生物相关技术

一、高通量测序技术（NGS或HTS）

NGS（Next-Generation Sequencing）是指下一代测序技术，也称为高通量测序技术或二代测序技术。这是一种革命性的生物分子测序方法，相比于传统的Sanger测序技术，NGS能够在短时间内对大量DNA、RNA或者蛋白质序列进行平行测序，大大提高了测序速度和数据产出量，同时降低了单位成本。

二、ChIP-seq技术（鉴定蛋白质-DNA互作的方法）

结合染色质免疫共沉淀（ChIP）和高通量测序（Sequencing）的技术，用于鉴定特定转录因子或修饰后的组蛋白在全基因组的结合位点。

技术流程：

1. 甲醛交联整个细胞系，将目标蛋白与染色质连接起来。
2. 分离基因组DNA，并用超声波将其打断成一定长度的小片段。
3. 添加与目标蛋白质特异结合的抗体，形成免疫沉淀结合复合体。
4. 去交联，纯化DNA得到抗体特异结合的DNA样本。
5. 将准备好的样本进行深度测序

技术原理：

        ChIP-seq的原理基于染色质免疫共沉淀技术，首先利用特异抗体富集目的蛋白结合的DNA片段，然后通过高通量测序技术检测这些DNA片段，最后通过生物信息分析，将测序获得的高通量序列标签比对到基因组上，从而获得全基因组范围内目的蛋白结合DNA的位置和强度信息

三、CUT&Tag技术（研究蛋白质-DNA互作的新方法）

CUT&Tag技术是一种用于研究蛋白质-DNA互作的新方法，它通过特定的实验步骤，允许在活细胞内直接标记和测序与特定蛋白质结合的DNA区域。

CUT&Tag较于ChIP-seq的优势：

• 起始量低：相比传统ChIP-seq技术，极大地减少样本使用量
• 信噪比高：实验材料无需进行甲醛交联，产出数据信噪比高
• 实验重复性好：样本不受甲醛交联引起的表位遮蔽影响
• 样本起始量低：所需细胞量较少，最低可做至1000个细胞

四、ChIP-seq技术和CUT&Tag技术的区别联系

高通量技术：使用自动化和计算机技术来加速实验过程，从而更快地获取大量数据的一系列技术。

联系：

• 两者都是用于研究蛋白质与DNA相互作用的高通量技术。

区别：

• 实验原理：ChIP-seq通过甲醛交联和免疫共沉淀富集目的蛋白结合的DNA片段，而CUT&Tag直接在原始细胞或核中进行。
• 应用范围：ChIP-seq适用于研究广泛类型的蛋白-DNA相互作用，而CUT&Tag更适用于稀有样本或单细胞层面的研究，因为它可以更精确地确定蛋白质结合位点。
• 优缺点：ChIP-seq是成熟的技术，但需要较多的起始材料和较长的实验时间；CUT&Tag则具有更高的灵敏度和更少的输入材料要求，但可能不适用于所有类型的蛋白质-DNA相互作用

五、指数富集配体系统进化技术SELEX（筛选aptamer，用到PCR）

SELEX（Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment）是一种用于筛选与靶物质具有高特异性和高亲和力核酸适配体（Aptamer）的技术。

基本原理：是通过体外化学合成一个单链寡核苷酸库，然后与靶物质混合，形成靶物质-核酸复合物。通过洗掉未结合的核酸，分离与靶物质结合的核酸分子，并以此分子为模板进行PCR扩增，进行下一轮筛选。重复筛选和扩增过程，最终得到与靶物质具有高亲和力和高特异性的适体。

SELEX技术的流程如下：

SELEX（Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment）技术是一种体外筛选技术，用于从随机单链核酸序列库中筛选出与靶物质具有高亲和力和特异性的核酸适配体。SELEX技术的流程如下：

1.  制备文库：首先，通过化学合成初始单链核酸（如DNA或RNA）文库。这个文库包含两端固定的序列（作为PCR引物的结合位点）和中间的随机序列。随机序列的长度通常在20-40个碱基对之间，这为筛选过程引入了多样性和特异性。
2. 筛选过程：将靶物质与文库混合，孵育一段时间，使得文库中的核酸分子与靶物质发生特异性结合。然后，通过某种分离方法（如凝胶阻滞电泳、毛细管电泳、磁珠法或微孔板法）将未结合的核酸与结合的核酸分离。
3. 扩增：回收与靶物质结合的核酸，并通过PCR（聚合酶链反应）进行扩增，生成新的核酸文库。这个新文库包含了与靶物质具有高亲和力的核酸分子。
4. 重复筛选：将扩增后的核酸文库再次与靶物质混合，进行新一轮的筛选。通过多次重复筛选和扩增，文库中的高亲和力核酸分子逐渐占据主导地位。
5. 分离和表征：当筛选过程达到一定轮数后，文库中的核酸分子与靶物质的亲和力不再显著提高。此时，可以分离并测序筛选出的核酸分子，分析它们的序列和结构特征。
6. 后期修饰：根据需要，可以对筛选出的适配子进行后期修饰，以提高其稳定性、生物相容性或其他性能。
7. 应用：经过修饰的适配子可以用于各种应用，如生物传感、药物递送、诊断和治疗等。

总之，SELEX技术通过循环的筛选和扩增过程，从大量的随机核酸序列中筛选出具有高亲和力和特异性的适配子，这些适配子可以用于各种生物技术和医学应用。

六、PCR扩增技术

PCR扩增技术，即聚合酶链式反应，是一种在分子生物学中广泛应用的技术，用于扩增特定DNA序列。PCR技术的基本过程包括三个主要步骤：融解（denaturation）、退火（annealing）和延伸（extension）。

