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训练新库 v5-7 无bug版本
新一批的数据选的是v5-7区,之前silva v3-4区的训练库不合适了,所以要重新训练适合自己数据的库。按照Qiime2官网的教程1.Obtaining and importing reference data sets1.1 首先,第一步先下载好所需的文件:序列文件和taxonomy文件。于是我得到了两个文件:silva-138-99-seqs.qza和silva-138-99-tax.qza2.Extract reference reads已有研究表明,当朴素贝叶斯分类器只对已测序原创 2021-12-17 00:09:33 · 315 阅读 · 0 评论 -
UNITE数据库怎么用
UNITE数据库怎么用首先,从UNITE官网下载数据库,得到一个压缩包拿到后,要将其转化Qiime2可用的,用下面的代码就可以实现:但是,我在做的时候发现,这样注释出来的有很多unassigned,所以,需要对这个库进行训练:UNITE(https://unite.ut.ee)是一个基于网络的真菌分子鉴定数据库和序列管理环境。它的目标是形成正式的真菌条形码——核核糖体内部转录间隔区(ITS)区域,并提供所有~1,000,000公共真菌ITS参考序列。不过,往往因为网络问题,上不去这个网。首先,从UNI原创 2021-04-13 12:53:22 · 6101 阅读 · 14 评论 -
PICRUSt2的用法
PICRUSt2的用法前提是已经安装好Qiime和PICRUSt2。1.激活qiime2(这一步需要在ubuntu中进行,在Ubuntu中打开qiime2的命令) #进入qiime2环境 # 激活环境 source activate # 退出环境 conda deactivate conda activate qiime2-2020.2 qiime --help2.进入PICRUSt2的路径PICRUSt2就在home目录中,用cd命令进去就行。3.然后把table原创 2020-08-15 14:39:21 · 3240 阅读 · 0 评论 -
如何判断自己的电脑有没有装java(windows7版本)
有些软件安装需要在Java环境下安装,这时候首先要判断一下自己的电脑上是否安装Java。我的电脑系统版本是Windows7,就以次为例:1.点击win7的开始菜单 ,在“搜索程序和文件”中输入“cmd”2.点击“cmd.exe”,得到:3.输入java,若本电脑中安装有java,则会出现:表明jdk,jre已经安装了。4.如果提示’java’ 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序或批处理文件,表明没有安装5.输入java -version顺便可以查看java版本...原创 2020-07-29 09:30:21 · 9982 阅读 · 0 评论 -
在Windows上远程在linux服务器上创建新用户
想在服务器上创建新用户,方便以后使用。我是在自己电脑上远程服务器的(具体远程操作流程可见另一篇文章Windows远程连接服务器Linux账户进入终端之后,输入useradd bella然后发现不被允许查资料Cannot lock /etc/passwd; try again later后,发现这个bug要加上sudo,用来获取超级用户权限所以,我输入sudo useradd bella然后让我输入密码,我还以为是要自己设置一个新密码,结果连续三次都是Sorry,try again。实际上原创 2020-06-12 13:59:42 · 493 阅读 · 0 评论 -
Windows远程连接服务器Linux账户
我们实验室的服务器系统是Ubuntu系统,联网方式:Terminal里输入zjunet useradd,然后输入校网账号密码,再用zjunet vpn - c局域网用putty软件进行远程连接:ssh tian@10.75.81.123,密码:自己知道下载Putty软件输入putty后第一个链接就是了点进去,下载。只有3M左右,方便小巧。安装好后,打开PuTTY就会出现下面这个界面,端口默认22,链接类型SSH,这时候在IP address输入tian@10.75.81.123,点ope原创 2020-06-12 13:39:50 · 334 阅读 · 0 评论 -
Linux的常用命令
Linux的常用命令pwd:列出当前目录的完整路径,明确你在哪;cd :跳转到其他目录,两个好用的cd命令,“cd -” 跳回最近一次的目录,“cd …” 退回上一层目录;ls:列出当前目录内容,最好加上 -l -rt 参数,会更加清晰,目的是明确目录下都有什么;mkdir:创建目录;rm:删除文件或者目录;mv:重命名文件或者目录;cat:打开文本文件,内容输出到屏幕;less -SN:打开文本文件,这个是查看文本文件更合适的方式;head -n:查看文件前n行;tail -n:查看文原创 2020-06-12 12:30:59 · 297 阅读 · 0 评论