python——k-means聚类（自定义距离，如余弦距离）

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前言

    用scikit-learn进行k-means聚类，默认使用欧式距离，为了用余弦距离作为度量，找了一个在生物信息学里比较常用的库：Biopython。Biopython为k-means聚类提供了各种距离函数，包括余弦距离、皮尔逊相似度量、欧式距离等。
安装

pip install Biopython

    另外，为了确定一个合理的聚类系数，采用轮廓系数作为衡量标准：轮廓系数取值为[-1, 1]，其值越大越好。

示例

导入数据、包

#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
# @Author: yudengwu(余登武）
# @Date  : 2023/4/21
#@email:1344732766@qq.com
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib as mpl
mpl.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei']  # 指定默认字体
mpl.rcParams['axes.unicode