R语言精美图形绘制教程
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小杜的生信筆記
“小杜的生信筆記”,主要发表生物信息学的教程和基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等)。
相关教程资料可以到公众号中获得!!!
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简单的棒棒图绘制教程
表棒棒图绘制教程,基于R 语言原创 2024-09-02 22:33:38 · 178 阅读 · 0 评论 -
GO、KEGG等富集棒棒图
棒棒图绘制教程原创 2024-09-02 22:32:36 · 280 阅读 · 0 评论 -
多个数据的维恩图的绘制教程
对于维恩图的绘制教程,我们在前面分享过基于R语言绘制VennPlot图 | 可以绘制大于等于7个类别的码。但是,随着使用的R包的升级,我们绘制的维恩图会出现不显示数值的情况。因此,这个教程的码,若是不做修改的话,就不能使用。维恩图是我们日常分析中常用到的图形,使用的频率非常高(包括自己)。因此,我们今天再分享一篇制作维恩图的教程。此教程使用的R包也是很简单,内容非常丰富。原创 2024-09-01 20:46:45 · 958 阅读 · 0 评论 -
维恩图绘制教程
维恩图绘制教程原创 2024-09-01 20:42:16 · 1184 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 还在为绘制多个数据的维恩图而烦恼吗?
维恩图绘制教程原创 2024-09-01 20:39:31 · 666 阅读 · 0 评论 -
8月图形更新总汇
8月份,我们一共更新了16个教程,上半个月文本教程相对占的比例较高(PS:这段时间在捣鼓这些内容),下旬时间绘图教程分享的比例较高。有些属于个人随笔的推文,我们的就没有统计上去,自己在本地也没有保存这些文档。,主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-09-01 20:36:29 · 507 阅读 · 0 评论 -
2024年8月份更新教程汇总
8月份,我们一共更新了16个教程,上半个月文本教程相对占的比例较高(PS:这段时间在捣鼓这些内容),下旬时间绘图教程分享的比例较高。有些属于个人随笔的推文,我们的就没有统计上去,自己在本地也没有保存这些文档。,主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-09-01 20:32:57 · 706 阅读 · 0 评论 -
如何实现多线程快速拆分将SRA文件解压到FQ文件
下载组学数据一般为SRA文件格式,需要将其拆分为FQ文件格式,常用的工具是NCBI中的fastq-dump软件进行拆分。,主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);由于微信改版,一直有同学反映。:若你有好的教程或想法,可添加小杜个人微信。软件只能使用单线程运行,速度非常慢。工具,实现多线程运行,提供工作效率。,但支持小问题2-3个免费咨询。欢迎关注《小杜的生信笔记》!若我们的教程对你有所帮助,请。,不错过每一条推文教程。,这是对我们最大的支持。下载后解压,操作上同。原创 2024-08-23 21:38:37 · 351 阅读 · 0 评论 -
知识星球开通了 | 更好的学习交流
誰能经得住几个3年,3年可以硕士毕业;3年可以从硕到博;3年可以让你从一个刚出炉的“小白”到身经百战的“大You”;3年可以生个小孩,小孩也快2岁了,也可是3岁;3年真的可以做很多事。但,3年,在我们这里最大的看点就是文章内容变多了。原创 2024-08-21 14:16:58 · 872 阅读 · 0 评论 -
关于我的生信笔记开通《知识星球》
从很早关注我的同学应该了解小杜的知识分享历程,小杜是从2021年11月底开始进入此“坑”,一直坚持到现在,马上3年了(24年11月底到期)。自己也从一个小青年,变成一个大青年。也许后面,会一直更新下去,但是也许我某一天突然间就停止。誰能经得住几个3年,3年可以硕士毕业;3年可以从硕到博;3年可以让你从一个刚出炉的“小白”到身经百战的“大You”;3年可以生个小孩,小孩也快2岁了,也可是3岁;3年真的可以做很多事。但,3年,在我们这里最大的看点就是文章内容变多了。原创 2024-08-21 14:12:46 · 1020 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图系列专栏 | 更新中
关于**《R语言绘图专栏》**,此专栏基于R语言绘制图形。每个图形我们会提供对应的R代码数据和文本文档。此系列将会是一个长期更新的系列。本系列教程,我们计划发表及收录使用R语言绘制。这是个长期的过程,计划花费3-4个的时间完成。原创 2024-08-21 10:16:59 · 565 阅读 · 0 评论 -
关于《R语言绘图专栏》
