R语言绘制COX回归模型的列线图(适合新手),要求不高

cox回归模型的列线图绘制方法有很多种,这里先附上最简单常见的一种吧,后续再来精修~

Mydata<-read.csv(file.choose()) #打开我的数据
View(Mydata)
factor_v <- c("F")  #这个数据中变量F是等级分类变量,需转为因子型变量,但对列线图展示影响不大
Mydata[factor_v] <- lapply(Mydata[factor_v],factor)

library("survival")

dd <- datadist(Mydata)
options(datadist = "dd")
cox_fit <- cph(Surv(time, status)  ~A + B + 
                   C + D +E+F,data=Mydata,
               x = TRUE, y = TRUE, surv = TRUE)  #也可以使用coxph()函数,但我的R报错,换了个函数
summary(cox_fit) #可以初步查看自己的模型结果

library(Hmisc)
library(rms)

surv <- Survival(cox_fit)  #构建cox比例风险模型后构建生存函数
surv1 <- function(x) surv(6,x) # 5个月年OS  #注意最大的生存时间啊,我的最长时间是17.3个月
surv2 <- function(x) surv(6*2,x) # 10个月年OS #假如你的数据都没有达到1*12或者都超过了1*12,那就会出错
par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(5,5,3,1))  #我习惯设置画布大小,防止下标出界
nom <- nomogram(cox_fit,
                fun = list(surv1,surv2),
                lp = T,
                funlabel = c('半年生存概率 ',  
                             '1年生存概率 '),
                maxscale = 100,
                fun.at = c(0.05, 0.1,0.4,0.7,0.95))
plot(nom, 
     lplabel="Linear Predictor",
     xfrac = 0.2, # 左侧标签距离坐标轴的距离
     #varname.label = TRUE, 
     tcl = -0.2, # 刻度长短和方向 
     lmgp = 0.1, # 坐标轴标签距离坐标轴远近
     points.label ='Points', 
     total.points.label = 'Total Points',
     cap.labels = FALSE,
     cex.var = 1, # 左侧标签字体大小
     cex.axis = 1, # 坐标轴字体大小
     col.grid = gray(c(0.8, 0.95))) # 竖线颜色

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Cox回归是一种常用于生存分析的统计方法,用于研究事件发生时间与影响因素之间的关系。R语言是一种广泛使用的统计分析工具,它可以用于绘制Cox回归列线图。 要绘制Cox回归列线图,首先需要使用R中的survival包来进行生存分析和Cox回归分析。survival包提供了用于处理生存数据的函数,其中包括进行Cox回归的函数。 在进行Cox回归分析之后,我们可以得到每个影响因素的估计系数以及相应的标准误差。根据这些结果,我们可以计算出每个影响因素的风险比(Hazard Ratio)以及相应的置信区间。 接下来,我们可以使用R中的ggplot2包来绘制列线图。ggplot2是一个功能强大的绘图工具,它提供了灵活的图形语法,可以使图形的绘制变得更加简洁和美观。 在绘制Cox回归列线图时,我们可以将每个影响因素的风险比绘制为柱状图,并在柱状图上添加误差线表示置信区间的范围。此外,我们还可以使用颜色或其他图形属性来区分不同的影响因素。 最后,我们可以添加标题、轴标签和图例等细节,使图形更加清晰易懂。通过观察列线图,我们可以直观地了解每个影响因素对事件发生时间的影响程度,以及它们的置信区间。 总之,使用R语言中的survival包进行Cox回归分析,然后利用ggplot2包绘制列线图,可以帮助我们更好地理解影响因素对事件发生时间的影响。这样的图形可以为研究者提供直观、清晰的结果展示,进一步助力生存分析的解释和模型解读。

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