- 博客(6)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 【R包安装报错】如何找到一个R包的旧版本以及旧版本支持的R版本
问题描述： 在装RcisTarget的时候，要安装car包，car的依赖包pbkrtest因为版本问题装不上（pbkrtest 要求R版本是>4.1），所以car也装不上。我不想改动R版本，想去安装旧版本的R包pbkrtest，这个时候遇到了一个我之前也很困惑的问题，就是怎么知道一个旧版本的R包到底支持什么版本的R，这次被我解决了！
2023-05-12 17:18:30
1862
原创 【生信】安装SCICoNE软件：如何知道安装的GCC 支持什么版本的OpenMP；conda下更新gcc
GitHub - cbg-ethz/SCICoNE: Single-cell copy number calling and event history reconstruction.今天在安装一个生信分析软件的时候，遇到了需要更新gcc版本以及OpenMP的问题。openmp - GCC Wiki可以在这个网址上查阅安装的gcc到底支持什么版本的OpenMP...
2022-03-31 18:51:21
2218
1
原创 [生信] FindMarkers源码解析（默认参数）(1)
写在前面：在使用Seurat的时候，感觉还是有必要知道具体的每一步是怎么实现的。于是自己按照默认的参数设置，选取了其中的一部分函数，从源代码中抽取了计算的主干部分，略去了很多细节，基本实现计算的功能，得到和使用原来的函数一致的结果。目录如何查看源代码网址：插件：函数的调用流程能实现基本功能的主干代码及注释结果检验一些函数用法/参数的意义如何查看源代码网址：seurat/differential_expression.R at master · satijalab/
2021-12-28 16:42:39
5268
原创 [生信]利用seqkit对双端测序文件成对的进行down sampling
问题描述：在用seqkit的sample函数取指定数目或者比例的序列的时候，总是提示r1和r2的操作的序列不匹配。于是组合使用几个seqkit的工具实现提取。安装可以使用conda：conda install -c bioconda seqkit两个即将进行downsampling 的原始文件均为100行wc r*.gz 100 125 8663 r1.test.fastq.gz 100 125 8799 r2.test.fastq.gz 200 250
2021-12-12 20:39:43
2430
原创 .fai 文件格式解读
.fai：提供随机访问fasta/fastq文件的接口 fai的格式：以\t分割，fasta 5列，fastq 6列. NAME Name of this reference sequence LENGTH Total length of this reference sequence, in bases OFFSET Offset in the FASTA/FASTQ file of this sequence's first ...
2021-12-09 15:02:29
3348
原创 Error: package or namespace load failed for ‘xxx‘:解决方案笔记
Error: package or namespace load failed for 'xxx':package 'xxx' was installed before R 4.0.0: please re-install itError: package 'ggplot2' could not be loadedExecution halted
2021-11-26 13:33:12
36032
1
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人