关于**《R语言绘图专栏》**,此专栏基于R语言绘制图形。每个图形我们会提供对应的R代码数据和文本文档。此系列将会是一个长期更新的系列。本系列教程,我们计划发表及收录使用R语言绘制。这是个长期的过程,计划花费3-4个的时间完成。原创 2024-08-21 10:12:29 · 387 阅读 · 0 评论 -
全网最全的云雨图绘制教程
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!关于**《R语言绘图专栏》**,此专栏基于。此系列将会是一个长期更新的系列。每个图形我们会提供对应的。将图形进行翻转,使用。原创 2024-08-19 21:38:57 · 369 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图 | 最全的云雨图绘制教程
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!关于**《R语言绘图专栏》**,此专栏基于。此系列将会是一个长期更新的系列。每个图形我们会提供对应的。将图形进行翻转,使用。原创 2024-08-19 21:36:24 · 499 阅读 · 0 评论 -
R语言绘制Upset图
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!关于**《R语言绘图专栏》**,此专栏基于。此系列将会是一个长期更新的系列。每个图形我们会提供对应的。若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-08-15 14:10:47 · 961 阅读 · 2 评论 -
R语言绘制复杂的Upset图教程
R语言绘图,ComplexUpset图绘制教程原创 2024-08-15 14:08:16 · 1021 阅读 · 0 评论 -
ATGC数量柱状图 |Nature
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-08-12 19:55:28 · 422 阅读 · 0 评论 -
R语言绘制 | ATGC数量柱状图
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-08-12 19:50:57 · 427 阅读 · 0 评论 -
我5分钟做了模式植物的GO和KEGG富集分析,并创建了orgDb数据库
我们在前面的教程分享了模式植物构建orgDb数据库 | 以org.Slycompersicum.eg.db为例,这两天也做对应的分析,但是发现前面的代码速度太慢了,以及会出现报错的情况。那么我们也做了对应的优化,可以大大减少花费时间,以及减少我们的报错。现在我们的代码,可以直接读取eggnog分析获得数据,非常的方便。此外,我们在这里依旧推荐大家使用本地的Egg-mapper进行注释,我自己使用下来,非常的快捷。原创 2024-08-12 19:49:11 · 963 阅读 · 0 评论 -
你敢相信,我5分钟做了模式植物的GO和KEGG富集分析,并创建了orgDb数据库
我们的代码可能在运行时候会出现不同的问题,也会出现,在我这里正常运行,而在你那边程序中却报错的情况。虽然网页版的Egg-mapper工具,现在可以支持最多10000条的序列,但是速度依旧是比较慢的。好比,这个教程,我昨天的运行时,也各种报错,内心是发狂的,不知道为什么。自己的代码或教程,在前面分析过程中可以运行,但是现在再去使用时也会报错。,这两天也做对应的分析,但是发现前面的代码速度太慢了,以及会出现报错的情况。那么我们也做了对应的优化,可以大大减少花费时间,以及减少我们的报错。,这是对我们最大的支持。原创 2024-08-12 19:45:33 · 707 阅读 · 0 评论 -
气泡图绘制教程
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!请大家看清楚回复关键词,每天都有很多人回复错误关键词,我这边没时间和精力一一回复。若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-08-10 10:25:58 · 277 阅读 · 0 评论 -
R语言绘制气泡图,并在指定位置添加标识 | Nature
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!由于微信改版,一直有同学反映。存在长时间接收不到公众号的推文。那么请跟随以下步骤,将。请大家看清楚回复关键词,每天都有很多人回复错误关键词,我这边没时间和精力一一回复。:若你有好的教程或想法,可添加小杜个人微信。,但支持小问题2-3个免费咨询。欢迎关注《小杜的生信笔记》!:思来想去、不再成立QQ群。若我们的教程对你有所帮助,请。,不错过每一条推文教程。,这是对我们最大的支持。原创 2024-08-10 10:23:38 · 348 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图总汇
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-08-08 10:42:00 · 293 阅读 · 0 评论 -
生信技能总汇,总有一个技能可以帮助你!
