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R语言精美图形绘制教程
文章平均质量分 84
小杜的生信筆記
“小杜的生信筆記”,主要发表生物信息学的教程和基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等)。
相关教程资料可以到公众号中获得!!!
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比mamba都快4倍的生信软件安装工具 | Pixi
今天中午看到通哥分享的教程,conda转圈圈,为何不试试pixi,Pixi是第一次了解。但是,通过他们的介绍,确实牛X,速度是conda的10倍以上,mamba的4倍。对于自己而言,自从使用了mamba以后,基本不会在使用conda安装软件。conda很多时候,速度让我劝退了。Pixi确实有这么牛X?那么就实际操作一下吧。原创 2024-07-04 16:52:34 · 289 阅读 · 0 评论 -
柱状图中显示显著性和数值
基于ggplot绘制柱状图,小技巧,很基础的图形。但是,越到后面,会发现,越是基础的图形,我们使用的频率越高。今天的教程是基于发芽指数来绘制,我们模拟一个发芽数和天数,计算出发芽指数。原创 2024-06-28 20:28:04 · 862 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 使用ggplot绘制柱状图,在柱子中显示数值和显著性
基于ggplot绘制柱状图,小技巧,很基础的图形。但是,越到后面,会发现,越是基础的图形,我们使用的频率越高。今天的教程是基于发芽指数来绘制,我们模拟一个发芽数和天数,计算出发芽指数。,主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!(PS:在社群中,可获得往期和未来教程所有数据和代码)(PS:在社群中,可获得往期和未来教程所有数据和代码)若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-06-28 20:25:47 · 642 阅读 · 0 评论 -
带P值的相关性热图绘制教程
热图,相关性热图,带p值的相关性热图绘制教程原创 2024-06-24 21:55:41 · 681 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 带P值的相关性热图绘制教程
相关性热图,带P值的相关性热图绘制教程原创 2024-06-24 21:52:28 · 729 阅读 · 0 评论 -
发表在Nature期刊中的全部代码,免费分享
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);凡是在社群同学,可免费获得自2021年11月份至今全部教程,教程配备示例数据和相关代码,我们会持续更新中。这是一篇发表在Nature期刊中的文章,作者提供了原始的数据和代码,我们可以直接使用。获得本教程代码和数据,后台回复关键词:20240612。,自2021年11月开始做的知识分享,主要内容是。本期获得教程代码和数据关键词:20240619。本期获得教程代码和数据关键词:20240619。,这是对我们最大的支持。原创 2024-06-19 22:53:34 · 378 阅读 · 0 评论 -
代码-Nature期刊全部分析代码分享,自己可以直接使用,包含转录、代谢和蛋白组
Nature绘图全部代码原创 2024-06-19 22:47:47 · 340 阅读 · 0 评论 -
多组差异柱状图
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!凡是在社群同学,可免费获得自2021年11月份至今全部教程,教程配备示例数据和相关代码,我们会持续更新中。,自2021年11月开始做的知识分享,主要内容是。若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-06-16 21:39:51 · 387 阅读 · 0 评论 -
柱状图显著性标记
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!凡是在社群同学,可免费获得自2021年11月份至今全部教程,教程配备事例数据和相关代码,我们会持续更新中。获得本期教程代码和数据,在后台绘图关键词:20240605。获得本期教程代码和数据,在后台绘图关键词:20240605。,自2021年11月开始做的知识分享,主要内容是。若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-06-08 17:07:19 · 941 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 使用最简单方法添加显著性ggpubr包