1. 融解：将待扩增的DNA样本加热至高温（通常为94-98摄氏度），使DNA双链分离为单链。这个步骤通常需要一段时间，以确保DNA完全融解。

2. 退火：将温度降低至适合引物与目标DNA序列结合的温度。引物是由研究人员设计的两段与目标DNA序列互补的短链核酸序列。在此温度下，引物能够与目标DNA序列的两端结合，形成引物-目标DNA复合物。

3. 延伸：将温度升高至DNA聚合酶的最适温度，通常为65-72摄氏度。DNA聚合酶会在引物-目标DNA复合物的基础上在目标DNA序列的两端添加新的核苷酸，从而增加DNA的长度。这个步骤被称为链式扩增，因为每个引物结合的DNA链都会产生两条扩增产物。

以上三个步骤构成了一次PCR循环。PCR反应通常通过多次循环来进行扩增，每次循环都会产生比上一次更多的目标DNA序列。每个PCR循环通常只需要几十秒到几分钟不等，整个PCR过程可以在几小时内完成。

PCR技术在医学诊断、法医学、农业科学、生物学研究等领域都有广泛应用，为科学研究和临床实践提供了有效的工具。

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七、DNA电泳（分离和分析DNA的大小、纯度）

DNA电泳技术是一种常用的生物化学实验方法，用于分离和分析DNA片段的大小和纯度。该技术基于DNA分子在电场中的迁移速率与其大小和电荷的关系。以下是DNA电泳技术的基本原理、步骤和应用：

基本原理：

DNA电泳技术的基本原理基于DNA分子的带电性质和分子大小对其在电场中迁移速率的影响。以下是DNA电泳技术的几个关键点：

1. DNA的电荷：DNA分子带有负电荷，这是由于其磷酸骨架上的磷酸基团。在碱性条件下，这些磷酸基团会失去质子，从而带负电。
2. 电场的作用：当在凝胶或溶液中施加电场时，带负电的DNA分子会向正极方向移动。这种移动是通过DNA分子与凝胶基质之间的摩擦力以及DNA分子内部的静电排斥力共同作用的结果。
3. 分子大小的效应：DNA片段的大小直接影响其在电场中的迁移速率。较小的DNA片段由于其较小的体积和较低的摩擦力，会比大片段迁移得更快。
4.  凝胶的作用：在DNA电泳中，凝胶提供了一个支持介质，它通过其孔径大小限制了DNA分子的迁移。凝胶的孔径越大，DNA片段的迁移速率越快。琼脂糖凝胶通常用于分离较大的DNA片段，而聚丙烯酰胺凝胶（PAGE）则用于分离较小的DNA片段。
5. 分辨率：分辨率是指电泳过程中能够区分开的相邻DNA片段的最小差异。分辨率的提高通常需要使用更高浓度的凝胶或更低的电压，但这会增加电泳时间。
6. 染色和检测：为了在电泳后可视化DNA片段，通常使用荧光染料，如溴化乙啶（EtBr），它能在紫外光下发出荧光。DNA片段的位置和大小可以通过观察染色后的条带来确定。

综上所述，DNA电泳技术利用DNA分子的带电特性和分子大小，通过施加电场在凝胶中进行分离，然后通过染色和检测来分析和鉴定DNA片段。这种方法简单、快速，广泛应用于分子生物学研究和临床诊断中。

步骤

DNA电泳是一种用于分离和分析DNA片段的技术。以下是简要的步骤概述：

1. 准备样品：提取DNA，必要时进行定量和酶切处理，然后与样品缓冲液混合。
2. 制备凝胶：选择合适的凝胶类型（琼脂糖或聚丙烯酰胺），制备并让其凝固。
3. 加载样品：将DNA样品加载到凝胶的孔中，同时加载DNA分子量标记作为参考。
4. 电泳：在适当的电压下运行电泳，直到染料前沿接近凝胶底部。
5. 染色：使用染色剂（如EtBr）染色凝胶，以便在紫外光下观察DNA条带。
6. 观察和分析：使用紫外透射仪观察凝胶，分析DNA片段的大小和浓度。
7. 这个过程快速、简单，是分子生物学实验室中常用的工具。

应用

1. DNA片段分析：确定DNA片段的大小和结构，如在酶切和PCR反应后。
2. DNA纯度检验：检测DNA样品中是否含有RNA、蛋白质等杂质。
3. 基因克隆验证：确认插入载体的DNA片段正确无误。
4. PCR产物鉴定：验证PCR反应产物的大小和特异性。
5. 限制性酶图谱制作：分析DNA上的限制性酶切位点。

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八、MSA

MSA代表多序列比对(Multiple Sequence Alignment)，这是一种生物学中常用的技术，用于比较多个生物分子(通常是蛋白质或核酸)的序列，以识别它们之间的保守序列模式和变异。在多序列比对中，来自不同物种的同源序列被排列在一起，以便于观察和比较它们之间的相似性和差异性。这种方法有助于理解生物分子的进化关系、功能保守性和结构特征。在本文中，MSA被用作RNA-MSM模型的训练输入，以捕捉RNA序列的进化信息。

九、生物磁珠

生物磁珠是一种具有细小粒径的超顺磁微球，具有超强的顺磁性。在磁场中，它们能够迅速聚集，而在离开磁场后，又能均匀分散，有助于磁分离。

生物磁珠具有合适的粒径，既保证了足够的磁响应性，又不会发生沉降。此外，它们具有丰富的表面活性基团，可以与生化物质偶联，并在外磁场的作用下实现与被待测样品的分离。

生物磁珠的结构一般由磁性内核、包裹在外的高分子涂层及功能基层构成。