PageRank的CUDA实现

这里的程序用的公式是老版的，

PR_Temp[i] = (1 - Alpha)  + Alpha*(sum); 
没有除以N。

Google后来调整时使用了(1 - Alpha)/N,公式的其他部分未作任何变动.

先生成需要的数据:

</pre><p></p><p style="font-family:'Microsoft YaHei',SimSun,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif; line-height:21px; font-size:14px"><span style="font-family:Helvetica,Tahoma,Arial,sans-serif; line-height:25.2000007629395px"><span style="font-family:Helvetica,Tahoma,Arial,sans-serif; font-size:14px; line-height:25.2000007629395px">再来看看原始的C++代码：</span></span></p><p style="font-family:'Microsoft YaHei',SimSun,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif; line-height:21px; font-size:14px"><span style="font-family:Helvetica,Tahoma,Arial,sans-serif; line-height:25.2000007629395px"><span style="font-family:Helvetica,Tahoma,Arial,sans-serif; font-size:14px; line-height:25.2000007629395px"></span></span></p><p style="font-family:'Microsoft YaHei',SimSun,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif; line-height:21px; font-size:14px"><span style="font-family:Helvetica,Tahoma,Arial,sans-serif; line-height:25.2000007629395px"><span style="font-family:Helvetica,Tahoma,Arial,sans-serif; font-size:14px; line-height:25.2000007629395px"></span></span></p><pre name="code" class="cpp">#include<stdio.h>
#include<time.h>
#include<iostream>
#include<fstream>
using namespace std;

#define numberOfVertex  500
#define Max_Iteration_Number 10000
#define Alpha 0.85
#define InitPageRankValue 6
#define END_WEIGHT 1e-7
 

//END condition: when the PR value stable
bool END(float a[], float b[])
{
    float sum = 0;
    for (int i = 0; i < numberOfVertex ; ++i)
    {
        sum += abs(a[i] - b[i]);
    }
    cout << sum << endl;
    if (sum < END_WEIGHT)
    {
        return true;
    }
 
    return false;
}


void PageRank(float *Graph, float PR[])
{
    //Display the Graph:

    /*for (int i = 0; i < numberOfVertex; ++i)
    {
        for (int j = 0; j < numberOfVertex; ++j)
        {
            printf("%f\t", *(Graph +i*numberOfVertex +j));
        }
        printf("\n");
    }
*/
    Calculate the sum of out-degree of every vertex
    eg. the sum of every line
    clock_t begin, end;
    float PR_Temp[numberOfVertex ];
 
    begin = clock();
    int iter = 0;  //迭代次数
    for (int m = 0; m < Max_Iteration_Number; ++m)
    {
        iter++;
        float sumOfOutDegree[numberOfVertex ];
        for (int i = 0; i < numberOfVertex ; ++i)  //初始化
        {
            sumOfOutDegree[i] = 0.0;
        }
 
        //Calculate the sum of degree of each vertex
        for (int i = 0; i < numberOfVertex ; ++i)
        {
            float sum = 0;
            for (int j = 0; j < numberOfVertex ; ++j)
            {
                sum += *(Graph +i*numberOfVertex  +j);
            }
            sumOfOutDegree[i] = sum;
        }
 
        //Calculate the PR value of every vertex.
        for (int i = 0; i < numberOfVertex ; ++i)
        {
            float sum = 0;
            int k = 0;
            for (int j = i; j < numberOfVertex *numberOfVertex  ; 
                                                    j += numberOfVertex )
            {
                if (*(Graph + j) == 1)
                {
                    if(sumOfOutDegree[k] != 0)
                        sum += PR[k] / sumOfOutDegree[k];
                }
                k++;
                //printf("%f\n", sum);
            }
            PR_Temp[i] = (1 - Alpha)  + Alpha*(sum);
        }
 
        if (END(PR_Temp, PR))
        {
            break;
        }
        else{
            for (int i = 0; i < numberOfVertex ; ++i)
            {
                PR[i] = PR_Temp[i];
            }
        }
 
    }
    end = clock();
    printf("Calculate %d iteration of PageRank value cost us:%d ms.\n",
                                                        iter, end - begin);
 
}

int main(){
	float arc[500][500];
	for (int i=0; i<numberOfVertex; i++)    //初始化邻接矩阵
	 for (int j=0; j<numberOfVertex; j++)
		arc[i][j]=0;

	float PR[500];
	for(int n=0;n<500;n++)
	  PR[n] =  1.0/500;

	ifstream fin("Graph.txt");
	
	int k,l;
	while(fin>>k>>l)
	{
		arc[k][l] = 1;
		 
	}

	 float (*Graph)[500]=arc;

	PageRank(*Graph,PR);

	fin.close();               //读取完毕后,关闭文件
}

该函数在main中首先根据文件建立了一个邻接矩阵。

 for (int j = i; j < numberOfVertex *numberOfVertex  ; 
                                                    j += numberOfVertex )
            {
                if (*(Graph + j) == 1)
                {
                    if(sumOfOutDegree[k] != 0)
                        sum += PR[k] / sumOfOutDegree[k];
                }
                k++;
                //printf("%f\n", sum);
            }

关于这段代码

 int k = 0;
            for (int j = i; j < numberOfVertex *numberOfVertex  ; 
                                                    j += numberOfVertex )
            {
                if (*(Graph + j) == 1)
                {
                    if(sumOfOutDegree[k] != 0)
                        sum += PR[k] / sumOfOutDegree[k];
                }
                k++;
                //printf("%f\n", sum);
            }

看下图就一目了然了：

这个表表示一个邻接矩阵，如果存在链接  u->v ，则该点为1.

现在我们想统计第i个节点的PR值。比如第2个节点的PR值，所用到的该邻接矩阵中的应该是所有指向该节点的值的sum， 也就是绿色圈出来的那一列。。刚开始 *(Graph + j)  是第一行中个绿色圈中的那一个1. 然后j加了numberOfVertex 就跳到第二行了。

好了，再看CUDA 的，现在CUDA优化的思想很简单，在CPU上，我们使用1个线程，串行的计算每个节点的PR值，在上面的代码中，我们也能看到，这个串行算法的时间复杂度为O(n^2)。使用CUDA，我们可以使用与节点数量相同的线程，用一个线程计算一个节点的PR值。

所以CUDA的函数分为两部分，首先在单个线程上计算单个节点的出度数

然后，在单个线程上，计算单个节点的PR值：

代码略