dpabi在 电脑里面装了好久了,要捡起来处理fMRI ,小白记录一下首次运行的过程和坑。
1、 基于matlab 安装好DPABI 工具箱
Dpabi的下载与安装
2、自官网下载数据
http://rfmri.org/content/demonstrational-data-resting-state-fmri
3、查看DemoData文件夹数据
(1)有两个源数据文件夹,FunRaw 和T1Raw分别是功能像和T1结构像数据。
注意:如果是自己的数据也要按照这种文件夹的格式整理好,且文件夹的命名与这个保持一致。
可见DemoData中有3个被试的数据,每个被试都有一个功能像和一个结构像。
4、 打开matlab 并启动DPABI
如果不知道扫描参数可以查看参考网站
3D Slicer打开 fMRI 影像并查看扫描参数
TimePoints: fMRI 的volume 数,也是 MultiVolume Number of Frames数。
TR(s): RepetitionTime
5、运行过程中的error
(1)Error1:变量 ‘spm’ 无法识别,说明SPM 没有安装
人家一开始就说了,要安装Matlab7.3以上的版本,要安装SPM8或以上的版本。
》》下载SPM并安装
SPM 官网
https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/download/
按照自己需求先进行选择,然后Download,后将下载的spm8解压文件夹拷贝到matlab 安装路径下的toolbox中
(2)Error2:在 ‘spm_jsonread’ 的工作进程上引发了 UndefinedFunction 错误。这可能是因为在这些工作进程上无法访问包含 ‘spm_jsonread’ 的文件。使用addAttachedFiles(pool, files) 指定要附加的必要文件.
运行出错了,是spm的函数出错,那就将spm8卸载删除,重新下载最新的版本spm12吧,并需要在设置路径下将spm8都删除,然后重新添加spm12。
看到下面这张图输出表明一些参数是设置对了,处理也有了一个初步的运行结果,但是界面上具体每个参数的含义和功能作用仍然需要细细挖掘。