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原创 Error in `arrange()`: ! Can‘t transform a data frame with `NA` or `““` names.
最后发现,是数据中的“phylum”大小写不对,导致找不到对象,一一对应后即可顺利推进。问题:给Taxonomy排序,并筛选OTU表中存在的。
2023-12-22 23:21:03
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原创 R中colortools包安装不上
在R中安装colortools包时,显示:package ‘xxxx’ is not available (for R version xxx)。后续尝试了BiocManager、devtools::install_local都不可以。刚开始以为时R版本的问题,更改版本后也无济于事。然后就成功可以加载了!
2023-11-03 23:21:13
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原创 【Endnote】如何出现“作者(年份) found that ....”的格式?
然后,将此处的default改成Display as: Author (Year)
2023-09-10 23:25:54
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原创 如何将.qza文件转化成.nwk文件?
首先,进入到rooted-tree.qza和unrooted-tree.qza的文件夹里面(rooted-tree.qza和unrooted-tree.qza是在跑数据的前期得到的)1.用QIIME2的方法。其次,激活qiime2。
2023-06-14 21:19:11
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原创 训练新库 v5-7 无bug版本
新一批的数据选的是v5-7区,之前silva v3-4区的训练库不合适了,所以要重新训练适合自己数据的库。按照Qiime2官网的教程1.Obtaining and importing reference data sets1.1 首先,第一步先下载好所需的文件:序列文件和taxonomy文件。于是我得到了两个文件:silva-138-99-seqs.qza和silva-138-99-tax.qza2.Extract reference reads已有研究表明,当朴素贝叶斯分类器只对已测序
2021-12-17 00:09:33
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原创 Error in seq.default(-m, m, length.out = n + 1) : ‘from‘ must be a finite number
bug:Error in seq.default(-m, m, length.out = n + 1) :‘from’ must be a finite number解决:原始文件中有无限小数,将其四舍五入为整数,再跑一次即可
2021-09-23 12:29:47
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原创 line 1 appears to contain embedded nulls
如下:原因:可能在Windows下编辑过,保存的是UTF-16的格式,用R读取可能会出现这样的问题解决方法:fileEncoding="UTF16LE"或者fileEncoding=“UTF16”
2021-09-18 08:30:25
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原创 Error in if (pvalue > 0.05) { : missing value where TRUE/FALSE needed
场景:导入数据正常,根据ANOVA算平均值和均值的时候,出现了这个errorError in if (pvalue > 0.05) { : missing value where TRUE/FALSE needed将数据中每个OTU reads数之和等于0的那一列/行删掉,重新导入就可以了,同时注意修改“应变量(待检验指标)的终止列数”相应的参数即可...
2021-09-18 07:35:10
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原创 excel小妙招:同时选中有共同特征的单元格
情景:我想把表格中所有含有a这个字母的表格标记成红色字体操作:1.首先打开查找与替换,输入a,查找全部,下面就会出现很多2.接着,点下面任意一个链接,然后Ctrl+A,就会全部选中里面提供的的单元格,然后点击红色字体,当当当当~出现啦!...
2021-09-17 13:34:09
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原创 Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 1 did not ha
一开始分析数据就开始各种bug~好哒,继续记录导入数据的时候,出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 1 did not have 11 elements发现是因为第一行数据里面出现了空格,用连接符“-”也不可以去掉就好啦~...
2021-09-16 16:35:32
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原创 如何用Excel把两列文字合并到一起
如何用Excel把三列文字合并到一起想把前三列拼接在一起,生成G列的样式灰常简单~在空白列G1里输入=,然后用鼠标单击列A1&E1&F1 ,回车。然后拉下来就ok啦
2021-09-15 11:28:02
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原创 R语言安装ggcor包
找了很多方法,一直安装不上去,后来把包下载了本地,用本地安装的方法,也还是报错。后来兜兜转转找到了这个方法,非常好用!参考了看见你啦,自己根据实际情况,也稍作修改。1.下载ggcor包到本地ggcor包的链接链接:https://pan.baidu.com/s/1SlAWnfYmpwufjBwx23rKAQ提取码:movq2.将zip压缩包解压缩,放到R的library文件夹内(这个要看自己的保存路径,我的是D:/R-4.0.5/library/ggcor_master,其中4.0.5是R的版本号
