2023年教程汇总 | 《小杜的生信笔记》

2023年总结

2023年即将结束，我们即将迎来2024年。2023年，我们做了什么呢？？这个是个值得深思的问题…?

12月份是个快乐且痛苦时间节点。前一段时间，单位需要提交2023年工作总结，真的是憋了好久才可以下笔，但下笔后一直在沉思，再回想自己2023年到底做了什么呢？杂事做了很多，但没有成果。害！这就难办了，我们平时在开会时，你口述可以说，我做了这样，做了那样…等等。但是，在写工作总结时，可不能这样写，老板、领导可不会看你写的这些废话文学。以及工作后，自己工作总结可是需要存档的，可不能大意！

最后，憋来憋去将工作总结憋出来，真的很痛苦呀，比你写论文还痛苦。友友们，你们可遇到这样的情况呢？

但是，有些人有成果，这可就好写了，写的可牛叉了，给我听得心里痒痒的，心想：LZ明年必须申报上XXXX项目，发表N篇SCI文章，授权N个发明专利，等等。

哈哈哈哈，这样的工作激情真的是一瞬即逝…(PS：不需要过N年，不需要过N月，不需要过N天，开会结束你就没得了…)。

说笑了噶！友友们，工作还是要做的，毕竟是要靠工作存活的。

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原文链接：2023年教程汇总 | 《小杜的生信笔记》

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一、R语言绘图教程篇

1. 使用OmicCircos包–绘制基因圈图
   
2. 跟着iMeta学作图 | 棒棒图和显著相关性散点图
   
3. R语言绘制多组分类散点图
   
4. 让我看看是谁还不会画Upset图？（转载）
5. 三元相图
   
6. R语言精美图形系列 | 爱心表白图YYDS
   
7. 使用蛋白ID如何进行KEGG和GO富集分析
   
8. 使用蛋白ID如何进行KEGG和GO富集分析
   
9. 跟着NC学作图 | TCGA VS EMT500数据集评分比较
   
10. 跟着NC学作图 | 差异比较小提琴+柱状组合图
    
11. 多组小提琴柱状组合图绘制
    
12. 跟着NC学作图 | 横向柱状图
    
13. 柱状图新画法 （环状柱状图）
    
14. 使用circlize包绘制和弦图
    
15. 跟着PNAS学作图 | 提供全文数据和代码
    
16. iqtree+ggtree绘制进化树教程
    
17. 作物基因表达谱构建
    
18. 小提琴图+Tufte箱形图+折线图的绘制教程
    
19. Seqlogo图绘制
    
20. 共线性分析 | Advance Circos图绘制
    
21. R语言精美图形绘制系列 | 箱线图绘制
    
22. R语言精美图形绘制系列 | 云雨图
    
23. 热图绘制篇 | 高颜值热图总汇
    
24. R语言绘制相关性拟合图
    
25. ComplexHeatmap绘制Pathway热图
    
26. 气泡图绘制教程
    
27. R语言学习推荐网站
    
28. 转录组综合分析包TomicsVis
    
29. 绘制Circos基因圈图
    
30. 如何为热图添加行/列分类注释色块？（转载）
    
31. KM生存分析
    
32. 绘制世界地图or中国地图
    
33. 批次效应分析
    
34. 跟着NC学作图 | 使用python绘制折线图
    
35. 使用R语言绘制折线图
    
36. 折线图指定位置标记
    
37. 折线图形状更改 | 绘制动态折线图
    
38. “相关性热图”的R代码/决策链可视化：显著性与系数展示
    
39. 顺式元件热图+柱状图
    
40. 气泡图绘制教程
    
41. 折线图geom_line()参数选项
    
42. 基于R绘制网络图（转载）
    
43. 跟着Nature Plant学图形颜色搭配 | caecopal包
    
44. Mental相关性网路图 | 环形网路图 | 二分式网路图
    
45. 模式植物GO背景基因集制作
    
46. KEGG通路图绘制 | ggpathway包
    
47. 相关性网络图 | 热图中添加显著性
    
48. 模式植物KEGG注释 | 背景文件制作 | 富集分析
    
49. [散点图-线性回归相关性图] 绘制教程
    
50. R语言绘制精美图形 | 火山图 | 学习笔记
    
51. 各类差异基因火山图汇总 | 学习笔记
    
52. 如何绘制植物组织特异性热图？
    
53. Volcano3D绘制3D火山图
    
54. aPEAR包绘制功能富集网络图
    
55. Cytoscape软件下载、安装、插件学习[基础教程]
    
56. R语言绘制截断图
    
57. GitHub中教程资源 | 共21个图形绘制教程

二、最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）

1. WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码一
2. WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码二
3. WGCNA分析 | 全流程代码分享 | 代码三
4. WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码四
5. WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码五(最新版本)

三、组学分享篇

1. 小牛试刀 | 腾讯课堂开通
2. RNA-seq Work Flow
3. Mol Plant | WGDI：用于基因组复制和核型进化分析的工具包
4. 小白学生信 | 转录组上游分析教程
5. 使用Hmmer寻找同源基因
6. 基于TBtools做基因家族分析 | 生信部分
7. 泛基因组（Pan-genome）
8. 转录组综合分析包TomicsVis
9. 转录组下游分析 | 懒人分析推荐
10. 批次效应分析
11. 高分顶刊文章复现(IF:24.5)：机器学习找标志物
12. TaxonKit: 小巧、高效、实用的NCBI分类学数据命令行工具集
13. 数据归一化或标准化，你了解多少？
14. 2023年《生信知识库》订阅网址及订阅步骤
15. Cytoscape软件下载、安装、插件学习[基础教程]
16. 跟着Nature Communications学习Hisat-Trinity-PASA等分析流程
17. 一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie
18. 转录组无参比对教程 | Trinity
19. 转录组上游分析教程[零基础]-共15个教程，可获得全部资料
    

