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R
Rosebud的记录本
不定时更新
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Error in `arrange()`: ! Can‘t transform a data frame with `NA` or `““` names.
最后发现,是数据中的“phylum”大小写不对,导致找不到对象,一一对应后即可顺利推进。问题:给Taxonomy排序,并筛选OTU表中存在的。原创 2023-12-22 23:21:03 · 676 阅读 · 0 评论 -
R中colortools包安装不上
在R中安装colortools包时,显示:package ‘xxxx’ is not available (for R version xxx)。后续尝试了BiocManager、devtools::install_local都不可以。刚开始以为时R版本的问题,更改版本后也无济于事。然后就成功可以加载了!原创 2023-11-03 23:21:13 · 407 阅读 · 2 评论 -
Error in seq.default(-m, m, length.out = n + 1) : ‘from‘ must be a finite number
bug:Error in seq.default(-m, m, length.out = n + 1) :‘from’ must be a finite number解决:原始文件中有无限小数,将其四舍五入为整数,再跑一次即可原创 2021-09-23 12:29:47 · 8703 阅读 · 15 评论 -
line 1 appears to contain embedded nulls
如下:原因:可能在Windows下编辑过,保存的是UTF-16的格式,用R读取可能会出现这样的问题解决方法:fileEncoding="UTF16LE"或者fileEncoding=“UTF16”原创 2021-09-18 08:30:25 · 8498 阅读 · 2 评论 -
Error in if (pvalue > 0.05) { : missing value where TRUE/FALSE needed
场景:导入数据正常,根据ANOVA算平均值和均值的时候,出现了这个errorError in if (pvalue > 0.05) { : missing value where TRUE/FALSE needed将数据中每个OTU reads数之和等于0的那一列/行删掉,重新导入就可以了,同时注意修改“应变量(待检验指标)的终止列数”相应的参数即可...原创 2021-09-18 07:35:10 · 12286 阅读 · 1 评论 -
Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 1 did not ha
一开始分析数据就开始各种bug~好哒,继续记录导入数据的时候,出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 1 did not have 11 elements发现是因为第一行数据里面出现了空格,用连接符“-”也不可以去掉就好啦~...原创 2021-09-16 16:35:32 · 20173 阅读 · 3 评论 -
R语言安装ggcor包
找了很多方法,一直安装不上去,后来把包下载了本地,用本地安装的方法,也还是报错。后来兜兜转转找到了这个方法,非常好用!参考了看见你啦,自己根据实际情况,也稍作修改。1.下载ggcor包到本地ggcor包的链接链接:https://pan.baidu.com/s/1SlAWnfYmpwufjBwx23rKAQ提取码:movq2.将zip压缩包解压缩,放到R的library文件夹内(这个要看自己的保存路径,我的是D:/R-4.0.5/library/ggcor_master,其中4.0.5是R的版本号原创 2021-06-06 19:37:16 · 13276 阅读 · 21 评论 -
RStudio安装包的时候出现超时导致error
如图,出现了bug有人说下载失败可能与IE代理设置有关,具体办法是:Tools->Global Options->Packages下的后两个选项勾掉,我自己顺便换了一个镜像,发现可以成功下载了。原创 2021-05-15 21:03:18 · 1047 阅读 · 0 评论 -
R语言安装ggbiplot
R语言安装ggbiplotggbiplot画主成分图的案例,让人印象很深,但是用起来好像没那么容易,需要在github上下载安装。但是,ggbiplot在安装的时候经常遇到问题。按照网上的安装流程:install.packages("devtools")library(devtools)install_github("vqv/ggbiplot")但是总有许多问题,比如:library(devtools)Error in library(devtools) : 不存在叫‘devtools’这个转载 2020-11-13 20:29:46 · 2407 阅读 · 0 评论 -
