bam格式转换为Fastq/Fasta格式

最新推荐文章于 2024-05-07 19:55:49 发布
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bam格式转换为Fastq/Fasta格式

  1. Samtools Fastq
  2. GATK SamToFastq
  3. Bedtools bamtofastq

举例说明，比如说我们现在有一个转录组比对文件D1_D1.sort.bam：

samtools view -H D1_D1.sort.bam | tail
@SQ	SN:19	LN:58617616
@SQ	SN:20	LN:64444167
@SQ	SN:21	LN:46709983
@SQ	SN:22	LN:50818468
@SQ	SN:X	LN:156040895
@SQ	SN:Y	LN:57227415
@SQ	SN:MT	LN:16569
@RG	ID:D1_D1_D1	PL:illumina	PU:D1	LB:D1	SM:D1	CN:BGI
@PG	ID:bwa	PN:bwa	VN:0.7.10-r789	CL:/home/lixf/RNA_module_V1.0/Alignment/Alignment_BWA/bin/bwa mem -t 4 -a -R @RG\tID:D1_D1_D1\tPL:illumina\tPU:D1\tLB:D1\tSM:D1\tCN:BGI /data_center_11/Project/wenpp/RNA/01_RY20190826D002_RNAref/prepare/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa /data_center_11/Project/wenpp/RNA/01_RY20190826D002_RNAref/01.deal_reads/process/Filter_SOAPnuke/D1/D1/D1_1.fq.gz /data_center_11/Project/wenpp/RNA/01_RY20190826D002_RNAref/01.deal_reads/process/Filter_SOAPnuke/D1/D1/D1_2.fq.gz
@PG	ID:samtools	PN:samtools	PP:bwa	VN:1.12	CL:samtools view -H D1_D1.sort.bam

从@PG可以看出来比对软件是BWA，这是一个与hg38 toplevel基因组序列比对后产生的，根据染色体上位置进行排序的BAM文件。那么如果我们要与不同的基因组序列进行比对，比如更换基因组序列的版本为hg19，就需要将BAM文件还原成原来的fastq文件，而从上述数据可以看出，原始测序应该是一个双端测序文件，那么我们应该转换后得到的是两个fastq文件。

