workLog: seqkit 安装与使用

最新推荐文章于 2024-08-03 14:58:57 发布
最新推荐文章于 2024-08-03 14:58:57 发布
阅读量3.2k 收藏 5
点赞数 1
分类专栏： worklog
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/lamovrevx/article/details/106000159
版权
本文介绍了seqkit的安装过程，通过conda进行便捷安装，并展示了使用seqkit对NGS序列进行统计和翻译的操作。在尝试翻译DNA到氨基酸时，注意到需要调整阅读框，并且由于原始文件包含正反两种序列，需要进一步处理。
摘要由CSDN通过智能技术生成

处理
https://bioinf.shenwei.me/seqkit/

安装

$ conda install -c bioconda seqkit

conda 还真是方便啊……

统计了一下上次NGS拼接后截出来的300个seq

$ seqkit stats testM300.fa

file         format  type  num_seqs  sum_len  min_len  avg_len  max_len
testM300.fa  FASTA   DNA        300  127,344      366    424.5      490

试一下NGS的整个文件，也很快出结果

$ seqkit stats outM.fa
file     format  type    num_seqs        sum_len  min_len  avg_len  max_len
outM.fa  FASTA   DNA   10,760,889  4,571,253,828      250    424.8      4
最低0.47元/天 解锁文章
lamovrevx
关注
专栏目录
序列处理工具|Seqkit
weifanbio的博客
10-21 5164
大家是否还在为查看连接多个序列文件而感到烦恼呢?是否还在为查找某一段碱基而感到焦虑呢?别担心，有了这款软件这些问题就会自然而然的解决啦，这款软件是什么呢，请让小编为你一一介绍吧~ 软件介绍 Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件，由go语言编写，功能比较完善，软件使用也很稳定。 优点 1.能够非常全面的处理fasta/q文件，运行速度超快的序列工具 2.支持多平台(Linux/Windows/macOS)使用,是一款轻量级软件 3.可以做到开箱即用（无依赖，无需编译，无需配置） 安装方法 方
workLog: 用seqkit快速进行简单的抗体NGS测序数据分析
lamovrevx的博客
05-13 1218
Starting point 抗体Vregion数据双端测序，拼接后有1E7条序列（FLASH拼接，10,760,889），长度在250-490之间。有正向反向序列mix在一起。 目的是做一些基本的分析工作，希望拿到的分析结果包括： Total number of sequences #原始seq, clean去头尾翻译之后的可用序列。 Unique sequences number #seqkit rmdup dupfile Single occurrence sequences number #tota
seqkit安装与使用 v2.5.1（生物信息学工具-003）
weixin_44874487的博客
02-23 2417
SeqKit - 跨平台且极速的FASTA/Q文件操作工具包，生信胶水之一。
seqkit安装与使用 （生物信息学工具-003）--seqkit常用操作（补01）
最新发布
weixin_44874487的博客
08-03 307
参考。
seqkit 使用
小金鱼的博客
08-04 309
seqkit：序列梳理神器-统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等30项全能..._刘永鑫Adam的博客-CSDN博客
seqkit的使用说明1
yearstime的博客
04-05 4656
Seqkit
Seqkit：强大的序列处理工具
weixin_56827666的博客
10-14 862
序列处理必备神器，组学研究中的强大的胶水功能。
WorkLog:使用useReducer，useCallback，useEffect，useParams，useMemo，useState钩子创建工作日志应用
05-05
使用React Hooks创建工作日志应用 该应用程序的主要功能： 跟踪员工是否违反内部规章，根据该规章，内部剩不到3名医生时，不得离开部门。 违反行为以红色突出显示。 使用了以下钩子： useReducer; useCallback; ...
org-worklog：用于通过org-mode维护工作日志的模板
02-05
`org-worklog`则是专门为使用Org-Mode管理工作日志而创建的一个模板，它帮助用户高效地记录每天的工作活动，从而提高时间管理能力和工作透明度。 Org-Mode的核心特性包括： 1. **结构化文本**：Org-Mode允许用户...
workLog: 抗体注释工具ANARCI安装与使用
lamovrevx的博客
05-08 2163
