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dataanalysis
Rosebud的记录本
不定时更新
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训练新库 v5-7 无bug版本
新一批的数据选的是v5-7区,之前silva v3-4区的训练库不合适了,所以要重新训练适合自己数据的库。按照Qiime2官网的教程1.Obtaining and importing reference data sets1.1 首先,第一步先下载好所需的文件:序列文件和taxonomy文件。于是我得到了两个文件:silva-138-99-seqs.qza和silva-138-99-tax.qza2.Extract reference reads已有研究表明,当朴素贝叶斯分类器只对已测序原创 2021-12-17 00:09:33 · 227 阅读 · 0 评论 -
excel 两列数据合并去重取并集
想把两个数据集取并集数据——合并计算选择好两个数据区域,确定即可。然后就得到:原创 2021-09-25 13:49:18 · 8725 阅读 · 0 评论 -
Error in seq.default(-m, m, length.out = n + 1) : ‘from‘ must be a finite number
bug:Error in seq.default(-m, m, length.out = n + 1) :‘from’ must be a finite number解决:原始文件中有无限小数,将其四舍五入为整数,再跑一次即可原创 2021-09-23 12:29:47 · 8703 阅读 · 15 评论 -
line 1 appears to contain embedded nulls
如下:原因:可能在Windows下编辑过,保存的是UTF-16的格式,用R读取可能会出现这样的问题解决方法:fileEncoding="UTF16LE"或者fileEncoding=“UTF16”原创 2021-09-18 08:30:25 · 8498 阅读 · 2 评论 -
Error in if (pvalue > 0.05) { : missing value where TRUE/FALSE needed
场景:导入数据正常,根据ANOVA算平均值和均值的时候,出现了这个errorError in if (pvalue > 0.05) { : missing value where TRUE/FALSE needed将数据中每个OTU reads数之和等于0的那一列/行删掉,重新导入就可以了,同时注意修改“应变量(待检验指标)的终止列数”相应的参数即可...原创 2021-09-18 07:35:10 · 12286 阅读 · 1 评论 -
excel小妙招:同时选中有共同特征的单元格
情景:我想把表格中所有含有a这个字母的表格标记成红色字体操作:1.首先打开查找与替换,输入a,查找全部,下面就会出现很多2.接着,点下面任意一个链接,然后Ctrl+A,就会全部选中里面提供的的单元格,然后点击红色字体,当当当当~出现啦!...原创 2021-09-17 13:34:09 · 730 阅读 · 0 评论 -
UNITE数据库怎么用
UNITE数据库怎么用首先,从UNITE官网下载数据库,得到一个压缩包拿到后,要将其转化Qiime2可用的,用下面的代码就可以实现:但是,我在做的时候发现,这样注释出来的有很多unassigned,所以,需要对这个库进行训练:UNITE(https://unite.ut.ee)是一个基于网络的真菌分子鉴定数据库和序列管理环境。它的目标是形成正式的真菌条形码——核核糖体内部转录间隔区(ITS)区域,并提供所有~1,000,000公共真菌ITS参考序列。不过,往往因为网络问题,上不去这个网。首先,从UNI原创 2021-04-13 12:53:22 · 5705 阅读 · 14 评论