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!凡是在社群同学,可免费获得自2021年11月份至今全部教程,教程配备事例数据和相关代码,我们会持续更新中。获得本期教程代码和数据,在后台绘图关键词:20240605。获得本期教程代码和数据,在后台绘图关键词:20240605。,自2021年11月开始做的知识分享,主要内容是。若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-06-08 17:04:51 · 667 阅读 · 0 评论 -
双Y轴截断图绘制教程
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!凡事在社群同学,可免费获得自2021年11月份至今全部教程,教程配备事例数据和相关代码,我们会持续更新中。本期教程,我们提供的原文的译文,若有需求请回复关键词:20240529。,自2021年11月开始做的知识分享,主要内容是。若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-05-30 10:08:46 · 318 阅读 · 0 评论 -
hdWGCNA | 单细胞(scRNA)和空间转录组共表达网络分析
使用k-Nearest Neighbors(KNN)算法来识别需要聚合的相似细胞群,然后计算这些细胞的平均或总和表达量,从而得到元细胞基因表达矩阵。值得注意的是,由于我们将hdWGCNA 视为下游数据分析步骤,因此不支持在运行 SetupForWGCNA 之后对 Seurat 对象进行子集化。相关性被提升到一个幂次,以减少相关性矩阵中存在的噪声,从而保留强连接,去除弱连接。绘制按细胞类型着色的 UMAP 图,以检查我们是否正确加载了数据,并确保我们已将细胞归入细胞群和细胞类型。,这是对我们最大的支持。原创 2024-05-21 08:41:09 · 1567 阅读 · 0 评论 -
R语言绘制差异基因散点图
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!凡事在社群同学,可免费获得自2021年11月份至今全部教程,教程配备事例数据和相关代码,我们会持续更新中。,自2021年11月开始做的知识分享,主要内容是。创建data.frame数据矩阵。若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-05-14 11:31:45 · 601 阅读 · 0 评论 -
差异基因散点图绘制教程
差异基因散点图原创 2024-05-14 11:26:48 · 447 阅读 · 0 评论 -
K-means聚类分析 | 趋势图绘制
趋势图在组学中是常见的图形,尤其是多组学分析中。趋势图的绘制教程相对也比较多,以及使用的分析R包也相对比较多,功能也也比较强大。我们在做关联分析后(相关性分析),获得单独的数据集,再用其绘制趋势图,如何绘制呢?原创 2024-05-07 08:12:27 · 1214 阅读 · 0 评论 -
基于R语言绘图 | 转录代谢趋势图绘制教程
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);凡事在社群同学,可免费获得自2021年11月份至今全部教程,教程配备事例数据和相关代码,我们会持续更新中。我们在做关联分析后(相关性分析),获得单独的数据集,再用其绘制趋势图,如何绘制呢?趋势图的绘制教程相对也比较多,以及使用的分析R包也相对比较多,功能也也比较强大。,自2021年11月开始做的知识分享,主要内容是。趋势图在组学中是常见的图形,尤其是多组学分析中。图形其余美化,结合自己的需求进行调整即可。原创 2024-05-07 08:08:10 · 520 阅读 · 0 评论 -
一个代码搞定显著差异柱状图和箱线图 | R语言绘图
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!凡事在社群同学,可免费获得自2021年11月份至今全部教程,教程配备事例数据和相关代码,我们会持续更新中。,自2021年11月开始做的知识分享,主要内容是。原创 2024-04-30 16:01:13 · 981 阅读 · 0 评论 -
截断堆积柱状图
堆积柱状图是柱状图的常见类型之一,也是平时使用概率较高的图形之一。我们前期发布了很多个柱状图的绘制教程,若你刚兴趣可以自行查看。堆积柱状图,最近也发布了一个相对详细的教程,基于R语言 | 绘制个性化堆积柱状图。对于截断图的绘制,也是相对比较简单,因为我们柱状图和堆积柱状图都是基于ggplot2绘制。因此,基本全部的代码都是可以通用。我们次教程,也是基于前期的教程进行修改即可。原创 2024-04-22 16:56:23 · 409 阅读 · 0 评论 -