合规和保密的原因，序列不能用online工具去处理。故安装本地版的ANARCI做抗体的注释 地址：http://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/newsabdab/sabpred/anarci/#download ANARCI导入fasta格式的AA序列，或是贴入单条序列，可以按不同的规则进行annotation。 Dependencies Python 2.7+ HMME...
fasta序列操作神器——seqkit
david10251025的博客
02-23 4184
一、序列操作： 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 2.取互补序列 seq test.fa -p > test_com.fa 3.取反向互补序列 seqkit seq test.fa -r -p > test_re_com.fa 4.DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq test.fa --nda2rna &...
seqkit:跨平台，超快速的工具包，用于在Golang中操纵FASTAQ文件
03-07
SeqKit-用于FASTA / Q文件操作的跨平台超快速工具包 文档： : （，，和） 源代码： : 最新版本： ： 介绍 FASTA和FASTQ是用于存储核苷酸和蛋白质序列的基本且普遍存在的格式。 FASTA / Q文件的常见操作包括转换，搜索，过滤，重复数据删除，拆分，混排和采样。 现有工具仅实现了其中一些操作，而没有特别有效地实现，而某些工具仅可用于某些操作系统。 此外，所需软件包和运行环境的复杂安装过程会使这些程序的用户友好性降低。 该项目描述了用于FASTA / Q处理的跨平台超快速综合工具包。 SeqKit为所有主要操作系统（包括Windows，Linux和Mac OS X）提供可执行二进制文件，并且可以直接使用而无需任何依赖项或预先配置。 与类似工具相比，SeqKit展示了在执行时间和内存使用方面的竞争性能。 SeqKit的效率和可用性使研究人员能够快速完成常见的
Seqkit-通过gtf/gff提取基因序列
weixin_45044758的博客
06-22 7981
gff/gtf 注释文件包含了基因的位置及结构信息，但是如何通过位置信息快速生成fa文件呢？强推Seqtik，一行代码解决问题！ seqkit 安装 通过conda直接安装 conda install seqkit -c biocodna 使用 seqkit集众多功能于一体，今天只接受subseq，用于提取基因 Usage: seqkit subseq [flags] Flags: --bed string by tab-delimited BED file
【栈】----栈的压入、弹出序列
qq_41152046的博客
10-10 417
1.题目 输入两个整数序列，第一个序列表示栈的压入顺序，请判断第二个序列是否可能为该栈的弹出顺序。 假设压入栈的所有数字均不相等。例如序列1,2,3,4,5是某栈的压入顺序，序列4,5,3,2,1是该压栈序列对应的一个弹出序列，但4,3,5,1,2就不可能是该压栈序列的弹出序列。（注意：这两个序列的长度是相等的） 2.代码 class Solution { public: bool IsPopOrder(vector<int> pushV,vector<int> popV)
seqkit 那些事
zs18242304295的博客
03-14 526
参数指定要截取的范围，这里是从141到15380。执行该命令后，将会生成一个包含指定范围的子序列的输出文件。表示截取从第141个碱基到第15380个碱基的子序列。上述命令中的范围索引是以1为基准的。改为碱基全部大写的形式，改为碱基全部大写的形式。请注意，使用之前要对。
seqkit：序列梳理神器-统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等30项全能...
热门推荐
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
03-15 4万+
写在前面通过我几天的学习，我发现，seqkit十分好用，将序列的各种操作都囊括进去，加入多线程，我个人认为这将是非常好的胶水，在处理无论是基因组还是其他组学。定是一个必学神器。注意一下教程...
seqtk安装与使用-seqtk-1.4（bioinfomatics tools-012）
weixin_44874487的博客
03-13 2881
两款fasta或fastq序列神器-Seqtk和SeqKit！常用生信胶水！
序列操作神器：Seqkit
冷冻工厂
11-12 3005
导读 本文[1]将介绍 SeqKit ：用于 FASTA/Q 文件操作的跨平台和超快工具包，后续提供了一些长用的示例。 1. 安装 conda 安装 conda install -c bioconda seqkit Mac 安装 brew install seqkit  # 用于苹果电脑 2. 用法 2.1. 序列操作 seqkit seq [flags] file 参数 参数
《WORKLOG6》：软件需求工程与SRS文档实践
《WORKLOG6》是高德琛在山东大学进行的一份实验日志，重点关注了软件工程中的关键概念和实践。日志记录了他的个人工作进展，特别是关于软件需求理解和管理的部分。首先，章节2阐述了软件需求的定义，从业务知识...
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值