2021-06-06 19:37:16
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原创 RStudio安装包的时候出现超时导致error
如图,出现了bug有人说下载失败可能与IE代理设置有关,具体办法是:Tools->Global Options->Packages下的后两个选项勾掉,我自己顺便换了一个镜像,发现可以成功下载了。
2021-05-15 21:03:18
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原创 UNITE数据库怎么用
UNITE数据库怎么用首先,从UNITE官网下载数据库,得到一个压缩包拿到后,要将其转化Qiime2可用的,用下面的代码就可以实现:但是,我在做的时候发现,这样注释出来的有很多unassigned,所以,需要对这个库进行训练:UNITE(https://unite.ut.ee)是一个基于网络的真菌分子鉴定数据库和序列管理环境。它的目标是形成正式的真菌条形码——核核糖体内部转录间隔区(ITS)区域,并提供所有~1,000,000公共真菌ITS参考序列。不过,往往因为网络问题,上不去这个网。首先,从UNI
2021-04-13 12:53:22
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转载 R语言安装ggbiplot
R语言安装ggbiplotggbiplot画主成分图的案例,让人印象很深,但是用起来好像没那么容易,需要在github上下载安装。但是,ggbiplot在安装的时候经常遇到问题。按照网上的安装流程:install.packages("devtools")library(devtools)install_github("vqv/ggbiplot")但是总有许多问题,比如:library(devtools)Error in library(devtools) : 不存在叫‘devtools’这个
2020-11-13 20:29:46
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原创 界门纲目科属种的英文——学生物的基础
域(Domain)界(Kingdom)门(Phylum)纲(Class)目(Order)科(Family)属(Genus)种(Species)
2020-11-13 19:09:05
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原创 Excel已检测到.txt文件是SYLK文件,但是不能将其加载
今天处理数据,当我打开一个文本文件时,解释如下:当您打开一个文本文件、 CSV 文件和文件的前两个字符是将大写字母"I","D"时,会发生此问题。例如文本文件可能包含以下文本:ID, STATUS 123, open 456, closed如果前两个字母小写"i"和"d"不会发生此问题的 。...
2020-11-13 19:05:59
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原创 R内置数据集
向量euro #欧元汇率,长度为11,每个元素都有命名landmasses #48个陆地的面积,每个都有命名precip #长度为70的命名向量rivers #北美141条河流长度state.abb #美国50个州的双字母缩写state.area #美国50个州的面积state.name #美国50个州的全称因子state.division #美国50个州的分类,9个类别state.region #美国50个州的地理分类矩阵、数组e
2020-08-24 17:04:13
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原创 R中的数据类型和数据结构
R中的数据类型1.数值型,数值可以用于直接结算,加减乘除2.字符串型,可以进行连接,转换,提取等3.逻辑型,真或者假4.日期型等
2020-08-24 15:40:03
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原创 PICRUSt2的用法
PICRUSt2的用法前提是已经安装好Qiime和PICRUSt2。1.激活qiime2(这一步需要在ubuntu中进行,在Ubuntu中打开qiime2的命令) #进入qiime2环境 # 激活环境 source activate # 退出环境 conda deactivate conda activate qiime2-2020.2 qiime --help2.进入PICRUSt2的路径PICRUSt2就在home目录中,用cd命令进去就行。3.然后把table
2020-08-15 14:39:21
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原创 Origin做的图怎么复制到ppt和word文档
我用的版本比较老,是Origin8.0复制的话我们平时都是右击,点“复制”,或者直接“Ctrl+C”,但是这样复制origin的图是不行的,不能直接点“copy”。页面左上角的标题栏第二个“Edit”,即为编辑的意思,点开“Edit”,看到有很多选项,有个“copy Page”,即为复制页面,可以看到后面提示了“Ctrl+J”打开PPT或Word,右击,选择粘贴选项即可...
2020-08-04 21:57:47
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原创 如何判断自己的电脑有没有装java(windows7版本)
有些软件安装需要在Java环境下安装,这时候首先要判断一下自己的电脑上是否安装Java。我的电脑系统版本是Windows7,就以次为例:1.点击win7的开始菜单 ,在“搜索程序和文件”中输入“cmd”2.点击“cmd.exe”,得到:3.输入java,若本电脑中安装有java,则会出现:表明jdk,jre已经安装了。4.如果提示’java’ 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序或批处理文件,表明没有安装5.输入java -version顺便可以查看java版本...
2020-07-29 09:30:21
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原创 R版本更新
打开好久不用的RStudio,加载包的时候各种报错,最后发现是因为R的版本比较旧,于是更新一下R 的版本。系统:win7方式:推荐打开RGui界面进行升级,而不要再RStudio中直接输入命令包:installr# 安装包,如果已经有此包可跳过此步骤install.packages("installr") # 加载包,升级library(installr)updateR()...