截断堆积柱状图绘制教程
堆积柱状图是柱状图的常见类型之一,也是平时使用概率较高的图形之一。我们前期发布了很多个柱状图的绘制教程,若你刚兴趣可以自行查看。堆积柱状图,最近也发布了一个相对详细的教程,基于R语言 | 绘制个性化堆积柱状图。对于截断图的绘制,也是相对比较简单,因为我们柱状图和堆积柱状图都是基于ggplot2绘制。因此,基本全部的代码都是可以通用。我们次教程,也是基于前期的教程进行修改即可。原创 2024-04-22 16:53:46 · 576 阅读 · 0 评论 -
基于R语言绘制-散点小提琴图
本期的图形来自发表在Nature期刊中的文章,这样的基础图形在日常分析中使用频率较高。20240405。原创 2024-04-05 20:49:41 · 746 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图 | 散点小提琴图
主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!本期的图形来自发表在Nature期刊中的文章,这样的基础图形在日常分析中使用频率较高。若我们的分享对你有用,希望您可以。,这是对小杜最大的支持。照葫芦画瓢-绘制箱线图。原创 2024-04-05 20:46:38 · 1075 阅读 · 0 评论 -
R语言,数据类型转换
今天是4月份的第一天,再过2天后再一次迎来清明小假期。木鸡大家是否正常放假呢?我们在使用R语言做数据分析时,会一直对数据进行不同类型的转换,有时候会被自己弄晕掉,那么就只能一次一次的去解决,去寻找,去学习相关的知识点。虽然,目前很多的云平台都能全自动化的给你绘图,很方便,但是自己依旧喜欢自己使用R来画,这个过程可能会花费很多的时间,但是自己在使用后会有一定的收获,至少让自己的大脑得以运转。这个大脑长时间不用,当你使用时会很迟钝,木鸡大家是否有类似的情况。原创 2024-04-01 20:03:55 · 1227 阅读 · 0 评论 -
R语言技能 | 不同数据类型的转换
虽然,目前很多的云平台都能全自动化的给你绘图,很方便,但是自己依旧喜欢自己使用R来画,这个过程可能会花费很多的时间,但是自己在使用后会有一定的收获,至少让自己的大脑得以运转。我们在使用R语言做数据分析时,会一直对数据进行不同类型的转换,有时候会被自己弄晕掉,那么就只能一次一次的去解决,去寻找,去学习相关的知识点。,主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!,木鸡大家是否有类似的情况。,这是对小杜最大的支持。数值向量转换为字符向量。原创 2024-04-01 20:01:25 · 747 阅读 · 0 评论 -
使用ggplot2绘制带星号的热图
主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!若我们的分享对你有用,希望您可以。,这是对小杜最大的支持。原创 2024-03-25 14:59:41 · 417 阅读 · 0 评论 -
使用ggplot2绘制带星号“*“的热图
主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!若我们的分享对你有用,希望您可以。,这是对小杜最大的支持。设置主题,及字体调整。原创 2024-03-25 14:56:36 · 604 阅读 · 0 评论 -
R语言图形绘制 | 桑基图绘制教程
在昨天3月10日,我们在知乎B站等分享了功能富集桑基气泡图的绘制教程。NC|高颜值功能富集桑基气泡图桑基气泡组合图。确实,目前这个图在文章中出现的频率相对比较少,但是可能随着的代码的开放,此图会别大家玩出新花样,功能富集图可能会有不同的可视化方式,若你有好的想法,也可以在自己想到后进行实现,你可能成为此图的开山鼻祖。做生物信息的,对图形的要求是比较高的,因此,需要不断的创新,不断的调整,不断的失败,更重要的是需要不断的思考。因此,我们每天学习一点点,也就是一种进步;每天整理一下笔记,也算是一种总结。原创 2024-03-11 20:27:04 · 942 阅读 · 0 评论 -
R语言绘制桑基图教程
在昨天3月10日,我们在知乎B站等分享了功能富集桑基气泡图的绘制教程。NC|高颜值功能富集桑基气泡图桑基气泡组合图。确实,目前这个图在文章中出现的频率相对比较少,但是可能随着的代码的开放,此图会别大家玩出新花样,功能富集图可能会有不同的可视化方式,若你有好的想法,也可以在自己想到后进行实现,你可能成为此图的开山鼻祖。做生物信息的,对图形的要求是比较高的,因此,需要不断的创新,不断的调整,不断的失败,更重要的是需要不断的思考。因此,我们每天学习一点点,也就是一种进步;每天整理一下笔记,也算是一种总结。原创 2024-03-11 20:23:40 · 1245 阅读 · 0 评论 -
让ChatGPT给你写代码????
