep-03.03 分割细节解读获取描边和空洞 前言 接着上一篇文章：（CNS复现）CLAM——Chapter_00 这一部分主要是针对数据预处理的了解 create_patches_fp.py 中获取 mask 的方法和具体流程 Step-
Clam Real-time-开源
05-31
这个文件通常包含了编译好的可执行文件和其他运行所需的支持文件，用户可以直接安装和使用，而无需自行编译源代码。安装这个二进制包通常包括安装驱动程序、配置文件以及可能的更新工具，以便用户在Windows系统上...
Clam Sentinel-开源
05-29
Clam sentinel 是一种检测文件系统更改并自动扫描使用 ClamWin 添加或修改的文件的程序。 需要安装 ClamWin。 适用于 Microsoft Windows 98/98SE/Me/2000/XP/Vista、Windows 7 和 Windows 8.1。
纯小白为了实现Camelyon16 数据集的分割和特征提取（基于CLAM的代码和AutoDL服务器）所走的弯路
Hans_Y的博客
05-18 2108
此贴纯纯记录一下小半个月来的时间里为了复现 CLAM 走的弯路和心路历程。
一篇论文复现的整体思路和复现记录(三，基础实现篇)
qq_44493315的博客
05-10 839
工欲善其事，必先利其器，要写出好的MATLAB代码，先从最基础的代码开始做起。
关于执行CLAM的代码的一些需要记录的点
weixin_38787389的博客
05-07 576
然后直接import openslide会报错没有ddl，也就是没有链接。首先创建项目和虚拟环境，然后执行。
CLAM——论文笔记
weixin_41693877的博客
05-30 7131
最近看了一篇有关多示例学习的paper，题目为Data Efficient and Weakly Supervised Computational Pathologyon Whole Slide Images，对里面提出的模型比较感兴趣，特此做一下笔记。 github地址：https://github.com/mahmoodlab/CLAM paper地址：https://arxiv.org/abs/2004.09666 笔记 这篇paper提出了一个Clustering-constrained Atten
【机器学习】从零开始理解深度学习——揭开神经网络的神秘面纱
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擅长将自己的感受、想法、知识通俗地表达出来，会点前后端开发、自动化测试、性能测试、爬虫。将来可能学硬件、AI。但一定会写实用的脚本。
09-06 2798
深度学习是机器学习的一个重要分支，通过多层神经网络处理复杂数据，广泛应用于图像识别、自然语言处理等领域。我们将在这篇文章中揭开深度学习和神经网络的神秘面纱。
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"ClamAV" 是一个开源的病毒扫描引擎，它主要用于检测恶意软件（如病毒、木马、间谍软件）在文件和电子邮件附件中的存在。"clamd" 是 ClamAV 的实时守护进程，用于在文件系统中进行自动扫描以预防潜在威胁。而 ...
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