R内置数据集
向量euro #欧元汇率,长度为11,每个元素都有命名landmasses #48个陆地的面积,每个都有命名precip #长度为70的命名向量rivers #北美141条河流长度state.abb #美国50个州的双字母缩写state.area #美国50个州的面积state.name #美国50个州的全称因子state.division #美国50个州的分类,9个类别state.region #美国50个州的地理分类矩阵、数组e原创 2020-08-24 17:04:13 · 1258 阅读 · 0 评论 -
R中的数据类型和数据结构
R中的数据类型1.数值型,数值可以用于直接结算,加减乘除2.字符串型,可以进行连接,转换,提取等3.逻辑型,真或者假4.日期型等原创 2020-08-24 15:40:03 · 200 阅读 · 0 评论 -
R版本更新
打开好久不用的RStudio,加载包的时候各种报错,最后发现是因为R的版本比较旧,于是更新一下R 的版本。系统:win7方式:推荐打开RGui界面进行升级,而不要再RStudio中直接输入命令包:installr# 安装包,如果已经有此包可跳过此步骤install.packages("installr") # 加载包,升级library(installr)updateR()...原创 2020-06-14 14:30:10 · 1119 阅读 · 0 评论 -
R语言与生物信息绘图1:基础介绍——数据类型及其简单用法
基础介绍——数据类型及其简单用法在R console中输入data函数,就可以得到R语言内置数据集。data()然后就可以看到按字母顺序的内置的数据集:我们在学习R语言绘图的时候要时刻知道输入数据的结构和类型。可以使用class函数来查看。例如:数值向量可以直接用来画点图,饼图,条形图,直方图等。在R console中敲 class(rivers)结果返回:numeric,...原创 2020-04-19 16:55:26 · 1793 阅读 · 0 评论 -
当我要保存R中的编码的时候,提示choose encoding
当我要保存R中的编码的时候,提示让我choose encoding,如图这个涉及到编码的一些知识,我从RStudio的网站.上找到了答案:If in doubt about which encoding to use, use UTF-8, as it can encode any Unicode character.也就是说:如果不确定要使用哪种编码,请使用UTF-8,因为它可以编码任何...原创 2020-03-14 20:45:23 · 10888 阅读 · 0 评论 -
当R语言报错的各种情况(不断收集更新ing)
1.报错显示“没有某个函数”时,因为这个mutate函数是 dplyr 包中的函数,没有加载这个包,就无法使用这个函数。如果想知道该函数属于哪个包的话,可以搜然后在R中加载对应的包即可!哇哦!动起手来吧!...原创 2020-03-14 19:47:01 · 7638 阅读 · 1 评论 -
Rstudio 设置工作路径
默认工作路径一般是Rstudio的安装主目录,如“D:\Program Files\RStudio”,而我们一般会设置一个专门的路径用于保存数据文档和脚本。在Tools主菜单下,点击Global options,如下图:在default working directory 中可以修改默认工作路径,点browse修改,然后保存,重新打开Rstudio后工作路径就变成已修改的路径了。当我们在...原创 2020-03-14 19:19:15 · 12589 阅读 · 1 评论 -
手把手教你在Windows系统下安装RStudio
上一篇我们已经学会了如何在Windows系统下安装R,详见: 手把手教你在Windows系统下安装R.我们都知道R语言是用于统计分析,图形表示和报告的编程语言和软件环境,而Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一,对新手很友好,所以今天来说一下RStudio的安装。RStudio的安装RStudio的下载进入https://rstudio.com/products/rstudi...原创 2020-03-13 13:38:23 · 3971 阅读 · 3 评论 -
手把手教你在Windows系统下安装R
R 安装R 源程序安装进入https://www.r-project.org/这个网址,选择镜像CRAN,我选择了清华的镜像,速度会比国外的快很多。选择Windows的版本,选择base就可以,下载最新版本R 3.6.3 for Windows等待下载完,双击R-3.6.3-win.exe, 选择语言看到了版权信息,下一步,选择安装路径(最好都是英文字母组成的,如...原创 2020-03-13 11:58:30 · 2225 阅读 · 0 评论