Linux安装R语言包

1. R包介绍

R的包（package）通常有两种:

• 二进制代码包（Binary package）：这种包属于即得即用型（ready-to-use），但是依赖与平台，比如Windows和Linux平台下不同。

• 源代码包（Source package）: 此类包可以跨平台使用，但用之前需要处理或者编译（compiled）。同时，源代码包可以查看到程序源代码，便于查找、修改和引用。

2. R包安装

2.1 源代码安装

1	# R CMD INSTALL /.../myPackage.tar.gz

使用此方法，需要解决包依赖问题，即安装此包所依赖的包，安装过程有提示。

2.2 内置install.packages()函数安装

使用install.packages()安装，比较简便，联网即可装，装了就可用。使用这种方法安装包时，R会自动安装依赖的包。如果出现安装报错，可能的原因是缺少依赖的系统文件。同时，需要注意的是，一些R包只能在特定的平台上使用。比如Rsubread不能在Windows操作系统下使用。

1	install.packages('myPackage')

同时，可以使用install.packages()安装本地下载的包，尤其适用于在服务器上安装包

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install.packages( c('XML_0.99-5.tar.gz', '../../Interfaces/Perl/RSPerl_0.8-0.tar.gz'), repos = NULL, configure.args = c(XML = '--with-xml-config=xml-config', RSPerl = '--with-modules= "IO Fcntl"'))

3. R包版本查询和更新

R和R包版本查询

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# 在启动的R中执行 R.version # R包版本 packageVersion('myPackage') # 查询当前R的详细信息，包括R版本、R包版本、命名空间等 sessionInfo()

CRAN包更新

1 2	# 可以定期执行以下 update.packages()

Bioconductor的安装和更新方法

1 2	source('http://bioconductor.org/biocLite.R') biocLite('myPackage')

4. 卸载R包

1	remove.packages('myPackage')

5. R包相关函数

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# 查看包的安装目录 .libPaths() # 查看已经安装的包目录 library() # 查看已安装包信息 installed.packages() # 载入myPackage包 library(myPackage) require(myPackage) # 查看当前载入的包 search() # 查看启动R时自动载入的包。 getOption('defaultPackages')

6. 帮助信息查询

6.1 R和R包帮助信息

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# 查询R HOME安装地址 Sys.getenv('R_HOME') # 查询用户HOME地址 Sys.getenv('HOME') # 查看某个“函数”或者“方法”的详细内容 ?myFunction ?myMethod # 关键词查询 ??myKeyword # 查看已经安装包的详细HTML文档 help.start() # 搜索R网站上的“helpinfor”相关信息 RSiteSearch('helpinputinfor') # 查看“myPackage”的帮助 help(package = 'myPackage') # 有的包，特别是bioconductor的包有vignette，用函数查看 vignette('myPackage') # 这个函数也可以查看vignette，更好用一些 openVignette('myPackage') # 展示一些包中demostration demo('package')

6.2 查询对象信息

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# 查看"myPackage"中的所有对象 ls('package:myPackage') # 查看函数的参数 args(myFunction) # 自动运行该函数帮助文档中的例子 example(myFunction) # 查看某个对象的模式（mode） mode(myObject) # 查看某个对象的属性（attribute） attributes(myObject) # 快速查看某个对象的信息 # 尤其适用于对象有很多行/列 str(myObject) # 查看某个对象的类 class(myObject) # 查询某个中某个类的帮助信息，举例如下 class?graph::graph # 查看某个S3泛型函数中所有的方法或者一个类中所有的方法（S3：S version 3） methods('myMethods') # 查看S4类的方法 showMethods(class = 'myClass') # 查看某个类或者包的具体内容 getClass('class/package') # 查看某个类的slot getSlots('class') # 查看某个对象的slot slotNames(myObject) # 访问对象的slot值使用@，可以连续用 Myobject@slotNames

7. 查看函数源代码

7.1 普通函数源代码

直接输入函数名称，不加后面的括号。比如:

1

> fivenum

7.2 查询S3/S4函数源代码

因为如果使用了R的S3和S4方法，可能一个函数名称对应的多个不同的方法（对应不同的对象）。这时，采用的策略是：

1. 查询函数对应的方法

2. 查询具体方法对应的源代码

比如t.test的源代码

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> t.test function (x, ...) UseMethod("t.test") <bytecode: 0x244a248> <environment: namespace:stats> # 查询S3对象的方法 > methods('t.test') [1] t.test.default* t.test.formula* Non-visible functions are asterisked # 查看源代码，三种方法 > getAnywhere('t.test.default') > getS3method('t.test','default') > stats:::t.test.default

另外一个例子，查询affy包中pm()的源代码：

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> library(affy) > pm standardGeneric for "pm" defined from package "affy" function (object, ...) standardGeneric("pm") <environment: 0x4496f10> Methods may be defined for arguments: object Use showMethods("pm") for currently available ones. > findMethods('pm')

转自：http://yulongniu.bionutshell.org/blog/2010/09/04/linux-install-r/