非模生物STRING结合cytoscape进行PPI画图

软件要求

主要使用的软件为cytoscape和stringapp插件。

示例

具核梭杆菌( Fusobacterium nucleatum , F . nucleatum )
假设我们拿到了公司给的差异基因列表，要对这份列表上的基因进行蛋白互作分析。

> head(gene_FN)
# A tibble: 6 × 5
  ID     logFC   pvalue Description                       Status
  <chr>  <dbl>    <dbl> <chr>                             <chr> 
1 FN1220