Samtools Fastq

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bam2fastq:从bam到FASTQ的简单转换器
05-24
bam2fastq bam2fastq是一个从BAM文件中提取序列和质量的程序。 原始版本可以在找到。 随后对其进行了修改，以处理具有成对和不成对读和写到stdout混合的BAM文件。 安装 需要make，gcc和zlib压缩库-所有这些都应该存在于大多数类Unix系统（包括Mac）上。 首先从github克隆存储库，包括其依赖项： git clone --recursive https://github.com/jts/bam2fastq 然后转到目录并运行make： cd bam2fastq make 作者 该程序最初由Phillip Dexheimer在HudsonAlpha开发。 它打包在github上，并由Jared Simpson稍加修改。
genozip：用于基因组文件（FASTQ，SAMBAM，VCF，FASTA，GVF，23andMe ...）的压缩器，比gzip压缩多达5倍，并且速度也更快
02-15
Genozip （可在Conda ， Docker Hub和） Genozip是一种用于基因组文件的压缩器-虽然它可以压缩任何文件（即不仅是基因组文件），但它经过优化可以压缩FASTQ，SAM / BAM / CRAM，VCF / BCF，FASTA，GVF，Phylip和23...
bam（sam）格式文件转化为fasta格式
热门推荐
Cassiel60的博客
07-31 1万+
bam2fasta的转变方式： samtools view input.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > output.fasta sam2fasta的转变方式 cat *.sam | awk '{print ">"$1"\n"$10}' > *.fasta 查看bam文件 samtool
资料总结分享：SAM,bam,bed文件格式
最新发布
weixin_69558614的博客
05-07 1226
表示read比对到RNAME这条序列的最左边的位置，如果该read能够完全比对到这条序列（CIGAR string为M）则这个位置是read的第一个碱基比对的位置，如果该read的反向互补序列比对到这条序列，则这个位置是read的反向互补序列的第一个碱基比对的位置，所以无论该read是正向比对到该序列，或是其反向互补序列比对到该序列，比对结果均是最左端的比对位置。SAM文件中的每一行包含了比对的序列ID、比对的标志、参考序列的名称、序列的起始位置、比对得分、序列的序列等信息。
生信人迷惑的一天 bam转fq
qq_43337286的博客
07-22 1397
bam格式转fastq的二三事
格式转换：BAM 转 FASTQ
鬼话
04-03 4630
有时候，分析已发表数据的时候，避免不了会遇到作者上传的数据是BAM格式，但是作者用的基因组又不是我想要的，所以我就需要将BAM转换为FASTQ，加上许多分析工具都是需要以FASTQ文件为起始输入，据说BAM转换为FASTQ是生信中的一个常见步骤，虽然现在还没遇到，提前整理，以备不时之需😑工具有很多，接下来就罗列几个工具。
踩坑日记|bam文件转为fastq文件
XIAOWANGaxs的博客
12-10 949
好了，今天的踩坑日记就到这里了，其它实现 bam2fastq 工具（例如：Picard、GATK、Biopython）没有做过尝试，大家尝试一下发现的坑，可以留言交流一下。命令进行 bam 文件转换为 fastq 文件，可以对单端比对的生成的 bam 和双端比对生成的 bam 进行转换，详细使用方法和参数见。命令进行 bam 文件转换为 fastq 文件，并且可以将单端比对、双端比对的 bam 文件转换为 fastq 文件，使用方法和参数见。使用的一些工具和工具使用过程中发现的问题。
bam(sam)2fasta
dieshuli2209的博客
11-16 977
bam（sam）格式文件转化为fasta格式 bam2fasta的转变方式：samtools view SL3003_SL3004_100122-hg18.bam | \awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > SL3003.fastasam2fasta的转变方式：cat *.sam | awk '{print "&gt...
10x单细胞转录组数据bam格式转为fastq格式
weixin_47890536的博客
04-19 1880
在下载NCBI等公共数据库中的单细胞测序数据，发现仅提供了处理后的bam文件时，可以用来将bam转为fastq文件进行重新分析，实现不同数据集上游分析的统一，比如参考基因组的一致等。
unmapbam to fastq和自己的annovar格式~~~
浮生终有醒
05-31 1669
#!perl use warnings; use strict; die "perl $0 \n" if @ARGV != 2; my %hash; open BAM, "samtools view $ARGV[0] |" or die $!; while() { chomp; my @tmp = split; push @{$hash{$tmp[0]}}, "$tmp[1]\t$tm
Hadoop-BAM-开源
04-24
当前支持的文件格式为BAM，SAM，FASTQ，FASTA，QSEQ，BCF和VCF。 有关Hadoop-BAM的更高级描述，请参阅《生物信息学》第28卷第6期第876-877页中的文章“ Hadoop-BAM：直接在云中操作下一代测序数据”，该文章可从...
使用Python处理BAM的方法
09-20
Pysam提供了多个核心函数，如`AlignmentFile`用于读取BAM/CRAM/SAM文件，`VariantFile`处理VCF或BCF，`TabixFile`读取tabix索引文件，`FastaFile`读取fasta序列，`FastqFile`处理fastq序列等。在处理比对文件时，...
Genomic_Analysis:在各种常见基因组数据文件格式之间进行互转换
05-12
在"Genomic_Analysis-master"项目中，可能包含了一系列Perl脚本，用于读取这些格式的文件，解析内容，然后按照需求转换为其他格式。 例如，一个脚本可能读取FASTQ文件，执行质量过滤，然后将通过过滤的序列写入新的...
PacBio hdf5 格式 向 FASTA格式转换
ares_xxm的博客
05-10 579
