NGS 抗体筛选分析 biopanning analysis use seqkit

Starting Material

送了VHH免疫库的NGS测序，R0和经过一轮phage display富集的R1。每个库各测了1M reads。
酶切位点如下：
5’ 5’-ccatggct-3’ rev agccatgg
3’ 5’-gcggccgc-3’ rev gcggccgc

前处理

Flash拼接
因为叫flash的太多，没有加入/bin中。故这一步需要把文件添加到flash的folder里面。处理完再挪出去

./flash 1a.fq 1b.fq -p 33 -r 244 -f 488 -s 100 -o Round0

seqtk fastQ->fastA

seqtk seq -aQ64 -q30 Round0.extendedFrags.fastq>r0.fa

Trim adaptor
按酶切位点trim掉，-a是3‘端，-g是5’端。因为现在文件是mix的，所以正反trim两遍，并且删掉<270bp的东西。

正向

cutadapt -a gcggccgc fcrnR0.fa -o r0a.fa
cutadapt -g ccatggct -m 270 fcrn0a.fa -o r0ag.fa