对于ChatGPT从我们“惊讶”到现在已经快一年多了,但是,对于个人来说,使用还是比较少的。更确切的来说,也许有些同学是没有使用过。ChatGPT功能确实比较强大,但对于我们使用者来说,可能感觉自己使用时候并没有有直观的感受到他“所谓的强大”。对于个人来说,对于ChatGPT只是用来“搜索引擎”一样的功能。有时候,自己不会的内容,也会让它来搜索。那么用ChatGPT来写绘图代码,或是分析代码可以吗??仁者见仁智者见智。原创 2024-03-03 19:00:34 · 689 阅读 · 0 评论 -
功能富集分析 | GO| KEGG
我们《复现SCI文章系列教程》专栏现在是免费开放,推出这个专栏差不多半年的时间,但是由于个人的精力和时间有限,只更新了一部分。后续的更新太慢了。因此,最终考虑后还是免费开放吧,反正不是什么那么神秘的东西。原本就是一个套路的文章,此外,这篇文章也相对比较简单。在此章节以前,还有一个WGCNA的分析,你若需要可以看**WGCNA分析 | 全流程分析代码**SCI文章复现 | GEO文章套路,数据下载和批次效应处理差异分析和PPI网路图绘制教程在前的教程中,我们已经获得差异基因(2.4 差异分析。原创 2024-02-26 20:44:44 · 455 阅读 · 0 评论 -
功能富集分析 | GO| KEGG
我们《复现SCI文章系列教程》专栏现在是免费开放,推出这个专栏差不多半年的时间,但是由于个人的精力和时间有限,只更新了一部分。后续的更新太慢了。因此,最终考虑后还是免费开放吧,反正不是什么那么神秘的东西。原本就是一个套路的文章,此外,这篇文章也相对比较简单。在此章节以前,还有一个WGCNA的分析,你若需要可以看**WGCNA分析 | 全流程分析代码**SCI文章复现 | GEO文章套路,数据下载和批次效应处理差异分析和PPI网路图绘制教程在前的教程中,我们已经获得差异基因(2.4 差异分析。原创 2024-02-19 17:09:25 · 1289 阅读 · 0 评论 -
GO和KEGG富集分析
我们《复现SCI文章系列教程》专栏现在是免费开放,推出这个专栏差不多半年的时间,但是由于个人的精力和时间有限,只更新了一部分。自己认为,我们原始获得数据,已经是进行标准化后的数据了,应该是作者上传时就已经处理过。根据文章分析流程,将DEGs和WGNCA分析获得的结果去交集,获得的交集基因进行后续分析。我们在自己做分析时,或在写论文时,其实这些参数可以写进论文中,对读者是比较友好的。在差异分析中,我们获得600多个DEGs,在WGCNA分析中,与纤维化相关的模块为。不知道,能力有限的原因?原创 2024-02-19 17:07:07 · 1183 阅读 · 0 评论 -
差异表达分析和PPI网络图构建
在原文中,作者获得285个DEG,在此推文中共获得601个DEG。小杜的猜想是标准化的水段不同的原因吧,或是其他的原因。此外,惊奇的发现发表医学类的文章在附件中都不提供相关的信息文件,如DEG数据、GO、KEGG富集信息,或是其他相关的文件。唉!!!难道是怕别人复现结果不一致?仅仅提供对读者不关心的文件信息,我们猜想,这是不是期刊要求必须有附件,所以才产生两个文件呢????20240218若我们的分享对你有用,希望您可以,这是对小杜最大的支持。原创 2024-02-18 16:59:23 · 846 阅读 · 0 评论 -
文章复现 | 差异分析和PPI网络构建
小杜的猜想是标准化的水段不同的原因吧,或是其他的原因。此外,惊奇的发现发表医学类的文章在附件中都不提供相关的信息文件,如DEG数据、GO、KEGG富集信息,或是其他相关的文件。,主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);对下载的数据集进行分析可获得,前175列数据作为处理组,后99列数据作为对照组。作者这里就只是简单的分类而已,若细致的分,这里有些数据是可以不被使用的。绘制热图此方法仅是其中一种,大家可以使用前期的教程进行绘制更精美的图形。原创 2024-02-18 16:49:14 · 973 阅读 · 0 评论 -
GEO文章套路,数据下载和批次效应处理
近年来,世界范围内肾纤维化的发病率不断上升,极大地增加了社会负担。然而,该疾病的诊断和治疗工具不足,因此需要筛选潜在的生物标志物来预测肾纤维化。「Methods:」利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO),我们获得了来自肾纤维化患者和健康个体的两个基因阵列数据集(GSE76882和GSE22459)。我们鉴定了肾纤维化和正常组织之间的差异表达基因(DEGs),并使用机器学习分析了可能的诊断生物标志物。原创 2024-02-17 15:21:59 · 1665 阅读 · 0 评论 -