四、知识技巧篇

1. R语言中图片输出为PPTX格式
2. 2023年度国家自然科学基金项目申请
3. 《R for Data Science》书籍资料分享
4. R for Data Science学习笔记01 | What you will Learn
5. windows无法访问github（转载）
6. 无法访问 Github ？ Github 访问速度很慢？（转载）
7. 听说你服务器上无法访问github？或者很慢？（转载）
8. 好package推荐 | ggplate 优雅的可视化 culture plates（转载）
9. ChatGPT真是“无所不能” | 关于“AI写作”的深思
10. 13分钟了解chatGPT | 从注册到使用
11. 如何在ChatGPT中优雅提问 | 生物信息学基础

视频教程：ChatGPT | 从注册到使用-01 如何在ChatGPT中优雅提问-02

12. GWAS分析教程 | 一篇教程可以发3区SCI
13. CNCB数据库数据上传教程
14. 干货分享 | 高通量测序原始数据上传教程
15. Nature Genetic | 番茄超级泛基因组的多样性和结构变异
16. 第一节 泛基因组（Pan-geneome）是什么?
17. 基于TBtools做基因家族分析 | 生信部分
18. 如何绘制好看的“组合”对称条形图？（转载）
19. 泛基因组（Pan-genome）
20. 2023年最新影响因子（收藏版）
21. 植物学中常用的数据库 | 通用数据库
22. 植物学中常用的数据库 | 拟南芥
23. 植物学中常用的数据库 | 水稻
24. R数据导入，你知道多少…?
25. 批次效应分析
26. 高分顶刊文章复现(IF:24.5)：机器学习找标志物
27. TaxonKit: 小巧、高效、实用的NCBI分类学数据命令行工具集
28. 数据归一化或标准化，你了解多少？
29. Cytoscape软件下载、安装、插件学习[基础教程]
30. 有用|详细|动手吧！| 这个40M的小工具助你在windows下处理数据如虎添翼！（转载）
31. Plant Molecular Biology[IF:5.1]|西瓜和葫芦嫁接揭示果实大小、果皮韧性和可溶性固形物增加的分子机制
32. 群辉中使用Hyper Backup备份数据及套件教程
33. Linux服务器中tar多线程压缩/解压文件

五、复现SCI文章系列教程篇

1. 订阅《复现SCI文章系列教程》须知
2. 文章复现一(IF 7.3)：文章讨论与文章分析套路讲解
3. 2.1 材料与方法（IF 7.3）
4. 2.2 数据集下载 (IF 7.3)
5. 2.3 数据去重和标准化(附送去批次效应)
6. 2.4 差异分析
7. 2.5 加权基因共表达分析(WGCNA)
8. 2.6 PPI网络分析
9. 2.7 GO和KEGG富集分析
   

六、ComplexHeatmap热图专栏

1. 1.1 基础热图绘制
2. 2 热图基本参数设置
3. 3 使用K-means对热图进行分割
4. 5 热图的注释
5. 6. 3D热图绘制教程
   

七、Q & A

1. R语言中如何更改R包安装路径
2. 2023年最新影响因子（收藏版）
3. R语言无法调用stats.dll的问题解决方案
4. conda安装软件库文件缺失解决方案
5. 群辉中使用Hyper Backup备份数据及套件教程

八、生活闲聊篇

1. 你的生活还是“你的生活”吗？
2. 一位博士生的返乡笔记：近年情更怯，春节回家看什么（转载）
3. 闲聊 | 对春节的“反思”！！
4. 关于ChatGPT是否是“无敌”的存在的讨论 | 看看各生信大神怎么说
5. WGCNA分析 | 你的数据结果真的是准确的吗？？
6. 途！
7. 知乎中一个教程创建半年被收藏1700多次
8. 是内容的问题，还是大家比较喜欢“八卦”呢？
9. “风越大，鱼越贵？” | 国家自然科学基金2023年查处的不端行为案件处理结果通报（第一批次）
10. 花!
11. 基因家族分析教程
12. 当画图时，使用自己前面发的教程是一种什么样的感受…
13. 随笔 | 生活中的矛与盾
14. 时隔一双手的高考分数线……（10W+阅读量）
15. 2023年各省高考录取分数控制线（10W+阅读量）
16. 2023年各省高考录取分数控制线（20个省）
17. 2023年最新影响因子（收藏版）
18. 随笔 | 杂事杂谈
19. 2023年国基你上了没？放榜预测……
20. 你已被移除群或删除
21. 什么是“核污水”和“核废水” | 一切行为都是自欺欺人
22. 大脑CPU快烧了
23. 看这土是真“土”
24. 破天荒呀！小杜微信有名额了
25. “小杜的生信笔记”入群申明
26. [随笔] 对生命保持敬畏之心！
27. 中 秋 快 乐 ！
28. 码农利用“科学”上网“挣外快”，没收百万收入
29. 年底了！年度任务完成度如何呢？我想可能用得到了！
30. 我们永远不要做免费的事情，很掉价……！
31. 2023年国家自然科学基金项目存在学术不端公告，共涉及31个项目32人次
32. 8种网络协议
33. 2024年度国家自然科学基金改革举措 | 对于我这样的“科研渣渣”得速看

原文链接：2023年教程汇总 | 《小杜的生信笔记》

小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!