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worklog
lamovrevx
这个作者很懒,什么都没留下…
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NGS 抗体筛选分析 biopanning analysis use seqkit
5’ ccatggct rev agccatgg3’ gcggccgc rev gcggccgccutadapt -g gcggccgc fcrnR0.fa -o fcrn0g.facutadapt -a agccatgg -m 270 fcrn0g.fa -o fcrn0ga.facutadapt -a gcggccgc fcrnR0.fa -o fcrn0a.facutadapt -g ccatggct -m 270 fcrn0a.fa -o fcrn0ag.fa=== Summary ==原创 2020-07-24 15:23:24 · 1964 阅读 · 0 评论 -
workLog: 用seqkit快速进行简单的抗体NGS测序数据分析
Starting point抗体Vregion数据双端测序,拼接后有1E7条序列(FLASH拼接,10,760,889),长度在250-490之间。有正向反向序列mix在一起。目的是做一些基本的分析工作,希望拿到的分析结果包括:Total number of sequences#原始seq, clean去头尾翻译之后的可用序列。Unique sequences number#seqkit rmdup dupfileSingle occurrence sequences number#tota原创 2020-05-13 17:23:26 · 1170 阅读 · 0 评论 -
workLog: seqkit 安装与使用
处理https://bioinf.shenwei.me/seqkit/安装$ conda install -c bioconda seqkitconda 还真是方便啊……统计了一下上次NGS拼接后截出来的300个seq$ seqkit stats testM300.fafile format type num_seqs sum_len min_len a...原创 2020-05-12 16:55:09 · 3247 阅读 · 1 评论 -
workLog:序列的前处理 cutadapt
NGS序列比对前的处理工作除了之前merge,拿QC分数过滤(已经忘了是怎么做的),还有一些其他的处理要做。序列有正反两端,还有不同的3’,5’的尾巴,不处理不足以平民愤。水平太有限了,10E7的序列也不知道怎么统计和比对。反正也是要找相同的序列,用seqkit发现有一个sort功能(sort的规则没看明白),-s 按seq sort,干就完了。seqkit sort -s outM.fa -o sortAll.fa然后split成一百份试试看ho。seqkit split -p 100 so原创 2020-05-12 16:54:25 · 321 阅读 · 0 评论 -
workLog: 抗体注释工具ANARCI安装与使用
合规和保密的原因,序列不能用online工具去处理。故安装本地版的ANARCI做抗体的注释地址:http://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/newsabdab/sabpred/anarci/#downloadANARCI导入fasta格式的AA序列,或是贴入单条序列,可以按不同的规则进行annotation。DependenciesPython 2.7+HMME...原创 2020-05-08 15:45:02 · 2069 阅读 · 0 评论 -
workLog: Conda的安装 Conda安装pyrosetta
2020.5.7Conda version:Python 3.7 Miniconda Linux 64-bithttps://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh安装路径:/home/bjtjws/miniconda3使用方法:miniconda3/bin/. ./activate参考文章:...原创 2020-05-08 15:31:23 · 1544 阅读 · 6 评论