SCI文章复现 | GEO文章套路,数据下载和批次效应处理
近年来,世界范围内肾纤维化的发病率不断上升,极大地增加了社会负担。然而,该疾病的诊断和治疗工具不足,因此需要筛选潜在的生物标志物来预测肾纤维化。「Methods:」利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO),我们获得了来自肾纤维化患者和健康个体的两个基因阵列数据集(GSE76882和GSE22459)。我们鉴定了肾纤维化和正常组织之间的差异表达基因(DEGs),并使用机器学习分析了可能的诊断生物标志物。原创 2024-02-17 15:20:50 · 1812 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图教程 | 双侧条形图绘制教程
双侧条形图在我们的文章中也是比较常见的,那么这样的图形是如何绘制的呢?以及它使用的数据类型是什么呢?这些都是我们在绘制图形前需要掌握的,至少我们知道绘图的数据集如何准备,这样才踏出第一步。今天的教程,我们会从数据的准备,以及数据如何整理,以及结合自己的绘图过程中遇到问题是如何解决来进行讲解。PS:仅代表个人的观点,以及自己遇到此问题时自己的方法来进行说明。也许,这个并不会死唯一且最好的方法,大家在绘图中请结合自己的能力和方法。原创 2024-02-05 23:15:39 · 1922 阅读 · 0 评论 -
双侧条形图绘制教程
在这里我们发现,我们有很多个富集通路,但是我们绘图的时候需要这么多吗?这里我们使用已经整理好的数据进行绘图,我们使用Execl进行整理数据。到这里我们也就可以使用以上的代码进行分析了,你可以使用P值或是LogFC进行绘制,我们论文中一般使用的是P值进行绘制图图形。今天的教程,我们会从数据的准备,以及数据如何整理,以及结合自己的绘图过程中遇到问题是如何解决来进行讲解。这些都是我们在绘制图形前需要掌握的,至少我们知道绘图的数据集如何准备,这样才。筛选出的作图的数据,这里我们的直接使用。,这是对小杜最大的支持。原创 2024-02-05 23:13:20 · 753 阅读 · 0 评论 -
一文掌握单基因GSEA富集分析
关于GSEA分析,我们在前期的教程单基因GSEA富集分析 | 20220404有出过类似的分享。今天,我们也结合相关的资源整理出一篇关于GSEA的教程及出图教程。每个方法的教程很多,我们大家结合自己的需求进行分析即可。以及,对于目前知识分享博主很多,只要你自己动手搜索,基本可以找到你的需求。更新!对于GSEA的教程原计划是在2月2日发表,但是由于有预约被占用了,因此这个教程也就是往后推迟。我在2月1日将我们的教程发在社群中,**也有同学提出疑问:**单基因也可以做GSEA分析,以及给出自己的疑问?原创 2024-02-03 14:04:18 · 1325 阅读 · 0 评论 -
一文掌握单基因GSEA富集分析 | gseaGO and gseaKEGG
给定一个排序的基因表L和一个预先定义的基因集S (比如编码某个代谢通路的产物的基因, 基因组上物理位置相近的基因,或同一GO注释下的基因),GSEA的目的是判断S里面的成员s在L里面是随机分布还是主要聚集在L的顶部或底部。这些基因排序的依据是其在不同表型状态下的表达差异,若研究的基因集S的成员显著聚集在L的顶部或底部,则说明此基因集成员对表型的差异有贡献,也是我们关注的基因集。GSEA用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势,从而判断其对表型的贡献。其输入数据包含两部分,原创 2024-02-03 14:01:44 · 4463 阅读 · 2 评论 -
R包免费分享 | 你还为下载R包烦恼吗??
在上周,我们在社群讨论。安装R包是个玄学”有时候真的很奇怪,在自己的电脑上就是无法安装,但是在其他电脑都可以正常安装…,不是感到很无语????没有办法,类似的问题,我个人认为不止只有那么几个人遇到,可能所有人都有遇到。当我们遇到这样的问题时,你是如何解决的的呢???一是换网络继续安装(PS:可能无济于事,因为类似这样的问题,网络只是很小的问题);二是从其他电脑中拷贝安装包过来(PS:这个可能是一个不错的办法,但是前提是你手中有其余的电脑,以及可以正常安装);三是关机大法(PS:可能有用,可能无效)。原创 2024-01-21 16:40:56 · 784 阅读 · 0 评论