2020-06-14 14:30:10
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原创 在Windows上远程在linux服务器上创建新用户
想在服务器上创建新用户,方便以后使用。我是在自己电脑上远程服务器的(具体远程操作流程可见另一篇文章Windows远程连接服务器Linux账户进入终端之后,输入useradd bella然后发现不被允许查资料Cannot lock /etc/passwd; try again later后,发现这个bug要加上sudo,用来获取超级用户权限所以,我输入sudo useradd bella然后让我输入密码,我还以为是要自己设置一个新密码,结果连续三次都是Sorry,try again。实际上
2020-06-12 13:59:42
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原创 Windows远程连接服务器Linux账户
我们实验室的服务器系统是Ubuntu系统,联网方式:Terminal里输入zjunet useradd,然后输入校网账号密码,再用zjunet vpn - c局域网用putty软件进行远程连接:ssh tian@10.75.81.123,密码:自己知道下载Putty软件输入putty后第一个链接就是了点进去,下载。只有3M左右,方便小巧。安装好后,打开PuTTY就会出现下面这个界面,端口默认22,链接类型SSH,这时候在IP address输入tian@10.75.81.123,点ope
2020-06-12 13:39:50
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原创 Linux的常用命令
Linux的常用命令pwd:列出当前目录的完整路径,明确你在哪;cd :跳转到其他目录,两个好用的cd命令,“cd -” 跳回最近一次的目录,“cd …” 退回上一层目录;ls:列出当前目录内容,最好加上 -l -rt 参数,会更加清晰,目的是明确目录下都有什么;mkdir:创建目录;rm:删除文件或者目录;mv:重命名文件或者目录;cat:打开文本文件,内容输出到屏幕;less -SN:打开文本文件,这个是查看文本文件更合适的方式;head -n:查看文件前n行;tail -n:查看文
2020-06-12 12:30:59
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原创 PCE投稿要求
进入PCE的投稿网址 http://mc.manuscriptcentral.com/pce查了一下,大家都建议创建ORCID号,于是按照指示创建了https://orcid.org/0000-0002-1529-0392蓝色笔圈起来的是一些投稿指导,于是打开Instructions & FormsInstructions & Forms发现里面有一个网址https:/...
2020-05-21 13:18:33
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原创 APA文献引用格式
APA格式是一个为广泛接受的研究论文撰写格式,特别针对社会科学领域的研究,规范学术文献的引用和参考文献的撰写方法,以及表格、图表、注脚和附录的编排方式。APA格式是一个为广泛接受的研究论文撰写格式,特别针对社会科学领域的研究,规范学术文献的引用和参考文献的撰写方法,以及表格、图表、注脚和附录的编排方式。[1]APA 格式引用期刊印刷期刊姓, 名. (发行年). 文章名. 期刊名, 卷(期)...
2020-05-21 13:18:12
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原创 R语言与生物信息绘图1:基础介绍——数据类型及其简单用法
基础介绍——数据类型及其简单用法在R console中输入data函数,就可以得到R语言内置数据集。data()然后就可以看到按字母顺序的内置的数据集:我们在学习R语言绘图的时候要时刻知道输入数据的结构和类型。可以使用class函数来查看。例如:数值向量可以直接用来画点图,饼图,条形图,直方图等。在R console中敲 class(rivers)结果返回:numeric,...
2020-04-19 16:55:26
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原创 Endnote中的参考文献是网页,应该如何设置呢?
工具栏有一个“New Reference”按钮,点击后,会出现将Reference Type设置成Web Page,会看见下面的一些设置会相应变化。根据自己可以获得的信息,能填多少填多少,补充完信息后关闭保存。这样参考网页类参考文献就导入到endnote中了。...
2020-03-22 21:20:04
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原创 用Endnote向论文中插入的文献时,用backspace删掉后还会自动恢复,怎样才能不让恢复呢?
问题:用Endnote向论文中插入的文献时,如果插入的位置弄错,或者要删掉某个参考文献,用backspace删掉后还会自动恢复,怎样才能不让恢复呢?解决方案:Word中点Endnote的工具栏,选择 Edit & Manage Citations,再选择对应的文献,点Remove就可以了...
2020-03-22 20:10:20
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原创 当我要保存R中的编码的时候,提示choose encoding
当我要保存R中的编码的时候,提示让我choose encoding,如图这个涉及到编码的一些知识,我从RStudio的网站.上找到了答案:If in doubt about which encoding to use, use UTF-8, as it can encode any Unicode character.也就是说:如果不确定要使用哪种编码,请使用UTF-8,因为它可以编码任何...
2020-03-14 20:45:23
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原创 当R语言报错的各种情况(不断收集更新ing)
1.报错显示“没有某个函数”时,因为这个mutate函数是 dplyr 包中的函数,没有加载这个包,就无法使用这个函数。如果想知道该函数属于哪个包的话,可以搜然后在R中加载对应的包即可!哇哦!动起手来吧!...
2020-03-14 19:47:01
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原创 Rstudio 设置工作路径
默认工作路径一般是Rstudio的安装主目录,如“D:\Program Files\RStudio”,而我们一般会设置一个专门的路径用于保存数据文档和脚本。在Tools主菜单下,点击Global options,如下图:在default working directory 中可以修改默认工作路径,点browse修改,然后保存,重新打开Rstudio后工作路径就变成已修改的路径了。当我们在...
2020-03-14 19:19:15
12925
1
空空如也
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