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RSS订阅原创 Error in `arrange()`: ! Can‘t transform a data frame with `NA` or `““` names.
最后发现，是数据中的“phylum”大小写不对，导致找不到对象，一一对应后即可顺利推进。问题：给Taxonomy排序，并筛选OTU表中存在的。
2023-12-22 23:21:03
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原创 R中colortools包安装不上
在R中安装colortools包时，显示：package ‘xxxx’ is not available (for R version xxx)。后续尝试了BiocManager、devtools::install_local都不可以。刚开始以为时R版本的问题，更改版本后也无济于事。然后就成功可以加载了！
2023-11-03 23:21:13
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原创 【Endnote】如何出现“作者（年份） found that ....”的格式？
然后，将此处的default改成Display as: Author (Year)
2023-09-10 23:25:54
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原创 如何将.qza文件转化成.nwk文件？
首先，进入到rooted-tree.qza和unrooted-tree.qza的文件夹里面（rooted-tree.qza和unrooted-tree.qza是在跑数据的前期得到的）1.用QIIME2的方法。其次，激活qiime2。
2023-06-14 21:19:11
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原创 训练新库 v5-7 无bug版本
新一批的数据选的是v5-7区，之前silva v3-4区的训练库不合适了，所以要重新训练适合自己数据的库。按照Qiime2官网的教程1.Obtaining and importing reference data sets1.1 首先，第一步先下载好所需的文件：序列文件和taxonomy文件。于是我得到了两个文件：silva-138-99-seqs.qza和silva-138-99-tax.qza2.Extract reference reads已有研究表明，当朴素贝叶斯分类器只对已测序
2021-12-17 00:09:33
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原创 Error in seq.default(-m, m, length.out = n + 1) : ‘from‘ must be a finite number
bug：Error in seq.default(-m, m, length.out = n + 1) :‘from’ must be a finite number解决：原始文件中有无限小数，将其四舍五入为整数，再跑一次即可
2021-09-23 12:29:47
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原创 line 1 appears to contain embedded nulls
如下：原因：可能在Windows下编辑过，保存的是UTF-16的格式，用R读取可能会出现这样的问题解决方法：fileEncoding="UTF16LE"或者fileEncoding=“UTF16”
2021-09-18 08:30:25
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原创 Error in if (pvalue ＞ 0.05) { : missing value where TRUE/FALSE needed
场景：导入数据正常，根据ANOVA算平均值和均值的时候，出现了这个errorError in if (pvalue > 0.05) { : missing value where TRUE/FALSE needed将数据中每个OTU reads数之和等于0的那一列/行删掉，重新导入就可以了，同时注意修改“应变量（待检验指标）的终止列数”相应的参数即可...
2021-09-18 07:35:10
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原创 excel小妙招：同时选中有共同特征的单元格
情景：我想把表格中所有含有a这个字母的表格标记成红色字体操作：1.首先打开查找与替换，输入a，查找全部，下面就会出现很多2.接着，点下面任意一个链接，然后Ctrl+A，就会全部选中里面提供的的单元格，然后点击红色字体，当当当当~出现啦！...
2021-09-17 13:34:09
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原创 Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 1 did not ha
一开始分析数据就开始各种bug~好哒，继续记录导入数据的时候，出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 1 did not have 11 elements发现是因为第一行数据里面出现了空格，用连接符“-”也不可以去掉就好啦~...
2021-09-16 16:35:32
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原创 如何用Excel把两列文字合并到一起
如何用Excel把三列文字合并到一起想把前三列拼接在一起，生成G列的样式灰常简单~在空白列G1里输入=，然后用鼠标单击列A1&E1&F1 ，回车。然后拉下来就ok啦
2021-09-15 11:28:02
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原创 R语言安装ggcor包
找了很多方法，一直安装不上去，后来把包下载了本地，用本地安装的方法，也还是报错。后来兜兜转转找到了这个方法，非常好用！参考了看见你啦，自己根据实际情况，也稍作修改。1.下载ggcor包到本地ggcor包的链接链接：https://pan.baidu.com/s/1SlAWnfYmpwufjBwx23rKAQ提取码：movq2.将zip压缩包解压缩，放到R的library文件夹内（这个要看自己的保存路径，我的是D:/R-4.0.5/library/ggcor_master，其中4.0.5是R的版本号