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-08-08 10:38:52 · 1026 阅读 · 0 评论 -
Linux中多线程压缩软件 | Mingz
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!请大家看清楚回复关键词,每天都有很多人回复错误关键词,我这边没时间和精力一一回复。若是你的git无法使用安装,也可以只用源码安装。若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-08-06 14:45:07 · 427 阅读 · 0 评论 -
Nature | 全文open源代码
全文开放了分析代码,提供大家学习。原创 2024-08-05 23:13:54 · 852 阅读 · 0 评论 -
模式植物构建orgDb数据库 | 以org.Slycompersicum.eg.db为例
在我们制作分析是会遇到的问题,随着前面教程推出,也有同学咨询如何制作KEGG背景文件。最开始的目标是,将我们注释文件进行本地打包建库,使用时就会更加的方便。diamond在多于千条序列时才会体现速度优势,少量序列会感觉非常慢,而且结果也没有hmmer的更准确,尤其是对远源注释方面。本教程,我们会提供分布式的步骤教程,大家可以直接跟随教程直接做即可。对于这个问题,每个人分析的环境不同以及资源不同,我们根据自己的环境和资源进行合理调整即可。若手中的有充足资源服务器,可以自己搭建,有利于后续流程的搭建和分析。原创 2024-08-02 20:41:44 · 1132 阅读 · 0 评论 -
环状柱状图+散点柱状组合图
本期的教程代码是基于SCIPainter中的如何绘制Nat Commun同款环状+散点柱形图组合图表?进行调整,大家若是需要可直接进行访问此教程。在原文中,两个图形的组合是使用AI工具进行合图。为了方便大家后期的绘图,我们基于此教程的代码,使用cowplot包进行两个图形的合并。注意:在我们此教程中只是展示部分的绘图代码,详细的教程代码可以访问如何绘制Nat Commun同款环状+散点柱形图组合图表?或是在我们后台绘图关键词,获得全部代码和数据。原创 2024-07-25 16:45:50 · 293 阅读 · 0 评论 -
环状柱状图+散点柱状组合图绘制,基于SCIPainter
获得本期教程文本文档,在后台回复:20240725。请大家看清楚回复关键词,每天都有很多人回复错误关键词,我这边没时间和精力一一回复。原创 2024-07-25 16:43:19 · 507 阅读 · 0 评论 -
比mamba都快4倍的生信软件安装工具 | Pixi
今天中午看到通哥分享的教程,conda转圈圈,为何不试试pixi,Pixi是第一次了解。但是,通过他们的介绍,确实牛X,速度是conda的10倍以上,mamba的4倍。对于自己而言,自从使用了mamba以后,基本不会在使用conda安装软件。conda很多时候,速度让我劝退了。Pixi确实有这么牛X?那么就实际操作一下吧。原创 2024-07-04 16:52:34 · 397 阅读 · 0 评论 -
柱状图中显示显著性和数值
基于ggplot绘制柱状图,小技巧,很基础的图形。但是,越到后面,会发现,越是基础的图形,我们使用的频率越高。今天的教程是基于发芽指数来绘制,我们模拟一个发芽数和天数,计算出发芽指数。原创 2024-06-28 20:28:04 · 979 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 使用ggplot绘制柱状图,在柱子中显示数值和显著性
基于ggplot绘制柱状图,小技巧,很基础的图形。但是,越到后面,会发现,越是基础的图形,我们使用的频率越高。今天的教程是基于发芽指数来绘制,我们模拟一个发芽数和天数,计算出发芽指数。,主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!(PS:在社群中,可获得往期和未来教程所有数据和代码)(PS:在社群中,可获得往期和未来教程所有数据和代码)若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-06-28 20:25:47 · 1140 阅读 · 0 评论 -
带P值的相关性热图绘制教程
热图,相关性热图,带p值的相关性热图绘制教程原创 2024-06-24 21:55:41 · 801 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 带P值的相关性热图绘制教程
相关性热图,带P值的相关性热图绘制教程原创 2024-06-24 21:52:28 · 1557 阅读 · 0 评论 -
发表在Nature期刊中的全部代码,免费分享
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);凡是在社群同学,可免费获得自2021年11月份至今全部教程,教程配备示例数据和相关代码,我们会持续更新中。这是一篇发表在Nature期刊中的文章,作者提供了原始的数据和代码,我们可以直接使用。获得本教程代码和数据,后台回复关键词:20240612。,自2021年11月开始做的知识分享,主要内容是。本期获得教程代码和数据关键词:20240619。本期获得教程代码和数据关键词:20240619。,这是对我们最大的支持。原创 2024-06-19 22:53:34 · 423 阅读 · 0 评论 -
代码-Nature期刊全部分析代码分享,自己可以直接使用,包含转录、代谢和蛋白组
Nature绘图全部代码原创 2024-06-19 22:47:47 · 390 阅读 · 0 评论 -
多组差异柱状图
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!凡是在社群同学,可免费获得自2021年11月份至今全部教程,教程配备示例数据和相关代码,我们会持续更新中。,自2021年11月开始做的知识分享,主要内容是。若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-06-16 21:39:51 · 489 阅读 · 0 评论 -
柱状图显著性标记
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!凡是在社群同学,可免费获得自2021年11月份至今全部教程,教程配备事例数据和相关代码,我们会持续更新中。获得本期教程代码和数据,在后台绘图关键词:20240605。获得本期教程代码和数据,在后台绘图关键词:20240605。,自2021年11月开始做的知识分享,主要内容是。若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-06-08 17:07:19 · 1121 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 使用最简单方法添加显著性ggpubr包
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!凡是在社群同学,可免费获得自2021年11月份至今全部教程,教程配备事例数据和相关代码,我们会持续更新中。获得本期教程代码和数据,在后台绘图关键词:20240605。获得本期教程代码和数据,在后台绘图关键词:20240605。,自2021年11月开始做的知识分享,主要内容是。若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-06-08 17:04:51 · 754 阅读 · 0 评论 -
双Y轴截断图绘制教程
主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!凡事在社群同学,可免费获得自2021年11月份至今全部教程,教程配备事例数据和相关代码,我们会持续更新中。本期教程,我们提供的原文的译文,若有需求请回复关键词:20240529。,自2021年11月开始做的知识分享,主要内容是。若我们的教程对你有所帮助,请。,这是对我们最大的支持。原创 2024-05-30 10:08:46 · 369 阅读 · 0 评论