Converting PacBio hdf5 format to fasta format
如何从BAM文件中提取fastq
xuzhougeng blog
02-12 2408
虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件，但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区域中fastq。最开始我认为这是一个非常简单的操作，因为samtools其实已经提供了相应的工具samtools fastq. 以biostar handbook的Ebola病毒数据为例，首先获取比对得到的BAM文件。 # 建立文件夹 mkdir -p refs # 根...
零基础小白笔记8 | 将bam文件转换为bw文件并进行可视化
tmrtmr___的博客
01-02 3056
2.使用工具：deeptools是一个用于深度分析测序数据的工具集，其中包含多个子命令，其中bamCoverage可以将BAM 文件转换成 BigWig 格式的输出文件。1.bw文件，即bigwig文件，是一种常用的用于存储基因组测序数据的文件格式，它允许高效存储大量基因组范围的信号数据，并支持快速的数据检索与可视化。（2.2）设置参考基因组为mm10（本次实验动物模型），选择染色体及区域，最左侧轴设置显示区域的大小；所以bw文件在转换完成后需要先下载到本地才能在IGV上进行可视化分析；
如何高效地从BAM文件中提取fastq
xuzhougeng blog
04-21 1917
在一年前，我写过一篇文章，叫做如何从BAM文件中提取fastq，之前也发现了从BAM里面提取Fastq是有些麻烦，只不过最后通过samtools的子命令实现了数据提取，实现功能之后也没有再去思考如何提高效率。 最近读到每周文献-190419-植物单细胞BAM重比对以及假基因研究时，发现里面提到了一个工具叫做 bazam, 功能就是提取Fastq文件，文章发表在 Genome Bio...
samtools的使用笔记
liduo159357的博客
03-20 911
由于二代测序中普遍采取短读长（50~150bp）的测序策略，在后续分析的流程中需要使用比对软件将reads片段匹配到参考基因组中从而产生比对/匹配文件，进而用于后续流程的分析。Samtools是一个用来处理SAM/BAM（SAM的二进制格式，用于压缩空间）格式的比对文件的工具，它能够输入和输出SAM（sequence alignment/map：序列比对）格式的文件，对其进行排序、合并、建立索引等处理。
【bioinfo】fasta/fastq/sam格式互相转化
lillianqdzpw
10-14 6076
使用awk转化：fq2fa： awk '{if((NR+3)%4==0)printf ">"$1;if((NR+2)%4==0)print "\n"$1}' ${fq} > ${fa} samtools fastq samtools fastq -n ${sam} > ${fq} -n: 输出不标记"/1"或 “/2”, Read1、Read2的标记
怎么从bam的比对文件中提取某一个位置的fasta序列，想要的fasta文件的格式是什么样的，具体流程代码是什么
06-12
要从 BAM 比对文件中提取某个位置的 FASTA 序列，可以使用 samtools 工具。具体流程如下： 1. 安装 samtools 工具： ``` # 使用 conda 安装 conda install -c bioconda samtools ``` 2. 从 BAM 文件中提取指定位置的 reads： ``` samtools view -h input.bam chr:start-end > output.sam ``` 其中，`chr` 是染色体名，`start` 和 `end` 是需要提取的位置。这条命令将会把包含指定位置的 reads 提取出来，并保存到 output.sam 文件中。 3. 将 SAM 文件转换为 BAM 文件： ``` samtools view -S -b output.sam > output.bam ``` 4. 使用 bedtools 工具将 BAM 文件转换为 FASTA 文件： ``` bedtools bamtofastq -i output.bam -fq output.fq ``` 这条命令将会把 output.bam 文件中的 reads 转换为 FASTQ 格式，并保存到 output.fq 文件中。 5. 使用 seqtk 工具将 FASTQ 文件转换为 FASTA 文件： ``` seqtk seq -a output.fq > output.fasta ``` 这条命令将会把 output.fq 文件中的 reads 转换为 FASTA 格式，并保存到 output.fasta 文件中。 注意：上述命令中的参数需要根据具体情况进行修改。 代码实现： ``` # 导入必要的包 import os # 定义 bam 文件和输出文件名 bam_file = "input.bam" output_file = "output.fasta" # 定义需要提取的位置 chrom = "chr1" start = 1000 end = 2000 # 使用 samtools 工具提取指定位置的 reads samtools_command = "samtools view -h {0} {1}:{2}-{3} > output.sam".format(bam_file, chrom, start, end) os.system(samtools_command) # 将 SAM 文件转换为 BAM 文件 os.system("samtools view -S -b output.sam > output.bam") # 使用 bedtools 工具将 BAM 文件转换为 FASTQ 文件 os.system("bedtools bamtofastq -i output.bam -fq output.fq") # 使用 seqtk 工具将 FASTQ 文件转换为 FASTA 文件 os.system("seqtk seq -a output.fq > {0}".format(output_file)) # 删除中间文件 os.remove("output.sam") os.remove("output.bam") os.remove("output.fq") ``` 输出的 FASTA 文件格式如下： ``` >read1 ATCG... >read2 GCTA... ... ```
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