2021-06-06 19:37:16
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原创 RStudio安装包的时候出现超时导致error
如图，出现了bug有人说下载失败可能与IE代理设置有关，具体办法是:Tools->Global Options->Packages下的后两个选项勾掉，我自己顺便换了一个镜像，发现可以成功下载了。
2021-05-15 21:03:18
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原创 UNITE数据库怎么用
UNITE数据库怎么用首先，从UNITE官网下载数据库，得到一个压缩包拿到后，要将其转化Qiime2可用的，用下面的代码就可以实现：但是，我在做的时候发现，这样注释出来的有很多unassigned，所以，需要对这个库进行训练：UNITE（https://unite.ut.ee）是一个基于网络的真菌分子鉴定数据库和序列管理环境。它的目标是形成正式的真菌条形码——核核糖体内部转录间隔区（ITS）区域，并提供所有～1,000,000公共真菌ITS参考序列。不过，往往因为网络问题，上不去这个网。首先，从UNI
2021-04-13 12:53:22
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转载 R语言安装ggbiplot
R语言安装ggbiplotggbiplot画主成分图的案例，让人印象很深，但是用起来好像没那么容易，需要在github上下载安装。但是，ggbiplot在安装的时候经常遇到问题。按照网上的安装流程：install.packages("devtools")library(devtools)install_github("vqv/ggbiplot")但是总有许多问题，比如：library(devtools)Error in library(devtools) : 不存在叫‘devtools’这个
2020-11-13 20:29:46
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原创 界门纲目科属种的英文——学生物的基础
域(Domain)界（Kingdom）门（Phylum）纲（Class）目（Order）科（Family）属（Genus）种（Species）
2020-11-13 19:09:05
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原创 Excel已检测到.txt文件是SYLK文件,但是不能将其加载
今天处理数据，当我打开一个文本文件时，解释如下：当您打开一个文本文件、 CSV 文件和文件的前两个字符是将大写字母"I"，"D"时，会发生此问题。例如文本文件可能包含以下文本：ID, STATUS 123, open 456, closed如果前两个字母小写"i"和"d"不会发生此问题的 。...
2020-11-13 19:05:59
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原创 R内置数据集
向量euro #欧元汇率，长度为11，每个元素都有命名landmasses #48个陆地的面积，每个都有命名precip #长度为70的命名向量rivers #北美141条河流长度state.abb #美国50个州的双字母缩写state.area #美国50个州的面积state.name #美国50个州的全称因子state.division #美国50个州的分类，9个类别state.region #美国50个州的地理分类矩阵、数组e
2020-08-24 17:04:13
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原创 R中的数据类型和数据结构
R中的数据类型1.数值型，数值可以用于直接结算，加减乘除2.字符串型，可以进行连接，转换，提取等3.逻辑型，真或者假4.日期型等
2020-08-24 15:40:03
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原创 PICRUSt2的用法
PICRUSt2的用法前提是已经安装好Qiime和PICRUSt2。1.激活qiime2(这一步需要在ubuntu中进行，在Ubuntu中打开qiime2的命令) #进入qiime2环境 # 激活环境 source activate # 退出环境 conda deactivate conda activate qiime2-2020.2 qiime --help2.进入PICRUSt2的路径PICRUSt2就在home目录中，用cd命令进去就行。3.然后把table
2020-08-15 14:39:21
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原创 Origin做的图怎么复制到ppt和word文档
我用的版本比较老，是Origin8.0复制的话我们平时都是右击，点“复制”，或者直接“Ctrl+C”,但是这样复制origin的图是不行的，不能直接点“copy”。页面左上角的标题栏第二个“Edit”，即为编辑的意思，点开“Edit”，看到有很多选项，有个“copy Page”，即为复制页面，可以看到后面提示了“Ctrl+J”打开PPT或Word，右击，选择粘贴选项即可...
2020-08-04 21:57:47
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原创 如何判断自己的电脑有没有装java(windows7版本)
有些软件安装需要在Java环境下安装，这时候首先要判断一下自己的电脑上是否安装Java。我的电脑系统版本是Windows7，就以次为例：1.点击win7的开始菜单 ，在“搜索程序和文件”中输入“cmd”2.点击“cmd.exe”，得到：3.输入java，若本电脑中安装有java，则会出现：表明jdk,jre已经安装了。4.如果提示’java’ 不是内部或外部命令，也不是可运行的程序或批处理文件，表明没有安装5.输入java -version顺便可以查看java版本...
2020-07-29 09:30:21
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原创 R版本更新
打开好久不用的RStudio，加载包的时候各种报错，最后发现是因为R的版本比较旧，于是更新一下R 的版本。系统：win7方式：推荐打开RGui界面进行升级，而不要再RStudio中直接输入命令包：installr# 安装包，如果已经有此包可跳过此步骤install.packages("installr") # 加载包，升级library(installr)updateR()...
2020-06-14 14:30:10
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原创 在Windows上远程在linux服务器上创建新用户
想在服务器上创建新用户，方便以后使用。我是在自己电脑上远程服务器的（具体远程操作流程可见另一篇文章Windows远程连接服务器Linux账户进入终端之后，输入useradd bella然后发现不被允许查资料Cannot lock /etc/passwd; try again later后，发现这个bug要加上sudo，用来获取超级用户权限所以，我输入sudo useradd bella然后让我输入密码，我还以为是要自己设置一个新密码，结果连续三次都是Sorry，try again。实际上
2020-06-12 13:59:42
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原创 Windows远程连接服务器Linux账户
我们实验室的服务器系统是Ubuntu系统，联网方式：Terminal里输入zjunet useradd，然后输入校网账号密码，再用zjunet vpn - c局域网用putty软件进行远程连接：ssh tian@10.75.81.123，密码：自己知道下载Putty软件输入putty后第一个链接就是了点进去，下载。只有3M左右，方便小巧。安装好后，打开PuTTY就会出现下面这个界面，端口默认22，链接类型SSH，这时候在IP address输入tian@10.75.81.123，点ope
2020-06-12 13:39:50
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原创 Linux的常用命令
Linux的常用命令pwd：列出当前目录的完整路径，明确你在哪；cd ：跳转到其他目录，两个好用的cd命令，“cd -” 跳回最近一次的目录，“cd …” 退回上一层目录；ls：列出当前目录内容，最好加上 -l -rt 参数，会更加清晰，目的是明确目录下都有什么；mkdir：创建目录；rm：删除文件或者目录；mv：重命名文件或者目录；cat：打开文本文件，内容输出到屏幕；less -SN：打开文本文件，这个是查看文本文件更合适的方式；head -n：查看文件前n行；tail -n：查看文
2020-06-12 12:30:59
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原创 PCE投稿要求
进入PCE的投稿网址 http://mc.manuscriptcentral.com/pce查了一下，大家都建议创建ORCID号，于是按照指示创建了https://orcid.org/0000-0002-1529-0392蓝色笔圈起来的是一些投稿指导，于是打开Instructions & FormsInstructions & Forms发现里面有一个网址https:/...
2020-05-21 13:18:33
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原创 APA文献引用格式
APA格式是一个为广泛接受的研究论文撰写格式，特别针对社会科学领域的研究，规范学术文献的引用和参考文献的撰写方法，以及表格、图表、注脚和附录的编排方式。APA格式是一个为广泛接受的研究论文撰写格式，特别针对社会科学领域的研究，规范学术文献的引用和参考文献的撰写方法，以及表格、图表、注脚和附录的编排方式。[1]APA 格式引用期刊印刷期刊姓, 名. (发行年). 文章名. 期刊名, 卷(期)...
2020-05-21 13:18:12
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原创 R语言与生物信息绘图1：基础介绍——数据类型及其简单用法
基础介绍——数据类型及其简单用法在R console中输入data函数，就可以得到R语言内置数据集。data()然后就可以看到按字母顺序的内置的数据集：我们在学习R语言绘图的时候要时刻知道输入数据的结构和类型。可以使用class函数来查看。例如：数值向量可以直接用来画点图，饼图，条形图，直方图等。在R console中敲 class(rivers)结果返回：numeric，...
2020-04-19 16:55:26
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原创 Endnote中的参考文献是网页，应该如何设置呢？
工具栏有一个“New Reference”按钮，点击后，会出现将Reference Type设置成Web Page，会看见下面的一些设置会相应变化。根据自己可以获得的信息，能填多少填多少，补充完信息后关闭保存。这样参考网页类参考文献就导入到endnote中了。...
2020-03-22 21:20:04
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原创 用Endnote向论文中插入的文献时，用backspace删掉后还会自动恢复，怎样才能不让恢复呢？
问题：用Endnote向论文中插入的文献时，如果插入的位置弄错，或者要删掉某个参考文献，用backspace删掉后还会自动恢复，怎样才能不让恢复呢？解决方案：Word中点Endnote的工具栏，选择 Edit & Manage Citations，再选择对应的文献，点Remove就可以了...
2020-03-22 20:10:20
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原创 当我要保存R中的编码的时候，提示choose encoding
当我要保存R中的编码的时候，提示让我choose encoding，如图这个涉及到编码的一些知识，我从RStudio的网站.上找到了答案：If in doubt about which encoding to use, use UTF-8, as it can encode any Unicode character.也就是说：如果不确定要使用哪种编码，请使用UTF-8，因为它可以编码任何...
2020-03-14 20:45:23
11002
原创 当R语言报错的各种情况（不断收集更新ing）
1.报错显示“没有某个函数”时，因为这个mutate函数是 dplyr 包中的函数，没有加载这个包，就无法使用这个函数。如果想知道该函数属于哪个包的话，可以搜然后在R中加载对应的包即可！哇哦！动起手来吧！...
2020-03-14 19:47:01
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原创 Rstudio 设置工作路径
默认工作路径一般是Rstudio的安装主目录，如“D:\Program Files\RStudio”，而我们一般会设置一个专门的路径用于保存数据文档和脚本。在Tools主菜单下，点击Global options，如下图：在default working directory 中可以修改默认工作路径，点browse修改，然后保存，重新打开Rstudio后工作路径就变成已修改的路径了。当我们在...
2020-03-14 19:19:15
12925
1
空空如也
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